นี่คือตัวจำลองคำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
dsimulator - สร้างการอ่านสังเคราะห์สำหรับจีโนมแบบสุ่ม
เรื่องย่อ
เครื่องจำลอง เกนเลน:ดับเบิ้ล [-cสองเท่า(20.)] [-bสองเท่า(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eสองเท่า(.15)][-Mไฟล์]
DESCRIPTION
เครื่องจำลอง ขั้นแรกสร้างจีโนมปลอมขนาด เกนเลนยาว *1Mb ที่มี AT-bias เท่ากับ
-b. จากนั้นจะสร้างตัวอย่างการอ่านของความยาวเฉลี่ย -m จากความยาวล็อกปกติ
การแจกแจงด้วยค่าเบี่ยงเบนมาตรฐาน -sแต่ละเว้นการอ่านที่มีความยาวน้อยกว่า -x. มัน
รวบรวมการอ่านเพียงพอที่จะครอบคลุมจีโนม -c ครั้งและแนะนำ -e เศษส่วนผิดพลาดเป็น
การอ่านแต่ละครั้งโดยที่อัตราส่วนของการแทรก การลบ และการแทนที่ถูกกำหนดโดย
ค่าคงที่ INS_RATE (ค่าเริ่มต้น 73%) และ DEL_RATE (ค่าเริ่มต้น 20%) ภายใน generate.c หนึ่งกระป๋อง
ยังควบคุมอัตราการอ่านที่เลือกจากเส้นไปข้างหน้าและย้อนกลับโดย
การตั้งค่าคงที่ที่กำหนดไว้ FLIP_RATE (ค่าเริ่มต้น 50/50) NS -r ตัวเลือกเมล็ดสุ่ม
เครื่องกำเนิดตัวเลขสำหรับการสร้างจีโนมเพื่อให้สามารถผลิตซ้ำได้
จีโนมพื้นฐานเดียวกันกับตัวอย่าง หากไม่มีพารามิเตอร์นี้ แสดงว่ารหัสงาน
ของเมล็ดอัญเชิญเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม เอาต์พุตถูกส่งไปยังมาตรฐาน
เอาต์พุต (นั่นคือท่อ UNIX) เอาต์พุตอยู่ในรูปแบบ Pacbio .fasta ที่เหมาะสมกับอินพุต
ไปยัง fasta2DB(1). ในที่สุด -M ตัวเลือกขอให้พิกัดจากการที่แต่ละคนอ่าน
ได้รับการสุ่มตัวอย่างถูกเขียนไปยังไฟล์ที่ระบุ หนึ่งบรรทัดต่อการอ่าน เข้ารหัส ASCII
ไฟล์ "แผนที่" นี้บอกตำแหน่งที่ทุกการอ่านอยู่ในแอสเซมบลีและเป็นอย่างมาก
มีประโยชน์สำหรับการดีบักและการทดสอบ ถ้าคู่อ่านคือ b,e แล้วถ้า b < e the
อ่านถูกสุ่มตัวอย่างจาก [b,e] ในทิศทางไปข้างหน้าและถ้า b > e จาก [e,b] ใน
ทิศทางย้อนกลับ
ใช้ dsimulator ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
