Это приложение для Linux с именем MSL, последний выпуск которого можно загрузить как mslib-1.1.0.9.tgz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MSL с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
MSL
Ad
ОПИСАНИЕ
MSL - это библиотека C ++, которая позволяет проводить вычислительные исследования макромолекул.
Библиотека MSL - это не программа (хотя некоторые приложения распространяются), а инструмент для ученых, позволяющий кодировать свои собственные методы молекулярного моделирования.
Философия
Основная цель - создать набор инструментов, позволяющих сравнительно легко проводить вычислительные исследования макромолекул на всех уровнях, от простых операций (например, загрузка PDB и измерение расстояния или редактирование двугранного угла) до сложных приложений (моделирование белков или дизайн).
MSL разработан в лаборатории Senes Lab Университета Висконсин-Мэдисон и группой разработчиков / пользователей из других исследовательских лабораторий.
Ссылка:
Кулп Д.В., Субраманиам С., Дональд Дж. Э., Ханниган Б.Т., Мюллер Б.К., Григорян Г., Сенес А.
Структурная информатика, моделирование и проектирование с помощью библиотеки молекулярного программного обеспечения с открытым исходным кодом (MSL).
J. Comput Chem. 2012 т. 33 страницы 1645-61
Скачать статью на http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
Особенности
- Возможность сохранения и переключения между несколькими координатами атомов для конформационных изменений и ротамерного представления конформационной свободы боковой цепи.
- Возможность создавать и хранить несколько идентификаторов остатков (например, LEU, ILE, ALA) в позиции и переключаться между ними.
- # Силовое поле CHARMM и другие энергетические функции.
- Преобразования, такие как переводы, повороты и выравнивания.
- Алгоритмы поиска, такие как Монте-Карло, исключение тупика и самосогласованное среднее поле Монте-Карло., Выборка из магистрали
- Генерация кристаллической решетки.
- Поддержка библиотек ротамеров
- Модификация и генерация магистрали
- Поддерживаемые платформы: Linux, MacOS
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mslib/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
