gmx-convert-tpr - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-convert-tpr - สร้างไฟล์ run-input ที่แก้ไขแล้ว

เรื่องย่อ

gmx แปลง-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-ขยาย ]
[-จนกระทั่ง ] [-nขั้นตอน ] [-เวลา ]
[-[ไม่]zeroq] [-[นิยาย] [-[ไม่]ต่อ]
[-init_fep_state ]

DESCRIPTION

GMX แปลง-tpr สามารถแก้ไขรันไฟล์อินพุตได้สี่วิธี

1. โดยการปรับเปลี่ยนจำนวนขั้นตอนในการเรียกใช้ไฟล์อินพุตด้วยตัวเลือก -ขยาย, -จนกระทั่ง or
-nขั้นตอน (nsteps=-1 หมายถึง ไม่จำกัดจำนวนก้าว)

2. (OBSOLETE) โดยการสร้างรันไฟล์อินพุตสำหรับการรันต่อเนื่องเมื่อการจำลองของคุณมี
หยุดทำงานเนื่องจากเช่นดิสก์เต็มหรือโดยการเรียกใช้ไฟล์อินพุตต่อเนื่อง ตัวเลือกนี้
ล้าสมัย เนื่องจากตอนนี้ mdrun เขียนและอ่านไฟล์จุดตรวจ หมายเหตุ ว่ากรอบด้วย
ต้องการพิกัดและความเร็ว เมื่อความดันและ/หรืออุณหภูมิของจมูกฮูเวอร์
coupling ใช้ไฟล์พลังงานที่สามารถจัดหาเพื่อให้ได้ความต่อเนื่องที่แน่นอนของ
วิ่งเดิม.

3. โดยการสร้างไฟล์ .tpx สำหรับชุดย่อยของไฟล์ tpx เดิมของคุณ ซึ่งจะมีประโยชน์เมื่อ
คุณต้องการเอาตัวทำละลายออกจากไฟล์ .tpx ของคุณ หรือเมื่อคุณต้องการทำให้เป็น pure
ไฟล์ Calpha .tpx โปรดทราบว่าคุณอาจต้องใช้ -nขั้นตอน -1 (หรือคล้ายกัน) เพื่อให้ได้สิ่งนี้ไป
ทำงาน คำเตือน: นี้ .tpx ไฟล์ is ไม่ อย่างเต็มที่ การทำงาน.

4. โดยกำหนดค่าใช้จ่ายของกลุ่มที่ระบุเป็นศูนย์ สิ่งนี้มีประโยชน์เมื่อทำฟรี
การประมาณพลังงานโดยใช้วิธี LIE (พลังงานปฏิกิริยาเชิงเส้น)

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (เลือกได้)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง

-e [<.edr>] (ener.edr) (เลือกได้)
ไฟล์พลังงาน

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

ตัวเลือกอื่น:

-ขยาย (0)
ขยายรันไทม์ตามจำนวนนี้ (ps)

-จนกระทั่ง (0)
ขยายเวลารันไทม์จนถึงเวลาสิ้นสุดนี้ (ps)

-nขั้นตอน (0)
เปลี่ยนจำนวนก้าว

-เวลา (-1)
ต่อจากเฟรมตอนนี้ (ps) แทนที่จะเป็นเฟรมสุดท้าย

-[ไม่]zeroq (ไม่มี)
ตั้งค่าค่าใช้จ่ายของกลุ่ม (จากดัชนี) เป็นศูนย์

-[นิยาย (ใช่)
ต้องการความเร็วจากวิถี

-[ไม่]ต่อ (ใช่)
เพื่อความต่อเนื่องที่แน่นอน ไม่ควรใช้ข้อจำกัดก่อนขั้นตอนแรก

-init_fep_state (0)
สถานะ fep เพื่อเริ่มต้นจาก

ใช้ gmx-convert-tpr ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net