eprimer32e - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

eprimer32 - เลือกไพรเมอร์ PCR และการผสมพันธุ์ oligos

เรื่องย่อ

อีไพรเมอร์32 -ลำดับ ภาคต่อ [-ไพรเมอร์ ข้อศอก] -งาน รายการ [-ไฮบริดโพรบ ข้อศอก]
-mishyblibraryfile แฟ้ม -mispriminglibraryfile แฟ้ม [-ผลตอบแทน จำนวนเต็ม]
[-รวมภูมิภาค พิสัย] [-เป้าหมายภูมิภาค พิสัย] [-ยกเว้นภูมิภาค พิสัย]
[- ส่งต่ออินพุต เชือก] [- อินพุตย้อนกลับ เชือก] -gcclamp จำนวนเต็ม -ขนาด จำนวนเต็ม
-ย่อขนาด จำนวนเต็ม -ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม -ตม ลอย -มิ้นท์ ลอย -สูงสุด ลอย
-maxdifftm ลอย -ogcเปอร์เซ็นต์ ลอย -มิงค ลอย -maxgc ลอย -เกลือ ลอย
-dnaconc ลอย -แมกซ์โพลิกซ์ จำนวนเต็ม -psizeopt จำนวนเต็ม -ปราง พิสัย -ptmot ลอย
-ptmin ลอย -ptmmax ลอย -ไม่รวมภูมิภาค พิสัย -โอลิโกอินพุท เชือก
-osizeopt จำนวนเต็ม -ominsize จำนวนเต็ม -ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม -otmopt ลอย
-อ๊อตมิน ลอย -otmmax ลอย -ogcopt ลอย -ogcmin ลอย -ogcmax ลอย
-Osaltconc ลอย -odnaconc ลอย -oanyself ลอย -ตัวเอง ลอย
-opolyxmax จำนวนเต็ม -โอมิชิบแม็กซ์ ลอย -อธิบายธง บูล -fileflag บูล
- ดัชนีฐานแรก จำนวนเต็ม -ปิกกานีเวย์ บูล -maxmispriming ลอย
-pairmaxmispriming ลอย -ได้รับการตอบรับ จำนวนเต็ม -เซลฟี่ ลอย -ตัวเอง ลอย
-คะแนน รายการ -tmสูตร รายการ -เสถียรภาพสูงสุด ลอย -outfile ออกจากไฟล์

อีไพรเมอร์32 -ช่วยด้วย

DESCRIPTION

อีไพรเมอร์32 เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:Primers"

OPTIONS

อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
ลำดับการเลือกไพรเมอร์ ลำดับจะต้องนำเสนอ 5' ถึง 3'

-ไพรเมอร์ ข้อศอก
บอกให้ Eprimer32 เลือกไพรเมอร์ ค่าเริ่มต้น: Y

-งาน รายการ
บอก Eprimer32 ว่าต้องทำอะไร ค่าทางกฎหมายคือ 1: 'Pick PCR primers', 2: 'Pick
ไพรเมอร์ไปข้างหน้าเท่านั้น', 3: 'เลือกไพรเมอร์ย้อนกลับเท่านั้น', 4: 'ไม่จำเป็นต้องใช้ไพรเมอร์' ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 1

-ไฮบริดโพรบ ข้อศอก
'oligo ภายใน' มีวัตถุประสงค์เพื่อใช้เป็นโพรบไฮบริไดเซชัน (hyb probe) ถึง
ตรวจจับผลิตภัณฑ์ PCR หลังจากขยายสัญญาณ ค่าเริ่มต้น: N

-mishyblibraryfile แฟ้ม
คล้ายกับ MISPRIMING-LIBRARY ยกเว้นว่าเหตุการณ์ที่เราพยายามหลีกเลี่ยงคือการผสมข้ามพันธุ์
ของ oligo ภายในไปยังซีเควนซ์ในไลบรารีนี้มากกว่าไพรม์จากพวกเขา NS
ไฟล์ต้องอยู่ในรูปแบบ FASTA (จำกัดเล็กน้อย) (WB Pearson และ DJ Lipman,
นพ. 85:8 น. 2444-2448 [1988]); เราพูดคุยสั้น ๆ เกี่ยวกับการจัดระเบียบของไฟล์นี้
ด้านล่าง. หากระบุพารามิเตอร์นี้ Eprimer32 จะจัดตำแหน่งผู้สมัครแต่ละรายภายในเครื่อง
oligo กับแต่ละลำดับห้องสมุดและปฏิเสธไพรเมอร์เหล่านั้นที่ local
คะแนนการจัดตำแหน่งคูณน้ำหนักที่ระบุ (ดูด้านล่าง) เกิน
ภายใน-OLIGO-MAX-MISHYB (ค่าสูงสุดของน้ำหนักถูกกำหนดเป็น
12.0.) รายการลำดับแต่ละรายการในไฟล์รูปแบบ FASTA ต้องขึ้นต้นด้วย 'id line' that
ขึ้นต้นด้วย '>' เนื้อหาของ id line นั้น 'ถูก จำกัด เล็กน้อย' ในนั้น
Eprimer32 แยกวิเคราะห์ทุกอย่างหลังเครื่องหมายดอกจัน ('*') ที่เป็นตัวเลือกใดๆ เป็นจุดลอยตัว
เบอร์ที่จะใช้เป็นน้ำหนักที่กล่าวไว้ข้างต้น ถ้าไอดีไลน์ไม่มีดอกจันก็
ค่าเริ่มต้นของน้ำหนักเป็น 1.0 ระบบการให้คะแนนการจัดตำแหน่งที่ใช้เหมือนกับ for
การคำนวณการเติมเต็มระหว่าง oligos (เช่น SELF-ANY) รายการที่เหลือ
มีลำดับเป็นบรรทัดต่อจาก id line จนถึงบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย '>'
หรือส่วนท้ายของไฟล์ ช่องว่างและการขึ้นบรรทัดใหม่จะถูกละเว้น ตัวอักษร 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' จะถูกเก็บไว้และอักขระอื่น ๆ จะถูกแปลงเป็น 'N' (ด้วย
ผลที่ตามมาคือรหัส IUB / IUPAC สำหรับฐานที่คลุมเครือจะถูกแปลงเป็น 'N')
ไม่มีข้อจำกัดเรื่องความยาวของเส้น ค่าว่างสำหรับพารามิเตอร์นี้บ่งชี้ว่า
ที่ไม่ควรใช้ห้องสมุด

