Это приложение для Linux под названием simulate_pcr, последний выпуск которого можно загрузить как simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием simulate_pcr бесплатно с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
симулировать_пкр
Ad
ОПИСАНИЕ
Оценка специфичности праймера и прогнозирование как желаемых, так и нецелевых продуктов амплификации является важным шагом для создания надежного анализа ПЦР. Этот скрипт предсказывает потенциальные ампликоны полимеразной цепной реакции (ПЦР) в большой базе данных последовательностей, такой как NCBI nt, из одноплексного или большого мультиплексированного набора праймеров, позволяя установить вырожденные основания праймеров и зондов, с допуском несоответствия мишени и диапазоном длин ампликонов, которые могут быть установлены с помощью Пользователь. Код моделирования ампликонов ПЦР также аннотирует ампликоны информацией о генах, автоматически загружаемой из NCBI, и, при необходимости, он может предсказать, есть ли совпадения зондов TaqMan / Luminex в пределах предсказанных ампликонов. Это сценарий Perl командной строки с открытым исходным кодом, называемый simulate_PCR.pl, который вызывает программы BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn и blastdbcmd, а также служебную программу NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
