Это приложение для Linux под названием kSNP, последнюю версию которого можно загрузить как kSNP4.1-source-code.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием kSNP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
кСНП
Ad
ОПИСАНИЕ
kSNP4 идентифицирует пангеномные SNP в наборе геномных последовательностей и оценивает филогенетические деревья на основе этих SNP. Обнаружение SNP основано на анализе k-меров и не требует множественного выравнивания последовательностей или выбора эталонного генома, поэтому kSNP4 может принимать в качестве входных данных сотни микробных геномов. Локус SNP определяется олигонуклеотидом длины k, окружающим центральный аллель SNP. kSNP100 может анализировать как полные (законченные) геномы, так и незаконченные геномы в собранных контигах или необработанных несобранных считываниях. Готовые и незавершенные геномы можно анализировать вместе, и kSNP может автоматически загружать файлы Genbank готовых геномов и включать информацию из этих файлов в аннотацию SNP.
Для использования kSNP4 не требуются навыки программирования.
Гарднер, С.Н. и Холл, Б.Г. 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Гарднер С.Н., Т. Слезак и Б.Г. Холл. 2015 Биоинформатика 31: 2877-2878 doi: 10.1093/биоинформатика/btv271
Категории
Это приложение, которое также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