-mispriminglibraryfile แฟ้ม
ชื่อของไฟล์ที่มีไลบรารีลำดับนิวคลีโอไทด์ของลำดับเพื่อหลีกเลี่ยง
การขยาย (เช่น ลำดับซ้ำๆ หรืออาจเป็นลำดับของยีนในa
ตระกูลยีนที่ไม่ควรขยาย) ไฟล์ต้องอยู่ใน (จำกัดเล็กน้อย)
รูปแบบ FASTA (WB Pearson และ DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); เรา
พูดคุยสั้นๆ เกี่ยวกับการจัดระเบียบไฟล์ด้านล่างนี้ หากระบุพารามิเตอร์นี้
จากนั้น Eprimer32 จะจัดตำแหน่งไพรเมอร์ตัวเลือกแต่ละตัวกับแต่ละลำดับไลบรารีและ
ปฏิเสธไพรเมอร์เหล่านั้นซึ่งคะแนนการจัดตำแหน่งในพื้นที่คูณน้ำหนักที่ระบุ
(ดูด้านล่าง) เกิน MAX-MISPRIMING (ค่าสูงสุดของน้ำหนักคือโดยพลการ
ตั้งค่าเป็น 100.0.) รายการลำดับแต่ละรายการในไฟล์รูปแบบ FASTA ต้องขึ้นต้นด้วย 'id
บรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย '>' เนื้อหาของ id line ถูก 'จำกัด เล็กน้อย' ใน
ที่ Eprimer32 แยกวิเคราะห์ทุกอย่างหลังเครื่องหมายดอกจัน ('*') ใด ๆ เป็นจุดลอยตัว
เบอร์ที่จะใช้เป็นน้ำหนักที่กล่าวไว้ข้างต้น ถ้าไอดีไลน์ไม่มีดอกจันก็
ค่าเริ่มต้นของน้ำหนักเป็น 1.0 ระบบการให้คะแนนการจัดตำแหน่งที่ใช้เหมือนกับ for
การคำนวณการเติมเต็มระหว่าง oligos (เช่น SELF-ANY) รายการที่เหลือ
มีลำดับเป็นบรรทัดต่อจาก id line จนถึงบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย '>'
หรือส่วนท้ายของไฟล์ ช่องว่างและการขึ้นบรรทัดใหม่จะถูกละเว้น ตัวอักษร 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' จะถูกเก็บไว้และอักขระอื่น ๆ จะถูกแปลงเป็น 'N' (ด้วย
ผลที่ตามมาคือรหัส IUB / IUPAC สำหรับฐานที่คลุมเครือจะถูกแปลงเป็น 'N')
ไม่มีข้อจำกัดเรื่องความยาวของเส้น ค่าว่างสำหรับพารามิเตอร์นี้บ่งชี้ว่า
ว่าไม่ควรใช้ไลบรารีซ้ำ

เพิ่มเติม ส่วน
โครงการ ตัวเลือก
-ผลตอบแทน จำนวนเต็ม
จำนวนคู่ไพรเมอร์สูงสุดที่จะส่งคืน ไพรเมอร์คู่ที่ส่งคืนจะถูกจัดเรียงตาม
'คุณภาพ' ของพวกเขา กล่าวอีกนัยหนึ่งโดยค่าของฟังก์ชันวัตถุประสงค์ (โดยที่ต่ำกว่า
ตัวเลขบ่งบอกถึงคู่ไพรเมอร์ที่ดีกว่า) ข้อควรระวัง: การตั้งค่าพารามิเตอร์นี้เป็นขนาดใหญ่
ค่าจะเพิ่มเวลาทำงาน ค่าเริ่มต้น: 5

