Это приложение для Windows с именем CRISPR-offinder-v1-2, последнюю версию которого можно загрузить как CRISPR-offinder-1.2.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием CRISPR-offinder-v1-2 с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
СКРИНШОТЫ
Ad
CRISPR-нарушитель-v1-2
ОПИСАНИЕ
Система CRISPR/Cas, несомненно, обладает большим потенциалом для редактирования генома. Для расщепления сайта-мишени с помощью технологии CRISPR требуется мотив, прилегающий к протоспейсеру (PAM), непосредственно ниже или выше протоспейсерного элемента, с которым связывается sgRNA. Однако Cas9 из разных типов бактерий или вариантов распознает разные последовательности PAM. Для удовлетворения потребностей различных систем CRISPR со специфическим и эффективным дизайном sgRNA был разработан CRISPR-offinder.
При наличии входного файла FASTA с целевыми сайтами и запросах эталонного генома, а также системы CRISPR с определенной длиной спейсера и последовательностью PAM этот автономный инструмент будет идентифицировать предполагаемые сайты и назначать прогнозируемую активность на основе машинной модели опорных векторов, проведенной Счетчик sgRNA 2.0. Кроме того, sgRNAs с минимальной нецелевой активностью были предсказаны с помощью Cas-OFFinder и оценены с помощью определения частоты нецелевого сокращения (CFD).
Особенности
- CRISPR-offinder может предоставить лабораторному биологу инструмент для быстрой и эффективной идентификации целевых участков высокого качества.
- Это программное обеспечение можно использовать для создания библиотек sgRNA для любых видов.
- Чжао и др. (2017 г.) CRISPR-offinder: руководство CRISPR по дизайну РНК и инструмент нецелевого поиска определяемого пользователем смежного мотива протоспейсера. Международный журнал биологических наук
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
