Это приложение для Linux под названием PhyloTrack, последнюю версию которого можно загрузить как PhyTB.v1.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием PhyloTrack с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ФилоТрек
ОПИСАНИЕ
PhyloTrack - это программный инструмент на основе JavaScript, который объединяет библиотеку D3.js для визуализации данных с инструментом JBrowse для представления генома в браузере. Для этого требуется филогенетическое дерево общего формата данных Ньюика в качестве входных данных, а также три файла метаданных для образцов, узлов, определяющих кладу, и определений цвета клады - все в формате с разделителями табуляции. Функциональность в PhyloTrack показывает информативные маркеры в каждом узле филогенетического дерева, таким образом выделяя полиморфизм, определяющий кладу. Эта функциональность была реализована с помощью инструмента tabix на стороне сервера, обеспечивающего простой и быстрый доступ к информации на каждом узле дерева, включая информативные SNP, хранящиеся в файлах, подобных VCF. Эти информативные варианты были установлены путем сравнения частот аллелей между типами штаммов с использованием сравнений предковых узлов и показателей дифференциации популяции с помощью FST.
Особенности
- Филогенетическое представление образцов
- Браузер генома
- Карта распределения аллелей и сполиготипов
- Анализ образцов и размещение в дереве
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Питон, Перл, PHP, JavaScript
Среда базы данных
Другие файловые СУБД
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/phylotrack/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