ลำดับ ตัวเลือก
-รวมภูมิภาค พิสัย
ภูมิภาคย่อยของลำดับที่กำหนดในการเลือกไพรเมอร์ ตัวอย่างเช่น บ่อยครั้ง
โหลแรกหรือมากกว่านั้น ฐานของลำดับเป็นเวกเตอร์ และควรแยกออกจาก
การพิจารณา. ค่าของพารามิเตอร์นี้มีรูปแบบ (start),(end) โดยที่ (start)
เป็นดัชนีของฐานแรกที่ต้องพิจารณา และ (สิ้นสุด) เป็นตัวสุดท้ายใน
ภูมิภาคไพรเมอร์หยิบ

-เป้าหมายภูมิภาค พิสัย
หากระบุเป้าหมายอย่างน้อยหนึ่งรายการ คู่ไพรเมอร์ตามกฎหมายต้องขนาบข้างอย่างน้อยหนึ่ง
ของพวกเขา. เป้าหมายอาจเป็นไซต์ทำซ้ำลำดับอย่างง่าย (เช่น CA ทำซ้ำ) หรือ
พหุสัณฐานคู่ฐานเดียว ค่าควรเป็นรายการที่คั่นด้วยช่องว่างของ
(เริ่มต้น) (สิ้นสุด) คู่โดยที่ (เริ่มต้น) คือดัชนีของฐานแรกของเป้าหมายและ
(จบ) อยู่ท้ายสุด เช่น 50,51 ต้องใช้ไพรเมอร์ล้อมฐาน 2 ฐานที่ตำแหน่ง 50
และ 51

-ยกเว้นภูมิภาค พิสัย
Primer oligos ต้องไม่ทับซ้อนกับภูมิภาคใด ๆ ที่ระบุในแท็กนี้ ค่าที่เกี่ยวข้อง
ต้องเป็นรายการที่คั่นด้วยช่องว่างของคู่ (เริ่ม) (สิ้นสุด) โดยที่ (เริ่ม) เป็นดัชนีของ
ฐานแรกของภูมิภาคที่แยกออก และ (สิ้นสุด) เป็นฐานสุดท้าย แท็กนี้มีประโยชน์
สำหรับงานต่าง ๆ เช่นการแยกภูมิภาคที่มีคุณภาพลำดับต่ำหรือสำหรับการยกเว้นภูมิภาค
มีองค์ประกอบซ้ำๆ เช่น ALU หรือ LINE เช่น 401,407 68,70 ห้าม
การเลือกไพรเมอร์ใน 7 เบสเริ่มต้นที่ 401 และ 3 เบสที่ 68

- ส่งต่ออินพุต เชือก
ลำดับของไพรเมอร์ไปข้างหน้าเพื่อตรวจสอบและรอบ ๆ ที่จะออกแบบไพรเมอร์ย้อนกลับ
และ oligos ภายในที่เป็นตัวเลือก ต้องเป็นสตริงย่อยของ SEQUENCE

- อินพุตย้อนกลับ เชือก
ลำดับของไพรเมอร์ย้อนกลับเพื่อตรวจสอบและรอบ ๆ ที่จะออกแบบไพรเมอร์ไปข้างหน้า
และ oligos ภายในที่เป็นตัวเลือก ต้องเป็นสตริงย่อยของสตริงย้อนกลับของ SEQUENCE

เชื้อปะทุ ตัวเลือก
-gcclamp จำนวนเต็ม
ต้องระบุจำนวน Gs และ Cs ต่อเนื่องกันที่ส่วนท้าย 3' ของทั้งสอง
ไพรเมอร์ไปข้างหน้าและถอยหลัง (พารามิเตอร์นี้ไม่มีผลกับ oligo ภายในหาก one
ถูกร้องขอ)

-ขนาด จำนวนเต็ม
ความยาวที่เหมาะสมที่สุด (ในฐาน) ของไพรเมอร์โอลิโก Eprimer32 จะพยายามเลือกไพรเมอร์
ใกล้เคียงกับความยาวนี้ ค่าเริ่มต้น: 20

-ย่อขนาด จำนวนเต็ม
ความยาวขั้นต่ำที่ยอมรับได้ของไพรเมอร์ ต้องมากกว่า 0 และน้อยกว่าหรือเท่ากับ
ถึง MAX-SIZE ค่าเริ่มต้น: 18

-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม
ความยาวสูงสุดที่ยอมรับได้ (ในฐาน) ของสีรองพื้น ขณะนี้พารามิเตอร์นี้ไม่สามารถ
มากกว่า 35 ขีดจำกัดนี้ควบคุมโดยขนาด oligo สูงสุดที่ Eprimer32's
อุณหภูมิหลอมเหลวถูกต้อง ค่าเริ่มต้น: 27

-ตม ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวที่เหมาะสม (เซลเซียส) สำหรับไพรเมอร์โอลิโก Eprimer32 จะพยายามเลือก
ไพรเมอร์ที่มีอุณหภูมิหลอมเหลวใกล้เคียงกับอุณหภูมินี้ โอลิโกกำลังละลาย
สูตรอุณหภูมิใน Eprimer32 คือที่กำหนดใน Rychlik, Spencer และ Rhoads, Nucleic
การวิจัยกรด เล่มที่ 18 เล่มที่ 21 หน้า 6409-6412 และ Breslauer, Frank, Bloecker และ Marky,
Proc. นัท อคาเด วิทย์. สหรัฐอเมริกา เล่มที่ 83 หน้า 3746-3750 โปรดดูเอกสารฉบับก่อนสำหรับ
การอภิปรายเบื้องหลัง ค่าเริ่มต้น: 60.0

