featureCounts - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

featureCounts - โปรแกรมสรุปการอ่านที่มีประสิทธิภาพสูงและแม่นยำ

การใช้

คุณสมบัตินับ [ตัวเลือก] -a -o input_file1 [input_file2]
...

อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:

-a
ชื่อของไฟล์คำอธิบายประกอบ รูปแบบ GTF โดยค่าเริ่มต้น ดู -F ตัวเลือกสำหรับรูปแบบเพิ่มเติม

-o
ชื่อของไฟล์เอาต์พุตรวมถึงจำนวนการอ่าน ไฟล์แยกรวมทั้งสรุป
สถิติของผลการนับรวมอยู่ในผลลัพธ์ด้วย (` .สรุป')

อินพุต_ไฟล์
รายการไฟล์อินพุตในรูปแบบ BAM หรือ SAM ผู้ใช้ไม่ต้องระบุว่าเป็น BAM หรือ
กท.

อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:

-A
ชื่อของไฟล์ที่คั่นด้วยจุลภาครวมถึงชื่อแทนโครโมโซมที่ใช้จับคู่
ชื่อโครโมโซมที่ใช้ในหมายเหตุประกอบกับชื่อที่ใช้ในอินพุต BAM/SAM หากเป็น
แตกต่าง. ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับรูปแบบไฟล์

-F
ระบุรูปแบบของไฟล์คำอธิบายประกอบที่ให้มา รูปแบบที่ยอมรับได้ ได้แก่ 'GTF' และ
'เอสเอเอฟ' `GTF' โดยค่าเริ่มต้น ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับคำอธิบายรูปแบบ SAF

-t
ระบุประเภทคุณลักษณะในคำอธิบายประกอบ GTF `exon' โดยค่าเริ่มต้น คุณสมบัติที่ใช้ในการอ่าน
การนับจะถูกดึงออกมาจากคำอธิบายประกอบโดยใช้ค่าที่ให้มา

-g
ระบุประเภทแอตทริบิวต์ในคำอธิบายประกอบ GTF `gene_id' โดยค่าเริ่มต้น คุณสมบัติ Meta ที่ใช้
สำหรับการนับการอ่านจะถูกดึงออกมาจากคำอธิบายประกอบโดยใช้ค่าที่ให้มา

-f ทำการนับการอ่านที่ระดับคุณสมบัติ (เช่น การนับการอ่านสำหรับ exons มากกว่า
ยีน)

-O กำหนดให้อ่านคุณสมบัติ meta ที่ทับซ้อนกันทั้งหมด (หรือคุณสมบัติ if -f is
ระบุไว้)

-s
ดำเนินการนับการอ่านเฉพาะสาระ ค่าที่เป็นไปได้: 0 (คลายเกลียว), 1
(ควั่น) และ 2 (ควั่นกลับกัน) 0 โดยค่าเริ่มต้น

-M การอ่านการแมปหลายรายการจะถูกนับด้วย สำหรับการอ่านหลายแมป รายงานทั้งหมดของมัน
การจัดตำแหน่งจะถูกนับ แท็ก 'NH' ในอินพุต BAM/SAM ใช้เพื่อตรวจจับ
การอ่านหลายแมป

-Q
คะแนนคุณภาพการทำแผนที่ขั้นต่ำที่อ่านต้องเป็นไปตามจึงจะนับได้ สำหรับ
การอ่านปลายคู่ อย่างน้อยหนึ่งปลายควรเป็นไปตามเกณฑ์นี้ 0 โดยค่าเริ่มต้น

-T
จำนวนเธรด 1 โดยค่าเริ่มต้น

-v เวอร์ชันเอาต์พุตของโปรแกรม

-J นับจำนวนการอ่านที่รองรับการแยก exon-exon แต่ละจุด ทางแยกเคยเป็น
ระบุจากการอ่านแบบขยายช่วง exon ในอินพุต (มี 'N' ใน CIGAR
สตริง) ผลการนับจะถูกบันทึกลงในไฟล์ชื่อ ' .jcounts'

-G
ไฟล์ Fasta ที่มีจีโนมอ้างอิงที่ใช้ในการสร้างอินพุต SAM หรือ
ไฟล์ BAM อาร์กิวเมนต์นี้จำเป็นเฉพาะเมื่อทำการนับทางแยก

