Это приложение для Linux под названием SOAP3-DP, последнюю версию которого можно загрузить как soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием SOAP3-DP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
SOAP3-DP
ОПИСАНИЕ
Последний код на GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, используя вычислительную мощность ЦП и ГП с оптимизированными алгоритмами, обеспечивает одновременно высокую скорость и чувствительность. По сравнению с широко распространенными выравнивателями, включая BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM и выравниватели на базе графического процессора BarraCUDA и CUSHAW, SOAP3-dp оказался в два-десятки раз быстрее, сохраняя при этом самую высокую чувствительность и самый низкий уровень ложного обнаружения (FDR ) на Illumina читает с разной длиной. SOAP3-dp изначально поддерживает формат файла BAM и предоставляет ту же схему оценки, что и BWA, что позволяет интегрировать его в существующие конвейеры анализа.
Цитирование: Луо Р., Вонг Т., Чжу Дж., Лю С.М., Чжу Х и др. (2013) SOAP3-dp: Быстрый, точный и чувствительный инструмент для быстрого чтения на базе графического процессора. PLoS ONE 8 (5): e65632. DOI: 10.1371 / journal.pone.0065632
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
C ++, C
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
