Это приложение для Linux под названием CIMS, последнюю версию которого можно загрузить как CIMS.v1.0.5.tgz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием CIMS with OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
КИМС
ОПИСАНИЕ
Этот пакет включает скрипты для обнаружения статистически воспроизводимых сайтов мутаций, индуцированных перекрестным связыванием (CIMS) и сайтов усечения, индуцированных перекрестным связыванием (CITS) из данных HITS-CLIP.
Ссылки:
Moore, M. *, Zhang, C. *, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. Картирование взаимодействий аргонавта и обычных РНК-связывающих белков с РНК при разрешении одного нуклеотида с использованием HITS-CLIP и анализ CIMS. Nat Protocols, 9: 263-293.
Чжан, К. †, Дарнелл, РБ † 2011. Картирование взаимодействий белок-РНК in vivo при разрешении одного нуклеотида по данным HITS-CLIP. Nat. Биотех. 29: 607-614.
Особенности
- Сопоставление необработанных считываний CLIP с эталонным геномом (с использованием novoalign)
- Сворачивание дубликатов ПЦР с разными моделями в зависимости от наличия случайных штрих-кодов
- Кластерные теги CLIP для идентификации кластеров и определения высоты пиков
- Отслеживание мутаций (вставки, удаления и замены) в уникальных тегах CLIP
- Выявление надежных сайтов мутаций, индуцированных перекрестным связыванием (CIMS)
- Выявление надежных сайтов усечения, индуцированных перекрестным связыванием (CITS) из BrdU-CLIP, iCLIP или других подобных вариантов
Аудитория
Опытные конечные пользователи
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
