cmstat - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

cmstat - สถิติสรุปสำหรับไฟล์แบบจำลองความแปรปรวนร่วม

เรื่องย่อ

ซม [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

การขอ ซม ยูทิลิตีพิมพ์ไฟล์ตารางของสถิติสรุปสำหรับแต่ละความแปรปรวนร่วม
โมเดลใน .

อาจเป็น '-' (เครื่องหมายขีด) ซึ่งในกรณีนี้ CM จะอ่านจาก a ท่อ
แทนจากไฟล์.

โดยค่าเริ่มต้น ซม พิมพ์สถิติทั่วไปของรุ่นและการจัดตำแหน่งที่สร้างขึ้น
จาก หนึ่งบรรทัดต่อรุ่นในรูปแบบตาราง คอลัมน์คือ:

รหัสประจำตัว ดัชนีของโปรไฟล์นี้ โดยกำหนดหมายเลขแต่ละรายการในไฟล์โดยเริ่มจาก 1

พร้อมชื่อ ชื่อของโปรไฟล์

การครอบครอง
การเพิ่มโปรไฟล์เสริม หรือ "-" หากไม่มี

nseq จำนวนลำดับที่ประมาณการจากโปรไฟล์

eff_nseq
จำนวนที่มีประสิทธิภาพของลำดับที่โปรไฟล์ถูกประมาณหลังจาก
Infernal ใช้การคำนวณหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิผล เช่น ค่าเริ่มต้น
การให้น้ำหนักเอนโทรปี

เคล็น ความยาวของแบบจำลองในฉันทามติตกค้าง (สถานะการจับคู่)

W ความยาวสูงสุดที่คาดไว้ของการตีกับโมเดล

bps จำนวนคู่เบสในโมเดล

บิฟส์ จำนวนแฉกในแบบจำลอง

แบบ ประเภทของโมเดลที่จะใช้เป็นค่าเริ่มต้นใน ค้นหา cm และ ซม.สแกน สำหรับโปรไฟล์นี้
"ซม." หรือ "อืม" สำหรับโปรไฟล์ที่มี 0 คู่เบส นี่จะเป็น "หืม" (ยกเว้นกรณีที่
--โนห์มมอนลี่ ใช้ตัวเลือก) สำหรับโปรไฟล์อื่นๆ ทั้งหมด นี่จะเป็น "ซม."

rel เอนโทรปี ซม.:
ค่าเฉลี่ยเอนโทรปีสัมพัทธ์ต่อสถานะการแข่งขัน หน่วยเป็นบิต นี่คือคะแนน (เฉลี่ย) ที่คาดไว้
ต่อตำแหน่งฉันทามติ นี่คือสิ่งที่วิธีการถ่วงน้ำหนักเอนโทรปีเริ่มต้นสำหรับ
การประมาณค่าหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพจะเน้นที่ ดังนั้นสำหรับ Infernal ที่เป็นค่าเริ่มต้น นี่
ค่ามักจะสะท้อนถึงเป้าหมายเริ่มต้นสำหรับการถ่วงน้ำหนักเอนโทรปี ถ้า "รุ่น"
ฟิลด์สำหรับโปรไฟล์นี้คือ "hmm" ฟิลด์นี้จะเป็น "-"

rel เอนโทรปี อืม:
ค่าเฉลี่ยเอนโทรปีสัมพัทธ์ต่อสถานะการแข่งขัน หน่วยเป็นบิต ถ้า CM ถูกแปลงเป็น an
HMM (ข้อมูลจากโครงสร้างถูกละเว้น) ยิ่งความแตกต่างระหว่าง
CM และ HMM สัมพันธ์เอนโทรปี แบบจำลองจะอาศัยโครงสร้างมากขึ้น
การอนุรักษ์ การอนุรักษ์ลำดับสัมพัทธ์เมื่อระบุ homologs