-R แสดงผลการมอบหมายโดยละเอียดสำหรับการอ่านแต่ละครั้ง ไฟล์ข้อความจะถูกสร้างขึ้นสำหรับ
แต่ละไฟล์อินพุต รวมถึงชื่อของการอ่านและ meta-features/features ที่อ่านได้
ได้รับมอบหมายให้. ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

- ทับซ้อนที่ใหญ่ที่สุด
กำหนดให้อ่านคุณสมบัติ/คุณสมบัติเมตาที่มีจำนวนการทับซ้อนกันมากที่สุด
ฐาน

--minทับซ้อนกัน
ระบุจำนวนขั้นต่ำของฐานที่ทับซ้อนกันที่จำเป็นระหว่างการอ่านและa
meta-feature/feature ที่กำหนดให้อ่าน 1 โดยค่าเริ่มต้น

--read2pos <5:3>
ลดการอ่านเป็น 5' ฐานมากที่สุดหรือ 3' ฐานมากที่สุด ทำการนับการอ่านแล้ว
ตามฐานเดียวที่อ่านจะลดลง

--อ่านส่วนขยาย5 การอ่านถูกขยายต้นน้ำโดย ฐานจากพวกเขา
5' สิ้นสุด

--อ่านส่วนขยาย3 การอ่านถูกขยายต้นน้ำโดย ฐานจากพวกเขา
3' สิ้นสุด

--เศษส่วน
ใช้การนับเศษส่วน 1/n แทนการนับ 1 (หนึ่ง) สำหรับแต่ละการจัดตำแหน่งที่รายงาน
ของการอ่านหลายแมปในการนับการอ่าน n คือจำนวนการจัดตำแหน่งทั้งหมดที่รายงาน
สำหรับการอ่านหลายแมป ตัวเลือกนี้ต้องใช้ร่วมกับตัวเลือก '-M'

--หลัก
นับการจัดตำแหน่งหลักเท่านั้น การจัดตำแหน่งหลักจะถูกระบุโดยใช้บิต 0x100 in
ฟิลด์ SAM/BAM FLAG

--ignoreDup
ละเว้นการอ่านซ้ำในการนับการอ่าน การอ่านซ้ำจะถูกระบุโดยใช้ bit
Ox400 ในช่อง BAM/SAM FLAG คู่การอ่านทั้งหมดจะถูกละเว้นหากการอ่านค่าใดค่าหนึ่งเป็น
การอ่านซ้ำสำหรับข้อมูลสิ้นสุดที่จับคู่

--countSplitAlignmentsเท่านั้น นับการจัดแนวแยกเท่านั้น (เช่น การจัดแนวด้วย
สตริงซิการ์ที่มี `N') ตัวอย่างของการจัดแนวแยกคือการอ่านแบบขยาย exon
ในข้อมูล RNA-seq

-p นับเศษส่วน (คู่การอ่าน) แทนการอ่านแต่ละรายการ สำหรับแต่ละคู่ที่อ่าน มันคือ
การอ่านสองครั้งต้องอยู่ติดกันในอินพุต BAM/SAM

-P ตรวจสอบความถูกต้องของระยะทางที่จับคู่เมื่อนับคู่การอ่าน ใช้ -d และ -D ไปยัง
กำหนดเกณฑ์

-d
ความยาวส่วนย่อย/เทมเพลตขั้นต่ำ 50 โดยค่าเริ่มต้น

-D
ความยาวส่วนย่อย/เทมเพลตสูงสุด 600 ตามค่าเริ่มต้น

-B นับคู่การอ่านที่มีการจัดตำแหน่งทั้งสองด้านสำเร็จเท่านั้น

-S
ระบุการวางแนวของสองการอ่านจากคู่เดียวกัน โดยค่าเริ่มต้น 'fr'
(ไปข้างหน้า/ย้อนกลับ).

-C อย่านับคู่อ่านที่มีปลายทั้งสองจับคู่กับโครโมโซมต่างกัน
หรือจับคู่โครโมโซมเดียวกันแต่คนละสาย

--donotsort
อย่าเรียงลำดับการอ่านในอินพุต BAM/SAM โปรดทราบว่าจำเป็นต้องอ่านจากคู่เดียวกัน
จะอยู่ติดกันในอินพุท

--maxMOp
จำนวนสูงสุดของการดำเนินการ 'M' ที่อนุญาตในสตริง CIGAR 10 โดยค่าเริ่มต้น ทั้งคู่
'X' และ '=' จะถือเป็น 'M' และการดำเนินการ 'M' ที่อยู่ติดกันจะรวมเข้ากับ CIGAR
เชือก

ใช้ featureCounts ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net