Это приложение для Windows под названием PRADA, последнюю версию которого можно загрузить как PRADA.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение PRADA с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
PRADA
Ad
ОПИСАНИЕ
Массивно параллельное секвенирование кДНК, обратно транскрибируемой с РНК (RNASeq), обеспечивает точную оценку количества и состава мРНК. Чтобы охарактеризовать транскриптом с помощью анализа данных RNA-seq, мы разработали PRADA. PRADA фокусируется на обработке и анализе оценок экспрессии генов, контролируемой и неконтролируемой идентификации слияния генов и контролируемой идентификации внутригенных делеций.
PRADA в настоящее время поддерживает 7 модулей для обработки и выявления отклонений от данных RNAseq:
препроцесс: генерирует выровненные и повторно откалиброванные файлы BAM.
выражение: генерирует экспрессию генов (RPKM) и показатели качества.
слияние: идентифицирует слияние генов-кандидатов.
guess-ft: контролируемый поиск расшифровок слияния.
guess-if: контролируемый поиск внутригенных слияний.
гомология: вычисляет гомологию между данными двумя генами.
кадр: прогнозирует функциональные последствия расшифровки слияния
Особенности
- PRADA написана на языке программирования Python и предназначена для запуска в среде командной строки в операционных системах UNIX или LINUX.
- Подробное описание шагов установки и использования каждого модуля с примерами доступно в документации по адресу https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Справочные файлы hg19 доступны для загрузки по адресу http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Чтобы удалить артефакты слияния, мы отфильтровываем гены с несколькими партнерами в одном образце и гомологии.
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/prada/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