-มิ้นท์ ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวต่ำสุดที่ยอมรับได้ (เซลเซียส) สำหรับไพรเมอร์โอลิโก ค่าเริ่มต้น:
57.0

-สูงสุด ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวสูงสุดที่ยอมรับได้ (เซลเซียส) สำหรับไพรเมอร์โอลิโก ค่าเริ่มต้น:
63.0

-maxdifftm ลอย
ความแตกต่างสูงสุดที่ยอมรับได้ (ไม่ได้ระบุ) ระหว่างอุณหภูมิหลอมเหลวของ
ไพรเมอร์ไปข้างหน้าและถอยหลัง ค่าเริ่มต้น: 100.0

-ogcเปอร์เซ็นต์ ลอย
รองพื้น GC เปอร์เซ็นต์ที่เหมาะสมที่สุด ค่าเริ่มต้น: 50.0

-มิงค ลอย
เปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำที่อนุญาตของ Gs และ Cs ในไพรเมอร์ใดๆ ค่าเริ่มต้น: 20.0

-maxgc ลอย
เปอร์เซ็นต์สูงสุดที่อนุญาตของ Gs และ Cs ในไพรเมอร์ใดๆ ที่สร้างโดย Primer ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 80.0

-เกลือ ลอย
ความเข้มข้นของเกลือมิลลิโมลาร์ (โดยปกติคือ KCl) ใน PCR Eprimer32 ใช้สิ่งนี้
อาร์กิวเมนต์ในการคำนวณอุณหภูมิละลายโอลิโก ค่าเริ่มต้น: 50.0

-dnaconc ลอย
ความเข้มข้นระดับนาโนโมลาร์ของการหลอมโอลิโกสใน PCR Eprimer32 ใช้สิ่งนี้
อาร์กิวเมนต์ในการคำนวณอุณหภูมิละลายโอลิโก ค่าเริ่มต้น (50nM) ทำงานได้ดีกับ
โปรโตคอลมาตรฐานที่ใช้ใน Whitehead/MIT Center for Genome Research--0.5
ไมโครลิตรที่มีความเข้มข้น 20 ไมโครโมลาร์สำหรับไพรเมอร์โอลิโกแต่ละตัวใน 20 ไมโครลิตร
ปฏิกิริยากับแม่แบบ 10 นาโนกรัม 0.025 หน่วย/ไมโครลิตร Taq polymerase ใน 0.1 mM
แต่ละ dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) โดยใช้ 35 รอบด้วย
อุณหภูมิการหลอม 56 องศาเซลเซียส พารามิเตอร์นี้สอดคล้องกับ 'c' in
สมการ Rychlik, Spencer และ Rhoads (ii) (การวิจัยกรดนิวคลีอิก เล่มที่ 18 เลขที่ 21)
โดยที่ค่าที่เหมาะสม (สำหรับความเข้มข้นเริ่มต้นที่ต่ำกว่าของเทมเพลต) คือ 'เชิงประจักษ์
มุ่งมั่น'. ค่าของพารามิเตอร์นี้น้อยกว่าความเข้มข้นที่แท้จริงของ
oligos ในปฏิกิริยาเพราะเป็นความเข้มข้นของการหลอม oligos ซึ่งใน
เทิร์นขึ้นอยู่กับจำนวนเทมเพลต (รวมถึงผลิตภัณฑ์ PCR) ในรอบที่กำหนด นี้
ความเข้มข้นเพิ่มขึ้นอย่างมากระหว่าง PCR; โชคดีที่ PCR ดูค่อนข้างแข็งแกร่ง
สำหรับอุณหภูมิหลอมเหลวของ oligo ที่หลากหลาย ดูคำแนะนำในการเลือกไพรเมอร์ ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 50.0

-แมกซ์โพลิกซ์ จำนวนเต็ม
ความยาวสูงสุดที่อนุญาตของโมโนนิวคลีโอไทด์ซ้ำในไพรเมอร์ ตัวอย่างเช่น
อร๊ายยย. ค่าเริ่มต้น: 5

ผลิตภัณฑ์ ตัวเลือก
-psizeopt จำนวนเต็ม
ขนาดที่เหมาะสมที่สุดสำหรับผลิตภัณฑ์ PCR 0 แสดงว่าไม่มีผลิตภัณฑ์ที่เหมาะสมที่สุด
ขนาด. ค่าเริ่มต้น: 200

