นี่คือ command dialign-tx ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
dialign-tx - การจัดตำแหน่งหลายลำดับตามเซ็กเมนต์
เรื่องย่อ
โทรออก-tx [OPTIONS-conf-ไดเรกทอรี-ไฟล์ fasta-fasta-out-ไฟล์]
DESCRIPTION
DIALIGN-TX เป็นอัลกอริธึมที่ได้รับการปรับปรุงสำหรับการจัดตำแหน่งโปรตีนหลายส่วนตามกลุ่ม
DIALIGN-TX เป็นการนำแนวทางฐานกลุ่มมาใช้ใหม่อย่างสมบูรณ์ รวมถึงหลายๆ
การปรับปรุงและการวิเคราะห์พฤติกรรมใหม่ที่ช่วยเพิ่มคุณภาพของผลลัพธ์ได้อย่างมาก
การจัดตำแหน่งเมื่อเทียบกับ DIALIGN 2.2 เหนือกว่าอย่างมีนัยสำคัญนี้ได้รับการสังเกตบน
ทั้งในระดับท้องถิ่นและระดับสากล
OPTIONS
-d
โหมดดีบัก [ค่าเริ่มต้น 0]
0 ไม่มีคำสั่งแก้ไขข้อบกพร่อง
1 ดีบักเฟสปัจจุบันของการประมวลผล
2 การดีบักที่มีไหวพริบมาก
5 การดีบักไม่ยอมใครง่ายๆ
-s
จำนวนลำดับอินพุตสูงสุด [ค่าเริ่มต้น 5000]
-a
จำนวนอักขระสูงสุดต่อบรรทัดในไฟล์ FASTA [ค่าเริ่มต้น 100]
-c
จำนวนอักขระสูงสุดต่อบรรทัดเมื่อพิมพ์ลำดับ [ค่าเริ่มต้น 80]
-l
โหมดความไว ยิ่งระดับสูงเท่าใด ชิ้นส่วนสุ่มปลอมก็จะยิ่งน้อยลงเท่านั้น
จัดชิดในการจัดตำแหน่งท้องถิ่น [ค่าเริ่มต้น 0]
0 ปิดอยู่
1 ระดับ -1 ลดความไว
2 ระดับ 2 ความไวลดลงอย่างมาก
-m
ชื่อไฟล์เมทริกซ์คะแนน (ในไดเร็กทอรีการกำหนดค่า) [ค่าเริ่มต้น: BLOSUM.scr]
/ [ดีเอ็นเอเริ่มต้น: dna_matrix.scr].
-w
กำหนดน้ำหนักขั้นต่ำเมื่อสูตรน้ำหนักเปลี่ยนเป็น 1-pow(1-prob, factor)
[ค่าเริ่มต้น 0.000000065]
-p
ชื่อไฟล์การกระจายความน่าจะเป็น (ในไดเร็กทอรีการกำหนดค่า) [โปรตีนเริ่มต้น:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [ดีเอ็นเอเริ่มต้น: dna_diag_prob_100_exp_550000]
-v
เพิ่มในแต่ละคะแนน (เพื่อป้องกันค่าลบ) [ค่าเริ่มต้น 0]
-t
เกณฑ์ "สม่ำเสมอ" สำหรับคะแนนต่ำสำหรับการจัดตำแหน่งลำดับ [โปรตีนเริ่มต้น: 4] / [ค่าเริ่มต้น
ดีเอ็นเอ: 0].
-n
จำนวนตำแหน่งสูงสุดติดต่อกันสำหรับหน้าต่างที่มีตำแหน่งการให้คะแนนต่ำ
[โปรตีนเริ่มต้น: 4] / [DNA เริ่มต้น: 1]
-g
ความยาวส่วนย่อยขั้นต่ำสากลสำหรับเกณฑ์การหยุด [โปรตีนเริ่มต้น: 40] / [ค่าเริ่มต้น
ดีเอ็นเอ: 1].
-m
คะแนนเฉลี่ยขั้นต่ำที่อนุญาตในหน้าต่าง Frag ที่มีตำแหน่งการให้คะแนนต่ำ [DEFAULT
โปรตีน: 4.0] / [ดีเอ็นเอเริ่มต้น: 0.9]
-o
ไม่ว่าจะคำนวณน้ำหนักทับซ้อนหรือไม่ [ค่าเริ่มต้น 0]
-f
ความยาวชิ้นส่วนขั้นต่ำ [ค่าเริ่มต้น 1]
-r
เกณฑ์น้ำหนักเพื่อพิจารณาส่วนย่อยเลย [ค่าเริ่มต้น 0.0]
-u
[ค่าเริ่มต้น 0]
1: ใช้แถบ sqrt(amount_of_seqs) ของลำดับเพื่อนบ้านเท่านั้นถึง
คำนวณการจัดตำแหน่งคู่ (เพิ่มประสิทธิภาพ)
0: การจัดตำแหน่งคู่ทั้งหมดจะถูกคำนวณ
-A
ไฟล์สมอเสริม [ค่าเริ่มต้น ไม่มี]
-D
อินพุตคือลำดับดีเอ็นเอ
-T
แปลง DNA เป็นกรดอะมิโนตั้งแต่ต้นจนจบ (ความยาวจะถูกตัดเป็น mod 3 = 0)
การเตือน
ไม่ได้ใช้ -D ด้วยตัวเลือกนี้ (ค่าเริ่มต้นสำหรับอินพุต PROTEIN จะถูกโหลด)
-L
เปรียบเทียบเฉพาะ Open Reading Frame ที่ยาวที่สุดเท่านั้น
การเตือน
ไม่ได้ใช้ -D ด้วยตัวเลือกนี้ (ค่าเริ่มต้นสำหรับอินพุต PROTEIN จะถูกโหลด)
-O
แปล DNA เป็น aminoacids กรอบการอ่านสำหรับแต่ละลำดับที่คำนวณเนื่องจาก
ORF ที่ยาวที่สุด
การเตือน
ไม่ได้ใช้ -D ด้วยตัวเลือกนี้ (ค่าเริ่มต้นสำหรับอินพุต PROTEIN จะถูกโหลด)
-P
ผลลัพธ์ในกรดอะมิโน ไม่มีการแปลซ้ำของลำดับดีเอ็นเอ [ค่าเริ่มต้น: อินพุต = เอาต์พุต]
-F
โหมดเร็ว (หมายถึง -l0 เนื่องจากมันลดความไวลงอย่างมากแล้ว)
-C
สร้างตารางความน่าจะเป็นที่บันทึกไว้ใน /usr/share/dialign-tx/prob_table และออก
-H, -h
พิมพ์ข้อความนี้
ใช้ dialign-tx ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
