Это приложение для Linux под названием RGAAT, последний выпуск которого можно загрузить как RGAAT.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием RGAAT с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
РГААТ
ОПИСАНИЕ
Эта программа может собирать и / или аннотировать геном для нового генома и известного обновления генома, используя файл выравнивания последовательностей (формат SAM или BAM), файл вариантов последовательности (формат VCF или таблицу с пятью столбцами (разделенные табуляцией, включая хромосому, положение, идентификатор, ссылку аллель и альтернативный аллель)) или файл новой последовательности генома (формат FASTA) на основе файла эталонной последовательности генома (формат FASTA) и файла аннотации (формат TBL, GTF, GFF, GFF3 или BED).
Особенности
- идентификация вариации последовательности
- построение консенсусной последовательности генома
- модификация генома
- сравнение генома
- аннотация генома
- построение преобразования координат генома между различными версиями сборки генома
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