ถ้ารุ่นใน ได้รับการปรับเทียบด้วย ซม.ปรับเทียบ -อี -NS, และ -Z
สามารถใช้ตัวเลือกเพื่อเรียกใช้โหมดเอาต์พุตทางเลือก การรายงานค่า E และ
คะแนนบิตที่สอดคล้องกันสำหรับขนาดฐานข้อมูลที่ระบุของ เมกะเบส (Mb) ถ้า
รุ่นได้รับการปรับเทียบและรวมเกณฑ์คะแนนบิต Rfam GA, TC และ/หรือ NC
--cut_ga, --cut_tc, และ / หรือ --cut_nc สามารถใช้ตัวเลือกเพื่อแสดงค่า E ที่
สอดคล้องกับเกณฑ์คะแนนบิต คะแนนบิตแยกหรือค่า E จะปรากฏขึ้น
สำหรับอัลกอริธึมการค้นหา CM ที่เป็นไปได้สี่คู่และคู่การกำหนดค่าแบบจำลอง: local
ภายใน CYK ท้องถิ่น glocal Inside และ glocal CYK

สำหรับโปรไฟล์ที่มีคู่เบสเป็นศูนย์ (ที่มี "hmm" ในช่อง "รุ่น") ค่า E ใดๆ และ
สถิติคะแนนบิตจะเกี่ยวข้องกับตัวกรอง HMM ของโปรไฟล์ แทนที่จะเป็น CM นี่คือ
เป็นจริงสำหรับทุกโปรไฟล์หาก --hmonly ใช้ตัวเลือก

OPTIONS

-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด

-E
รายงานคะแนนบิตที่สอดคล้องกับค่า E ของ ในฐานข้อมูลของ
เมกะเบส (Mb) โดยที่ เป็น 10 โดยค่าเริ่มต้น แต่ตั้งค่าได้ด้วย -Z ตัวเลือก

-T
รายงานค่า E ที่สอดคล้องกับคะแนนบิตของ ในฐานข้อมูลของ
เมกะเบส (Mb) โดยที่ เป็น 10 โดยค่าเริ่มต้น แต่ตั้งค่าได้ด้วย -Z ตัวเลือก

-Z กับ -อี -NS, --cut_ga, --cut_nc, และ --cut_tc ตัวเลือกคำนวณค่า E ราวกับว่า
ขนาดฐานข้อมูลเป้าหมายคือ เมกะเบส (Mb) โดยค่าเริ่มต้น, คือ 10

--cut_ga
รายงานค่า E ที่สอดคล้องกับคะแนนบิต GA (เกณฑ์การรวบรวม Rfam) ใน a
ฐานข้อมูลของ เมกะเบส (Mb) โดยที่ เป็น 10 โดยค่าเริ่มต้น แต่ตั้งค่าได้ด้วย -Z
ตัวเลือก

--cut_tc
รายงานค่า E ที่สอดคล้องกับคะแนนบิต TC (Rfam trusted cutoff) ใน a
ฐานข้อมูลของ เมกะเบส (Mb) โดยที่ เป็น 10 โดยค่าเริ่มต้น แต่ตั้งค่าได้ด้วย -Z
ตัวเลือก

--cut_nc
รายงานค่า E ที่สอดคล้องกับคะแนนบิต NC (Rfam noise cutoff) ใน a
ฐานข้อมูลของ เมกะเบส (Mb) โดยที่ เป็น 10 โดยค่าเริ่มต้น แต่ตั้งค่าได้ด้วย -Z
ตัวเลือก

--กุญแจ
พิมพ์เฉพาะสถิติสำหรับ CM ที่มีชื่อหรือภาคยานุวัติ , ข้ามรุ่นอื่นๆ ทั้งหมดใน
.

--hmonly
พิมพ์สถิติบนตัวกรอง HMM ของโปรไฟล์สำหรับโปรไฟล์ทั้งหมด แทนที่จะเป็น CM
สิ่งนี้มีประโยชน์หากคุณวางแผนที่จะใช้ --hmonly ตัวเลือก ค้นหา cm or ซม.สแกน

--โนห์มมอนลี่
พิมพ์สถิติใน CM สำหรับแต่ละโปรไฟล์เสมอ แม้กระทั่งกับที่มีค่าศูนย์
เบสคู่

ใช้ cmstat ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net