-ปราง พิสัย
ค่าที่เกี่ยวข้องระบุความยาวของผลิตภัณฑ์ที่ผู้ใช้ต้องการ
ไพรเมอร์เพื่อสร้างและเป็นรายการแยกช่องว่างของรูปแบบ (x)-(y) โดยที่
คู่ (x)-(y) คือช่วงความยาวที่กฎหมายกำหนดสำหรับผลิตภัณฑ์ ตัวอย่างเช่น ถ้าต้องการ
ผลิตภัณฑ์ PCR อยู่ระหว่าง 100 ถึง 150 เบส (รวม) จากนั้นจะตั้งค่านี้
พารามิเตอร์เป็น 100-150 หากต้องการผลิตภัณฑ์ PCR ในช่วงตั้งแต่ 100 ถึง 150
เบสหรืออยู่ในช่วง 200 ถึง 250 เบส จากนั้นจะตั้งค่าพารามิเตอร์นี้เป็น
100-150 200-250. Eprimer32 สนับสนุนช่วงทางด้านซ้ายของสตริงพารามิเตอร์
Eprimer32 จะคืนค่าคู่ไพรเมอร์ทางกฎหมายในช่วงแรกโดยไม่คำนึงถึงค่าของ
ฟังก์ชันวัตถุประสงค์สำหรับคู่เหล่านี้ เฉพาะในกรณีที่มีจำนวน .ไม่เพียงพอ
ไพรเมอร์ในช่วงแรก Eprimer32 จะคืนค่าไพรเมอร์ในช่วงต่อมา
ค่าเริ่มต้น: 100-300

-ptmot ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวที่เหมาะสมสำหรับผลิตภัณฑ์ PCR 0 แสดงว่าไม่มี
อุณหภูมิที่เหมาะสม ค่าเริ่มต้น: 0.0

-ptmin ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวต่ำสุดที่อนุญาตของแอมพลิคอน โปรดดูเอกสาร
เกี่ยวกับอุณหภูมิหลอมเหลวสูงสุดของผลิตภัณฑ์สำหรับรายละเอียด ค่าเริ่มต้น:
-1000000.0

-ptmmax ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวสูงสุดที่อนุญาตของแอมพลิคอน คำนวณ Tm ผลิตภัณฑ์
โดยใช้สูตรจาก Bolton and McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) ตามที่นำเสนอใน
Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning, หน้า 11.46 (1989, CSHL Press) อืม =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + .41*(%GC) - 600/ความยาว โดยที่ [Na+} คือโซเดียมโมลาร์
ความเข้มข้น (%GC) คือเปอร์เซ็นต์ของ Gs และ Cs ในลำดับ และความยาวคือ
ความยาวของลำดับ สูตรที่คล้ายกันนี้ใช้โดยการเลือกไพรเมอร์
โปรแกรมใน GCG ซึ่งใช้ 675.0/ความยาว ในเทอมสุดท้ายแทน (หลัง F. Baldino
จูเนียร์ เอ็ม-เอฟ Chesselet และ ME Lewis วิธีการในเอนไซม์วิทยา 168:766 (1989) eqn (1) บน
หน้า 766 โดยไม่มีเงื่อนไขที่ไม่ตรงกันและ formamide) สูตรที่นี่และใน Baldino
และคณะ ถือว่า Na+ มากกว่า K+ ตาม JG Wetmur บทวิจารณ์ที่สำคัญใน
ไบโอเคมี. และโมล ไบโอ. 26:227 (1991) 50 mM K+ ควรเทียบเท่าในสูตรเหล่านี้
ถึง .2 M Na+ Eprimer32 ใช้ค่าความเข้มข้นของเกลือเท่ากันในการคำนวณทั้ง
อุณหภูมิหลอมเหลวของไพรเมอร์และอุณหภูมิหลอมเหลวของโอลิโก หากคุณกำลังวางแผนที่จะ
ใช้ผลิตภัณฑ์ PCR สำหรับการผสมข้ามพันธุ์ในภายหลัง พฤติกรรมนี้จะไม่ให้ Tm . แก่คุณ
ภายใต้สภาวะการผสมพันธุ์ ค่าเริ่มต้น: 1000000.0

ภายใน โอลิโก อินพุต
-ไม่รวมภูมิภาค พิสัย
oligos ระดับกลางต้องไม่ทับซ้อนกับภูมิภาคที่ระบุโดยแท็กนี้ ค่าที่เกี่ยวข้อง
ต้องเป็นรายการที่คั่นด้วยช่องว่างของคู่ (เริ่ม) (สิ้นสุด) โดยที่ (เริ่มต้น) เป็นดัชนีของ
ฐานแรกของภูมิภาคที่ยกเว้น และ (สิ้นสุด) เป็นฐานสุดท้าย มักจะมีคนทำ
ภูมิภาคเป้าหมายไม่รวมภูมิภาคสำหรับ oligos ภายใน

-โอลิโกอินพุท เชือก
ลำดับของ oligo ภายในที่จะตรวจสอบและรอบๆ ที่จะออกแบบไปข้างหน้าและ
ไพรเมอร์ย้อนกลับ ต้องเป็นสตริงย่อยของ SEQUENCE

ภายใน โอลิโก ตัวเลือก
-osizeopt จำนวนเต็ม
ความยาวที่เหมาะสมที่สุด (ในฐาน) ของ oligo ภายใน Eprimer32 จะพยายามเลือกไพรเมอร์
ใกล้เคียงกับความยาวนี้ ค่าเริ่มต้น: 20

