Это приложение для Linux под названием FusionCatcher для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как fusioncatcher_v1.20.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием FusionCatcher, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
FusionCatcher для работы в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
FusionCatcher выполняет поиск новых / известных генов соматического слияния, транслокаций и химер в данных РНК-seq (считывание парных концов с платформ Illumina NGS, таких как Solexa и HiSeq) из образцов больных.Цели FusionCatcher:
- очень хороший уровень обнаружения для поиска генов-кандидатов слияния,
- очень проста в использовании (т.е. для запуска FusionCatcher не требуется никаких априорных знаний о базах данных и биоинформатике),
- очень хорошее обнаружение сложных генов слияния, таких как, например, слияния IGH, слияния CIC, слияния DUX4, слияния CRLF2, слияния TCF3 и т. д.
- быть максимально автоматическим (то есть FusionCatcher будет автоматически выбирать лучшие параметры для поиска генов-кандидатов слияния, например, автоматически находить адаптеры, автоматически строить экзон-экзонные соединения на основе длины входных считываний и т. д.) обеспечивая при этом наилучшую возможную скорость обнаружения для обнаружения генов слияния.
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Питон
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
