Это приложение для Linux под названием COGsoft, последний выпуск которого можно загрузить как COGsoft.04.19.2012.tgz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием COGsoft с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
COGsoft
Ad
ОПИСАНИЕ
Программа для создания кластеров ортологичных групп (с новым алгоритмом EdgeSearch). Последняя ссылка: Кристенсен Д.М., Каннан Л., Коулман М.К., Вольф Ю.И., Сорокин А., Кунин Е.В., Мушегян А. Биоинформатика 2010.Особенности
- Описание сильных и слабых сторон различных методов: Кристенсен Д.М., Вольф Ю.И., Мушегян А.Р., Кунин Е.В. Вычислительные методы для вывода ортологии генов. Краткий биоинформ. 2011 сентябрь; 12 (5): 379-91. Epub 2011 19 июня. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- Ссылка на алгоритм: Кристенсен Д.М., Каннан Л., Коулман М.К., Вольф Ю.И., Сорокин А., Кунин Е.В., Мушегян А. Низкополиномиальный алгоритм для сборки кластеров ортологических групп из межгеномных симметричных наилучших совпадений. Биоинформатика. 2010 июня 15 г .; 26 (12): 1481-7. Epub 2010 2 мая. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- Хороший / тщательный обзор ортологов / COG: Кунин Е.В. Ортологи, паралоги и эволюционная геномика. Анну Рев Жене. 2005; 39: 309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- Оригинальная статья COG: Татуов Р.Л., Кунин Е.В., Липман Д.Д. Геномный взгляд на семейства белков. Наука. 1997, 24 октября; 278 (5338): 631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- База данных COG: Татусов Р.Л., Гальперин М.Ю., Натале Д.А., Кунин Е.В. База данных COG: инструмент для анализа функций и эволюции белков в масштабе генома. Nucleic Acids Res. 2000, 1 января; 28 (1): 33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Сайт лаборатории Кунина: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- Официальный FTP-сайт: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (хотя на данный момент файл readme просто указывает на страницу sourceforge)
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
C + +
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
