Это приложение для Windows под названием FineSplice, последнюю версию которого можно загрузить как FineSplice-0.2.2.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием FineSplice с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
СКРИНШОТЫ
Ad
FineSplice
ОПИСАНИЕ
FineSplice — это оболочка Python для TopHat2, предназначенная для надежной идентификации выраженных соединений экзонов по данным RNA-Seq с повышенной точностью обнаружения с небольшой потерей чувствительности.
После выравнивания с TopHat2 с использованием известных аннотаций расшифровки FineSplice принимает в качестве входных данных результирующий файл BAM и выводит достоверный набор выраженных соединений сплайсинга с соответствующим количеством прочтений. Потенциальные ложные срабатывания, возникающие из-за ложных выравниваний, отфильтровываются с помощью полуконтролируемой стратегии обнаружения аномалий, основанной на логистической регрессии. Множественные чтения сопоставления с уникальным расположением после фильтрации спасаются и перераспределяются в наиболее надежное место-кандидат.
FineSplice требует Python 2.x (>= 2.6) со следующими установленными модулями: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) и scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
Для получения дополнительной информации ознакомьтесь с нашей публикацией: Nucl. Кислоты рез. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
Особенности
- Выровняйте с TopHat2, используя аннотации стенограммы для превосходной производительности картирования
- Запустите FineSplice, чтобы избавиться от ненадежных выравниваний с зазорами и повысить точность обнаружения стыковых соединений.
- Выводит достоверный набор экзон-экзонных соединений с соответствующим количеством прочтений для последующего анализа.
Язык программирования
Питон
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
