Это приложение для Linux под названием MITP, последний выпуск которого можно загрузить как MITP-1.1.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MITP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
МИТП
ОПИСАНИЕ
miRNA - широко известная малая некодирующая РНК, которая может опосредовать генную регуляцию наиболее важных биологических процессов у растений и животных. Следовательно, идентификация сохраняющих и новых miRNA и их генов-мишеней в модельных и новых секвенированных видах неизбежна. MITP разработан для простой и быстрой идентификации miRNA на основе результата сопоставления последовательностей из любого программного обеспечения сопоставления, которое выдает результат вывода в формате SAM, результат blast (результат вывода по умолчанию) или результат blat (результат вывода по умолчанию). Программа предоставляет пошаговый прарамтер (8 шагов), который позволяет запускать программу с любого шага и завершать все оставшиеся шаги. Вы также можете работать пошагово, используя каждую пошаговую программу. Пожалуйста, запустите эти пошаговые программы в том же каталоге, что и основная программа MITP.pl. Некоторые шаги являются необязательными (фильтр чтения, выражение, класс miRNA и цель). Когда вы выбираете соответствующие параметры, принадлежащие к этим необязательным шагам, программа выполнит эти шаги. В противном случае пропустите эти шаги.
Особенности
- Определите консервативную miRNA в соответствии с результатом BLAST между известной miRNA и последовательностью генома
- Идентифицировать новую miRNA на основе результата выравнивания в выходных данных BLAST, BLAT или файлах формата SAM по умолчанию.
- Идентифицировать участки SAMLL РНК
- Прогнозирование генов-мишеней miRNA
- Сравните miRNA у разных видов
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mitp/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
