นี่คือคำสั่ง bp_run_protdist.plp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
run_neighbor - เรียกใช้โปรแกรม 'protdist' ของ Phylip ผ่าน Bioperl
เรื่องย่อ
run_protdist [-i inputfile] [-o ชื่อไฟล์ภายนอก]
DESCRIPTION
ระบุไฟล์การจัดตำแหน่งเพื่อเรียกใช้ protdist ไฟล์ควรตั้งชื่อเป็น .aln หรือ .phy
นี่เป็นสิ่งจำเป็นเพื่อให้เราสามารถกำหนดได้ว่าเราต้องแปลงการจัดตำแหน่งคลัสเตอร์เป็น
ฟิลลิป คุณสามารถขยายสคริปต์เพื่อทำงานในรูปแบบ MSA อื่น ๆ ซึ่ง bioperl
รองรับ มีจุดประสงค์เพื่อใช้ในไปป์ไลน์แบบแมนนวลที่ง่ายมาก
ไฟล์อินพุตควรตั้งชื่อในรูปแบบ file.phy หรือ file.aln โปรแกรมคาดหวัง a
ไฟล์ในรูปแบบ (\S+)\.(\S+)
สิ่งนี้จะเรียกใช้แอปพลิเคชัน 'protdist' โดยใช้สูตร 'KIMURA' เพื่อสร้าง aa protein
เมทริกซ์ระยะทาง ผู้ที่มี phylip3.6 จะต้องการเปลี่ยนแปลงบางอย่างหากต้องการใช้
เจที. ฉันยินดีที่จะช่วยเพิ่มสิ่งนี้เป็นอาร์กิวเมนต์ cmd-line หากมีการร้องขอ
ใช้ bp_run_protdist.plp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
