ecoPCR - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ecoPCR - ค้นหาลำดับและการผสมอนุกรมวิธานกับไพรเมอร์ที่กำหนด

เรื่องย่อ

อีโคพีซีอาร์ [ตัวเลือก] <นิวคลีโอไทด์ รูปแบบ>

DESCRIPTION

ecoPCR เป็นซอฟต์แวร์ PCR อิเล็กทรอนิกส์ที่พัฒนาโดย LECA และ Helix-Project ช่วยให้
ประเมินคุณภาพของไพรเมอร์บาร์โค้ด

OPTIONS

-a : ความเข้มข้นของเกลือเป็น M สำหรับการคำนวณ Tm (ค่าเริ่มต้น 0.05 M)

-c : พิจารณาว่าลำดับฐานข้อมูลเป็น [c]ircular

-d : [D]atabase : เพื่อให้ตรงกับรูปแบบที่ต้องการ, ฐานข้อมูล
จะต้องถูกจัดรูปแบบก่อนโดย รูปแบบอีโคพีซีอาร์(1) โปรแกรม รูปแบบอีโคพีซีอาร์(1) สร้าง
ไฟล์สามประเภท:

.sdx : มีลำดับ

.tdx : มีข้อมูลเกี่ยวกับอนุกรมวิธาน

.rdx : มีลำดับอนุกรมวิธาน

ecoPCR ต้องการไฟล์ทุกประเภท เป็นผลให้คุณต้องเขียนฐานข้อมูล Radical
โดยไม่มีการขยาย ตัวอย่างเช่น /ecoPCRDB/gbmam

-D : เก็บนิวคลีโอไทด์ตามจำนวนที่ระบุในแต่ละด้านของซิลิกา
ลำดับที่ขยาย (รวมถึงชิ้นส่วน DNA ที่ขยายแล้วบวกสองเป้าหมาย
ลำดับของไพรเมอร์)

-e : [E]rror : ข้อผิดพลาดสูงสุดที่อนุญาตโดย oligonucleotide (0 โดยค่าเริ่มต้น)

-h : [H]elp - พิมพ์ ช่วย

-i : [ฉัน] ละเว้นรหัสอนุกรมวิธานที่กำหนด
มีหมายเลขอนุกรมวิธานโดยใช้โปรแกรม ecofind ดูความช่วยเหลือในการพิมพ์ ecofind
-h สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม

-k : [K]โหมดราชอาณาจักร : ตั้งค่าโหมดอาณาจักร
โหมด super kingdom โดยค่าเริ่มต้น

-l : ขั้นต่ำ [L]ength : กำหนดความยาวแอมพลิเคชั่นขั้นต่ำ

-L : สูงสุด [L]ength : กำหนดความยาวสูงสุดของแอมพลิเคชั่น

-m : วิธีแก้ไขเกลือสำหรับการคำนวณ Tm (SANTALUCIA : 1
หรือ OWCZARZY:2 ค่าเริ่มต้น=1)

-r : [R] จำกัดการค้นหาให้อยู่ใน taxonomic id ที่กำหนด
มีหมายเลขอนุกรมวิธานโดยใช้โปรแกรม ecofind ดูความช่วยเหลือในการพิมพ์ ecofind
-h สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม

อาร์กิวเมนต์แรก : oligonucleotide สำหรับสายตรง

อาร์กิวเมนต์ที่สอง : oligonucleotide สำหรับ reverse strand

คำอธิบายผลตาราง :

คอลัมน์ 1 : หมายเลขภาคยานุวัติ

คอลัมน์ 2: ความยาวลำดับ

คอลัมน์ 3: รหัสอนุกรมวิธาน

คอลัมน์ 4 : อันดับ

คอลัมน์ 5 : รหัสอนุกรมวิธานของสปีชีส์

คอลัมน์ 6 : ชื่อวิทยาศาสตร์

คอลัมน์ 7 : genus อนุกรมวิธาน id

คอลัมน์ 8 : ชื่อสกุล

คอลัมน์ 9 : รหัสอนุกรมวิธานของครอบครัว

คอลัมน์ 10 : นามสกุล

คอลัมน์ที่ 11 : รหัสอนุกรมวิธานของอาณาจักรซุปเปอร์

คอลัมน์ 12 : ชื่ออาณาจักรสุดยอด

คอลัมน์ 13 : สาระ (ตรงหรือย้อนกลับ)

คอลัมน์ 14 : โอลิโกนิวคลีโอไทด์แรก

คอลัมน์ 15 : จำนวนข้อผิดพลาดสำหรับเกลียวแรก

คอลัมน์ที่ 16 : Tm สำหรับการผสมพันธุ์ของไพรเมอร์ 1 ที่ไซต์นี้

คอลัมน์ 17 : โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่สอง

คอลัมน์ 18 : จำนวนข้อผิดพลาดสำหรับเกลียวที่สอง

คอลัมน์ที่ 19 : Tm สำหรับการผสมพันธุ์ของไพรเมอร์ 1 ที่ไซต์นี้

คอลัมน์ 20 : ขยายความยาว

คอลัมน์ 21 : ลำดับ

คอลัมน์ 22 : คำจำกัดความ

ใช้ ecoPCR ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net