Это приложение для Linux под названием PBSuite для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как PBSuite_15.8.24.tgz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием PBSuite, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
PBSuite для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
В настоящее время здесь размещены два проекта, созданные и поддерживаемые Адамом Инглишем.PBJelly - инструмент для обновления генома.
PBHoney - инструмент для обнаружения структурных вариаций
Оба они содержатся в коде PBSuite, который можно найти в загружаемых файлах.
----- ПБДжелли -----
Читать газету
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJelly - это высокоавтоматизированный конвейер, который согласовывает длинные чтения последовательности (такие как чтения PacBio RS или длинные чтения 454 в формате fasta) с черновыми сборками с высокой степенью достоверности. PBJelly заполняет или сокращает максимально возможное количество захваченных пробелов для получения обновленных черновых геномов.
----- ПБМед -----
Читать газету
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoney - это реализация двух подходов к идентификации вариантов, предназначенных для использования высокой отображаемости длинных чтений (т. Е. Более 10,000 XNUMX бит / с). PBHoney учитывает как несогласованность внутри чтения, так и мягко обрезанные хвосты длинных чтений для выявления структурных вариантов.
Особенности
- Сборка генома
- Обновление генома
- Структурная вариация
- Оценка сборки
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Питон
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