-ominsize จำนวนเต็ม
ความยาวขั้นต่ำที่ยอมรับได้ของ oligo ภายใน ต้องมากกว่า 0 และน้อยกว่า
หรือเท่ากับ INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE ค่าเริ่มต้น: 18

-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม
ความยาวสูงสุดที่ยอมรับได้ (เป็นฐาน) ของ oligo ภายใน ปัจจุบันพารามิเตอร์นี้
ต้องไม่เกิน 35 ขีดจำกัดนี้ควบคุมโดยขนาด oligo สูงสุดที่
อุณหภูมิหลอมเหลวของ Eprimer32 นั้นถูกต้อง ค่าเริ่มต้น: 27

-otmopt ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวที่เหมาะสม (เซลเซียส) สำหรับ oligo ภายใน Eprimer32 จะพยายาม
เลือก oligos ที่มีอุณหภูมิหลอมเหลวใกล้เคียงกับอุณหภูมินี้ โอลิโก
สูตรอุณหภูมิหลอมเหลวใน Eprimer32 คือที่กำหนดใน Rychlik, Spencer และ Rhoads
การวิจัยกรดนิวคลีอิก เล่มที่ 18 เล่มที่ 21 หน้า 6409-6412 และ Breslauer, Frank, Bloecker
และ Marky, Proc. นัท อคาเด วิทย์. สหรัฐอเมริกา เล่มที่ 83 หน้า 3746-3750 โปรดดูที่
เอกสารเก่าสำหรับการอภิปรายเบื้องหลัง ค่าเริ่มต้น: 60.0

-อ๊อตมิน ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวต่ำสุดที่ยอมรับได้ (เซลเซียส) สำหรับ oligo ภายใน ค่าเริ่มต้น:
57.0

-otmmax ลอย
อุณหภูมิหลอมเหลวสูงสุดที่ยอมรับได้ (เซลเซียส) สำหรับ oligo ภายใน ค่าเริ่มต้น:
63.0

-ogcopt ลอย
เปอร์เซ็นต์ GC ที่เหมาะสมของ oligo ภายใน ค่าเริ่มต้น: 50.0

-ogcmin ลอย
เปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำที่อนุญาตของ Gs และ Cs ใน oligo ภายใน ค่าเริ่มต้น: 20.0

-ogcmax ลอย
เปอร์เซ็นต์สูงสุดที่อนุญาตของ Gs และ Cs ใน oligo ภายในใดๆ ที่สร้างโดย Primer
ค่าเริ่มต้น: 80.0

-Osaltconc ลอย
ความเข้มข้นของเกลือในระดับมิลลิโมลาร์ (โดยปกติคือ KCl) ในการผสมพันธุ์ Eprimer32
ใช้อาร์กิวเมนต์นี้ในการคำนวณอุณหภูมิหลอมเหลวของโอลิโกภายใน ค่าเริ่มต้น:
50.0

-odnaconc ลอย
ความเข้มข้นระดับนาโนโมลาร์ของการหลอมโอลิโกภายในในการผสมพันธุ์ ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 50.0

-oanyself ลอย
คะแนนการจัดตำแหน่งในพื้นที่สูงสุดที่อนุญาตเมื่อทดสอบ oligo ภายในสำหรับ (ท้องถิ่น)
การเติมเต็มในตนเอง การเติมเต็มตนเองในท้องถิ่นใช้เพื่อทำนายแนวโน้มของ
oligos ที่จะหลอมรวมตัวเอง ระบบการให้คะแนนให้ 1.00 สำหรับฐานเสริม
-0.25 สำหรับการจับคู่ฐานใดๆ (หรือ N) ที่มี N, -1.00 สำหรับการจับคู่ที่ไม่ตรงกัน และ -2.00 สำหรับ a
ช่องว่าง อนุญาตให้มีช่องว่างคู่เบสเดียวเท่านั้น ตัวอย่างเช่น การจัดตำแหน่ง 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' ได้รับอนุญาต (และได้คะแนน 1.75) แต่การจัดตำแหน่ง 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' ไม่พิจารณา คะแนนไม่เป็นค่าลบ และ a
คะแนน 0.00 แสดงว่าไม่มีการจัดตำแหน่งที่เหมาะสมระหว่างสอง
โอลิโกส ค่าเริ่มต้น: 12.00

-ตัวเอง ลอย
คะแนนการจัดตำแหน่งสากลที่ยึด 3' สูงสุดที่อนุญาตเมื่อทำการทดสอบ oligo . เดียว
เพื่อการเติมเต็มในตัวเอง ระบบการให้คะแนนเป็นส่วนประกอบสูงสุด
การโต้แย้ง. ในตัวอย่างข้างต้น คะแนนคือ 7.00 และ 6.00 ตามลำดับ คะแนนคือ
ไม่เป็นลบ และคะแนน 0.00 แสดงว่าไม่มีการยึด 3' ที่สมเหตุสมผล
การจัดตำแหน่งระดับโลกระหว่างสอง oligos เพื่อประเมิน 3'-ทอดสมอทั่วโลก
การจัดตำแหน่งสำหรับผู้สมัคร oligos, Primer ถือว่าลำดับที่จะเลือก
oligos ถูกนำเสนอ 5' ถึง 3' ภายใน-OLIGO-SELF-END ไม่มีความหมายเมื่อนำไปใช้กับ
โอลิโกสภายในที่ใช้สำหรับการตรวจจับตามการผสมพันธุ์ เนื่องจากไพรเมอร์-ไดเมอร์จะไม่
เกิดขึ้น. เราแนะนำให้ตั้งค่า INTERNAL-OLIGO-SELF-END ให้สูงที่สุดเท่าที่
ภายใน-OLIGO-SELF-ANY ค่าเริ่มต้น: 12.00

