Это приложение для Linux под названием ниченетр, последнюю версию которого можно загрузить как v2.0.4.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием ниченетр с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
нинетр
ОПИСАНИЕ
ниченетр: реализация R метода NicheNet. Цель NicheNet — изучение межклеточной коммуникации с вычислительной точки зрения. NicheNet использует данные об экспрессии генов взаимодействующих клеток человека или мыши в качестве входных данных и объединяет их с предшествующей моделью, которая объединяет существующие знания о сигнальных путях от лиганда к мишени. Это позволяет прогнозировать взаимодействия лиганд-рецептор, которые могут вызывать изменения экспрессии генов в интересующих клетках. Эта модель априорной информации о потенциальных связях лиганд-мишень затем может быть использована для вывода об активных связях лиганд-мишень между взаимодействующими клетками. NicheNet отдает приоритет лигандам в соответствии с их активностью (т. е. насколько хорошо они предсказывают наблюдаемые изменения в экспрессии генов в принимающей клетке) и ищет пораженные мишени с высоким потенциалом регулирования этими приоритетными лигандами.
Особенности
- NicheNet сильно отличается от большинства современных вычислительных подходов к изучению межклеточной коммуникации.
- Оценить, насколько хорошо лиганды, экспрессируемые клеткой-отправителем, могут предсказывать изменения в экспрессии генов в клетке-получателе, отдавая предпочтение лигандам на основе их влияния на экспрессию генов.
- Сделайте вывод о предполагаемых связях лиганд-мишень, активных в исследуемой системе.
- Подтвердить предыдущую модель лиганд-мишень
- Построение определяемых пользователем предварительных моделей лиганд-мишень
- Мы предоставляем инструкции, как сделать интуитивно понятные визуализации основных прогнозов
Язык программирования
R
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
