anfo - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

anfo - ค้นหาการจัดตำแหน่งการอ่านสั้น ๆ ไปยังฐานข้อมูลที่ดีที่สุด

เรื่องย่อ

อันโฟ [ ตัวเลือก | ไฟล์ ... ]

DESCRIPTION

อันโฟ จัด (สั้น) การจัดลำดับการอ่านไปยังฐานข้อมูล (ขนาดกิกะเบส) มันใช้ฮิวริสติก
วิธีการเพาะแต่ก็ใช้ตัวจัดฟันแท้ที่ช่วยให้มีช่องว่างเข้าใจความเสียหาย
ลวดลายใน DNA โบราณ และสร้างคะแนนที่ตีความได้ง่าย

ไฟล์อินพุตอาจเป็นไฟล์ FastA หรือ FastQ แบบต่างๆ หรือแบบเนทีฟ อันโฟ ไฟล์ไบนารี,
บีบอัดอย่างเหมาะสมโดยใช้ gziporbzip2. รูปแบบไฟล์ได้รับการยอมรับโดยอัตโนมัติและ
สามารถเพิ่มรูปแบบอื่นๆ ได้

OPTIONS

-V, - รุ่น
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันและออก

-o ไฟล์, --ไฟล์เอาต์พุต
เขียนเอาต์พุตไปที่ ไฟล์. ไฟล์ จะเขียนเป็นภาษาแม่ อันโฟ รูปแบบไบนารีซึ่ง
สามารถใช้งานได้เมื่อใช้ anfo-เครื่องมือ หรือการผูกมัดกับ อุบาย.

-c conffile, --config conffile
อ่านการกำหนดค่าจาก คอนเฟิร์ม. ไฟล์นี้กำหนดว่าจะใช้ดัชนีใดและ
โดยการขยายไปยังการจัดตำแหน่งจีโนม พารามิเตอร์ใดที่จะใช้ใน
aligner และสามารถกำหนดเส้นทาง ดูไฟล์ตัวอย่าง

-p num, --เธรด num
เริ่มต้น NUM หัวข้อสำหรับการจัดตำแหน่ง หนึ่งเธรดต่อคอร์โปรเซสเซอร์มักจะ
ดีที่สุด

-x num, --ixthreads จำนวน
เริ่มต้น NUM เธรดสำหรับการจัดทำดัชนี โดยปกติการจัดทำดัชนีจะใช้พลังงาน CPU น้อยกว่า
การจัดตำแหน่ง ดังนั้นตัวสร้างดัชนีน้อยกว่าตัวจัดตำแหน่งปกติจึงจะดีที่สุด

--solexa-ขนาด
เมื่ออ่านไฟล์ FastQ ให้ใช้มาตราส่วน Solexa (log-odds-ratios) แทน
มาตราส่วน Phread มาตรฐาน (ความน่าจะเป็น) หากคุณใช้ซีเควนเซอร์ Solexa/Illumina
อ้างถึงเอกสารของคุณว่าคุณต้องการสิ่งนี้หรือไม่ มิฉะนั้นคุณทำไม่ได้

--fastq-ต้นกำเนิดหรือ
ตั้งค่าต้นทางสำหรับการถอดรหัส FastQ เป็น Ori. มาตรฐานและค่าเริ่มต้นคือ 33 แต่ต้อง
ตั้งค่าเป็น 64 สำหรับซอฟต์แวร์ Solexa/Illumina บางเวอร์ชัน ถ้าคุณใช้
ซีเควนเซอร์ Solexa/Illumina โปรดดูเอกสารประกอบของคุณว่าคุณต้องการสิ่งนี้หรือไม่
มิฉะนั้นคุณทำไม่ได้

-q, --เงียบ
ระงับเอาต์พุตทั้งหมดยกเว้นข้อผิดพลาดร้ายแรง

-v, --เวอร์โบส
พิมพ์ตัวบ่งชี้ความคืบหน้าระหว่างการทำงาน

และพวกเรา

ANFO_PATH
รายการไดเร็กทอรีที่คั่นด้วยเครื่องหมายโคลอนที่ค้นหาไฟล์จีโนมและดัชนี

ใช้ anfo ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net