Это приложение для Linux под названием mitoMaker, последнюю версию которого можно загрузить как mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием mitoMaker бесплатно с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
митомейкер
ОПИСАНИЕ
Mitomaker — это конвейерная оболочка, анализатор результатов и автоматический аннотатор, написанный на Python v2.7, который с помощью других программ создает, анализирует, ищет наилучшую сборку и аннотирует целевые геномы (такие как митохондрии и хлоропласты). Его можно использовать с другими мишенями, такими как определенные гены или транскриптомы, хотя это не является его основной целью и не подвергается тщательным испытаниям.
После различных попыток построить разные митохондриальные геномы в лаборатории, которую я изучал, начал появляться общий конвейер: собрать риды с помощью MIRA или SOAPdenovo-Trans, найти каркас/контиг, который соответствует близкородственному виду, проверить его, чтобы увидеть, все ли присутствуют ожидаемые геномные признаки (поскольку митохондрии хорошо сохранились), проверьте, не может ли сборка быть кольцевой (поскольку это кольцевая ДНК). Если какая-то функция отсутствовала или не была распространена, попробуйте снова собрать ее с другими параметрами ассемблера (в основном k-mer). Промойте и повторяйте, пока не будет найдена лучшая сборка.
Особенности
- Биоинформатика
- Автоматизированный трубопровод пластидного строительства
- Геномный анализатор
- Пластидная сборка
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Питон
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
