Это приложение для Linux под названием Grinder, последний выпуск которого можно загрузить как Grinder-0.5.4.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием Grinder с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
Шлифовальный станок
Ad
ОПИСАНИЕ
Grinder - это универсальный биоинформатический инструмент с открытым исходным кодом для создания имитированных библиотек последовательностей омного дробовика и ампликона для всех основных платформ секвенирования.
Особенности
- библиотеки для чтения дробовика или ампликона (например, 16S рРНК)
- поддержка omics для создания наборов геномных, транскриптомных, протеомных, метагеномных, метатранскриптомных или метапротеомных данных
- произвольное распределение длины чтения и количество чтений
- моделирование ошибок ПЦР и секвенирования (химеры, точечные мутации, гомополимеры)
- поддержка парных наборов данных (парные пары)
- определенные настройки рангового изобилия или ручная заданная численность для каждого генома, гена или белка
- создание наборов данных с заданным богатством (альфа-разнообразие)
- связанные наборы данных могут иметь разное количество геномов (бета-разнообразие)
- моделирование систематической ошибки, вызванной изменением длины генома или количества копий гена
- механизм профиля для хранения предпочтительных опций
- доступны биологам или опытным пользователям через несколько интерфейсов: графический интерфейс, интерфейс командной строки и API.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
