Это приложение для Linux под названием MIPGen, последнюю версию которого можно загрузить как mipgen_v15.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MIPGen с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
MIPGen
ОПИСАНИЕ
Генератор потенциала молекулярного взаимодействия
MIPGEN - это программа на языке Python, которая рассчитывает сетку потенциала молекулярного взаимодействия.
над данной молекулой, это может быть либо белок, либо небольшое органическое соединение (лекарство).
На выходе будет серия сеток с форматом DX (* .dx), которые пользователь сможет
для визуализации с помощью любой программы молекулярной визуализации, такой как VMD, PyMol, Chimera ...
Для получения дополнительной информации о зависимостях и использовании, пожалуйста, прочтите документацию.
Пользователи могут публиковать сообщения об ошибках или запросах в меню ОШИБКИ И ЗАПРОСЫ. (потребуется аккаунт на sourceforge).
Особенности
- Полностью автоматическая генерация MIP из простого файла PDB.
- Открытый исходный код. Пользователи могут вносить свой вклад в расширение зондов или улучшение кода.
- Рассчитайте сеточные потенциалы взаимодействия молекул над пептидами и другими макромолекулярными системами (вероятно, все еще медленные для больших систем)
- Рассчитайте MIP для малых молекул
- Настраиваемые датчики. Уже реализовано: гидрофобные зонды, зонды доноров H-связей, акцепторов H-Bond и электростатические зонды.
- Автоматическое присвоение типов атомов малым молекулам и белкам путем взаимодействия с Antechamber с открытым исходным кодом и tLeap из пакета AmbertTools (http://ambermd.org)
Аудитория
Наука / исследования, продвинутые конечные пользователи, разработчики, конечные пользователи / настольные компьютеры
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Питон
Среда базы данных
SQLite
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
