Это приложение для Linux под названием Meraculous-2D, последнюю версию которого можно загрузить как Meraculous-v2.2.6.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием Meraculous-2D с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
Чудесный-2D
ОПИСАНИЕ
----------------------------------------
ВАЖНО: Meraculous-2D был заменен ассемблером HipMer, доступным здесь: https://sourceforge.net/projects/hipmer/
-----------------------------------------
Meraculous-2D - это сборщик всего генома для чтения NGS (Illumina), способный собирать большие диплоидные геномы с умеренными вычислительными требованиями. Возможности включают:
- Эффективный подсчет k-мер и обход графа деБрюйна
- Два режима обработки диплоидных аллельных вариаций
- Улучшенные строительные леса, позволяющие производить более полные сборки без ущерба для точности строительных лесов.
Сборка управляется конвейером Perl, который выполняет фрагментацию данных и балансировку нагрузки, а также отправку и мониторинг нескольких массивов задач в кластере типа GE / SLURM или автономном многоядерном сервере.
Рукописи в поступлении:
https://arxiv.org/abs/1703.09852
https://arxiv.org/abs/1608
Особенности
- Сборка генома эукариот
- Специализированные режимы для сборки генома с высокой и низкой гетерозиготностью
- Встроенное распределенное исполнение
- Эффективные космические операции k-mer
- Развертывание на одном сервере и в кластере (готово к AWS)
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Perl, C ++
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/meraculous20/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
