Это приложение для Linux под названием Pathoscope, последний выпуск которого можно загрузить как pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием Pathoscope с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
Пафоскоп
Ad
ОПИСАНИЕ
Эта страница предназначена для архивирования. Пожалуйста, посетите github для получения последней версии программного обеспечения: https://github.com/pathoscopePathoScope считывает данные секвенирования следующего поколения из образца смеси и предсказывает, какие геномы присутствуют. Мы используем байесовскую структуру в сочетании с начальным выравниванием на основе ссылок, чтобы назначить чтения правильному геному происхождения.
Пафоскоп 2.0:
Wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
Руководство:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Версия клинического патоскопа: http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
PathoQC скачать: http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Публикации: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Клиентская поддержка:
PS: Если у вас есть какие-либо вопросы, отправьте электронное письмо на адрес mani2012 на bu dot edu.
Особенности
- PathoQC: PathoQC - это автономная программа контроля качества и предварительной обработки для набора данных с высокой пропускной способностью. Загрузите PathoQC из http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Публикация PathoQC: http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Клиентская поддержка: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Страница лаборатории: http://jlab.bu.edu/software/
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