-opolyxmax จำนวนเต็ม
ความยาวสูงสุดที่อนุญาตของการทำซ้ำโอลิโกโมโนนิวคลีโอไทด์เช่น
อร๊ายยย. ค่าเริ่มต้น: 5

-โอมิชิบแม็กซ์ ลอย
คล้ายกับ MAX-MISPRIMING ยกเว้นว่าพารามิเตอร์นี้ใช้กับความคล้ายคลึงของ
oligos ภายในของผู้สมัครไปยังไลบรารีที่ระบุใน INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY
ค่าเริ่มต้น: 12.0

ค้นหาระดับสูง ส่วน
-อธิบายธง บูล
หากแฟล็กนี้เป็นจริง ให้สร้าง LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN และ INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
แท็กเอาต์พุตซึ่งมีวัตถุประสงค์เพื่อให้ข้อมูลเกี่ยวกับจำนวน oligos และ
คู่ไพรเมอร์ที่ Eprimer32 ตรวจสอบและสถิติเกี่ยวกับจำนวนที่ทิ้งไปสำหรับ
เหตุผลต่างๆ ค่าเริ่มต้น: N

-fileflag บูล
หากค่าที่เกี่ยวข้องเป็นจริง ดังนั้น Eprimer32 จะสร้างไฟล์เอาต์พุตสองไฟล์สำหรับแต่ละไฟล์
ลำดับอินพุต ไฟล์ (sequence-id).for แสดงรายการไพรเมอร์การส่งต่อที่ยอมรับได้ทั้งหมดสำหรับ
(sequence-id) และ (sequence-id).rev แสดงรายการไพรเมอร์ย้อนกลับที่ยอมรับได้ทั้งหมดสำหรับ
(sequence-id) โดยที่ (sequence-id) คือค่าของแท็ก SEQUENCE-ID (ซึ่งต้องเป็น
ที่ให้มา) นอกจากนี้ หากแท็กอินพุต TASK คือ 1 หรือ 4 Eprimer32 จะสร้างไฟล์
(sequence-id).int ซึ่งแสดงรายการ oligos ภายในที่ยอมรับได้ทั้งหมด ค่าเริ่มต้น: N

- ดัชนีฐานแรก จำนวนเต็ม
พารามิเตอร์นี้เป็นดัชนีของฐานแรกในลำดับอินพุต สำหรับการป้อนข้อมูลและ
เอาต์พุตโดยใช้การจัดทำดัชนีแบบ 1 (เช่นที่ใช้ใน GenBank และผู้ใช้จำนวนมาก
คุ้นเคย) ตั้งค่าพารามิเตอร์นี้เป็น 1 สำหรับอินพุตและเอาต์พุตโดยใช้การจัดทำดัชนีแบบอิง 0
ตั้งค่าพารามิเตอร์นี้เป็น 0 (พารามิเตอร์นี้มีผลกับดัชนีในเนื้อหาของ .ด้วย
ไฟล์ที่สร้างขึ้นเมื่อตั้งค่าแฟล็กไฟล์ไพรเมอร์) ค่าเริ่มต้น: 1

-ปิกกานีเวย์ บูล
ถ้าเป็นจริง เลือกคู่ไพรเมอร์แม้ว่า LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT หรือ INTERNAL-OLIGO-INPUT
ละเมิดข้อจำกัดเฉพาะ ค่าเริ่มต้น: N

-maxmispriming ลอย
ความคล้ายคลึงแบบถ่วงน้ำหนักสูงสุดที่อนุญาตกับลำดับใดๆ ใน MISPRIMING-LIBRARY
ค่าเริ่มต้น: 12.00

-pairmaxmispriming ลอย
ผลรวมสูงสุดของความคล้ายคลึงแบบถ่วงน้ำหนักของคู่ไพรเมอร์ (หนึ่งความคล้ายคลึงกันสำหรับ
แต่ละไพรเมอร์) ด้วยลำดับเดียวใน MISPRIMING-LIBRARY ค่าเริ่มต้น: 24.00

