Это приложение для Linux под названием miRDP2, последний выпуск которого можно загрузить как test_data.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием miRDP2 бесплатно с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
miRDP2
Ad
ОПИСАНИЕ
miRDeep-P2 (miRDP2) разработан для точного и быстрого анализа транскриптома микроРНК (миРНК) в растениях. Он заимствован из miRDeep-P (miRDP) с новыми стратегиями и переработанным алгоритмом. Мы протестировали miRDP2 для анализа транскриптомов miRNA в таких растениях с постепенно увеличивающимся размером генома, как арабидопсис, рис, томат, кукуруза и пшеница. По сравнению с miRDeep-P и некоторыми другими вычислительными инструментами miRDP2 обрабатывает данные NGS с большей скоростью. Путем включения недавно обновленных критериев аннотации miRNA растений, точность miRDP2 также заметно улучшается. Наши результаты демонстрируют miRDP2 как быстрый и точный инструмент для анализа транскриптома miRNA в растениях.
Ссылка: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Особенности
- маленькая РНК
- микроРНК (miRNA)
- Секвенирование следующего поколения (NGS)
- Perl
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Среда базы данных
Perl DBI / DBD
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