-ได้รับการตอบรับ จำนวนเต็ม
จำนวนฐานที่ไม่รู้จักสูงสุด (N) ที่อนุญาตในไพรเมอร์ใดๆ

-เซลฟี่ ลอย
คะแนนการจัดตำแหน่งในพื้นที่สูงสุดที่อนุญาตเมื่อทดสอบไพรเมอร์ตัวเดียวสำหรับ (เฉพาะที่)
การเติมเต็มในตัวเองและคะแนนการจัดตำแหน่งในพื้นที่สูงสุดที่อนุญาตเมื่อทำการทดสอบสำหรับ
เสริมระหว่างไพรเมอร์ไปข้างหน้าและย้อนกลับ การเติมเต็มตนเองในท้องถิ่นคือ
นำมาทำนายแนวโน้มของไพรเมอร์ที่จะหลอมรวมเข้าด้วยกันโดยไม่จำเป็น
ทำให้เกิด self-priming ใน PCR ระบบการให้คะแนนให้ 1.00 สำหรับการเสริม
ฐาน -0.25 สำหรับการจับคู่ของฐานใดๆ (หรือ N) ที่มี N, -1.00 สำหรับการจับคู่ที่ไม่ตรงกัน และ -2.00
สำหรับช่องว่าง อนุญาตให้มีช่องว่างคู่เบสเดียวเท่านั้น ตัวอย่างเช่น การจัดตำแหน่ง 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' ได้รับอนุญาต (และได้คะแนน 1.75) แต่
การจัดตำแหน่ง 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' ไม่พิจารณา คะแนนคือ
ไม่เป็นลบ และคะแนน 0.00 แสดงว่าไม่มีท้องถิ่นที่เหมาะสม
การจัดตำแหน่งระหว่างสอง oligos ค่าเริ่มต้น: 8.00

-ตัวเอง ลอย
คะแนนการจัดตำแหน่งทั่วโลกที่ยึด 3' สูงสุดที่อนุญาตเมื่อทดสอบไพรเมอร์ตัวเดียว
สำหรับการเสริมตัวเองและคะแนนการจัดตำแหน่งทั่วโลกที่ยึด 3' สูงสุดที่อนุญาต
เมื่อทดสอบความสมบูรณ์ระหว่างไพรเมอร์ไปข้างหน้าและถอยหลัง 3'-ทอดสมอ
คะแนนการจัดตำแหน่งทั่วโลกถูกนำมาใช้เพื่อคาดการณ์แนวโน้มของ PCR-priming
ไพรเมอร์-ไดเมอร์ เช่น 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| ||||||
..........3' AAGGCTACATTTAGCCTAGT 5' หรือ 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
............||||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' ระบบการให้คะแนนเป็น
สำหรับอาร์กิวเมนต์การเติมเต็มสูงสุด ในตัวอย่างข้างต้น คะแนนคือ 7.00
และ 6.00 ตามลำดับ คะแนนไม่เป็นค่าลบ และคะแนน 0.00 แสดงว่า
ไม่มีการจัดตำแหน่งระดับโลกที่ยึด 3'- ที่สมเหตุสมผลระหว่างสอง oligos เพื่อที่จะ
ประมาณการการจัดตำแหน่งระดับโลกที่ยึด 3' สำหรับไพรเมอร์และคู่ไพรเมอร์ของผู้สมัคร Primer
ถือว่าลำดับการเลือกไพรเมอร์แสดง 5' ถึง 3' มันคือ
ไร้สาระเพื่อให้ค่าพารามิเตอร์นี้มากกว่าค่าสูงสุด (ในเครื่อง)
พารามิเตอร์ Complementarity เนื่องจากคะแนนของการจัดตำแหน่งในพื้นที่จะอยู่ที่ .เสมอ
อย่างน้อยก็เท่ากับคะแนนของการจัดตำแหน่งระดับโลก ค่าเริ่มต้น: 3.00

-คะแนน รายการ
ระบุสูตรการแก้ไขเกลือสำหรับการคำนวณอุณหภูมิหลอมเหลว ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 1

-tmสูตร รายการ
ระบุรายละเอียดการคำนวณอุณหภูมิหลอมเหลว ค่าเริ่มต้น: 1

เชื้อปะทุ การลงโทษ น้ำหนัก
-เสถียรภาพสูงสุด ลอย
ความเสถียรสูงสุดสำหรับเบส 3' ห้าตัวของไพรเมอร์เดินหน้าหรือถอยหลัง ใหญ่กว่า
ตัวเลขหมายถึงสิ้นสุด 3' ที่มีเสถียรภาพมากขึ้น ค่าคือเดลต้าสูงสุด G สำหรับเพล็กซ์
การหยุดชะงักของฐาน 3' ห้าฐานตามที่คำนวณโดยใช้พารามิเตอร์เพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด
ตีพิมพ์ใน Breslauer, Frank, Bloecker and Marky, Proc. นัท อคาเด วิทย์. สหรัฐอเมริกา เล่มที่ 83,
หน้า 3746-3750 Eprimer32 ใช้ค่าเริ่มต้นที่อนุญาตอย่างสมบูรณ์สำหรับการย้อนกลับ
ความเข้ากันได้ (ซึ่งเราอาจเปลี่ยนแปลงในรุ่นถัดไป) Rychlik แนะนำสูงสุด
มูลค่า 9 (Wojciech Rychlik, 'Selection of Primers for Polymerase Chain Reaction' in
BA White, Ed., 'วิธีการทางอณูชีววิทยา, Vol. 15: โปรโตคอล PCR: วิธีการปัจจุบัน
และ Applications', 1993, หน้า 31-40, Humana Press, Totowa NJ) ค่าเริ่มต้น: 9.0

เอาท์พุต ส่วน
-outfile ออกจากไฟล์

ใช้ eprimer32e ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net