gmx-editconf - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-editconf - แปลงและจัดการไฟล์โครงสร้าง

เรื่องย่อ

gmx แก้ไขคอนเฟิร์ม [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-มธุรส [<.pqr>]] [-[ตอนนี้]
[-[ไม่]ndef] [-จขกท ] [-กล่อง ]
[-มุม ] [-d ] [-[ไม่]ค]
[-ศูนย์ ] [-จัดศูนย์ ]
[-จัดตำแหน่ง ] [-แปลภาษา ]
[-หมุน ] [-[ไม่]ปริ๊นซ์] [- สเกล ]
[-ความหนาแน่น ] [-[ไม่]pbc] [-resnr ] [-[ไม่]เข้าใจ]
[-rvdw ] [-[ไม่มี]sig56] [-[ไม่]vdwread] [-[ไม่]อะตอม]
[-[ไม่มี]ตำนาน] [-ฉลาก ] [-[ไม่]เชื่อมต่อ]

DESCRIPTION

GMX แก้ไข แปลงรูปแบบโครงสร้างทั่วไปเป็น .gro, .g96 or .pdb.

กล่องสามารถแก้ไขได้ด้วยตัวเลือก -กล่อง, -d และ -มุม. ทั้งสอง -กล่อง และ -d จะเป็นศูนย์กลาง
ระบบในกล่อง เว้นแต่ -noc ถูกนำมาใช้.

ตัวเลือกเสริม (Option) -จขกท กำหนดประเภทกล่อง: ไตรคลินิก เป็นกล่อง triclinic เป็นลูกบาศก์ เป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า
กล่องที่มีทุกด้านเท่ากัน เฟ หมายถึง สิบสองเหลี่ยมขนมเปียกปูนและ รูปแปดด้าน is
รูปแปดด้านที่ถูกตัดทอน สองกรณีสุดท้ายเป็นกรณีพิเศษของกล่อง triclinic ความยาวของ
เวกเตอร์กล่องสามกล่องของรูปแปดด้านที่ถูกตัดทอนคือระยะห่างที่สั้นที่สุดระหว่างสอง
รูปหกเหลี่ยมตรงข้าม เทียบกับกล่องลูกบาศก์ที่มีระยะห่างของภาพเป็นระยะ ปริมาตร
ของสิบสองหน้าที่มีระยะคาบเท่ากันนี้คือ 0.71 คูณของลูกบาศก์ และ
ของแปดด้านที่ถูกตัดทอนคือ 0.77 เท่า

ตัวเลือกเสริม (Option) -กล่อง ต้องการเพียงหนึ่งค่าสำหรับลูกบาศก์, สิบสองเหลี่ยมขนมเปียกปูนหรือตัดทอน
กล่องแปดด้าน

ด้วยระบบเส้นทาง -d และ ไตรคลินิก กล่องขนาดของระบบใน x-, y-, และ z-ทิศทางคือ
ใช้แล้ว. กับ -d และ เป็นลูกบาศก์, เฟ or รูปแปดด้าน กล่องขนาดถูกกำหนดเป็น
เส้นผ่านศูนย์กลางของระบบ (ระยะห่างระหว่างอะตอมที่ใหญ่ที่สุด) บวกสองเท่าของระยะทางที่กำหนด

ตัวเลือกเสริม (Option) -มุม มีความหมายกับ option เท่านั้น -กล่อง และกล่องไตรคลินิคใช้ไม่ได้
พร้อมออฟชั่น -d.

เมื่อ -n or -ndef กำหนดไว้ สามารถเลือกกลุ่มสำหรับคำนวณขนาดและ
ศูนย์เรขาคณิต มิฉะนั้นจะใช้ทั้งระบบ

-หมุน หมุนพิกัดและความเร็ว

- เจ้าชาย จัดแนวแกนหลักของระบบตามแนวแกนพิกัดโดยให้ยาวที่สุด
แกนที่สอดคล้องกับ x-แกน. วิธีนี้อาจทำให้คุณลดระดับเสียงของกล่องได้ แต่ระวัง
ที่โมเลกุลสามารถหมุนได้อย่างมีนัยสำคัญในหน่วยนาโนวินาที

มีการใช้มาตราส่วนก่อนที่จะดำเนินการอื่นใด กล่องและพิกัด
สามารถปรับขนาดเพื่อให้มีความหนาแน่นบางอย่าง (ตัวเลือก -ความหนาแน่น). โปรดทราบว่านี่อาจเป็น
ไม่ถูกต้องในกรณีที่ a .gro ไฟล์จะได้รับเป็นอินพุต คุณสมบัติพิเศษของตัวเลือกการปรับขนาด
คือเมื่อให้ปัจจัย -1 ในมิติเดียว ได้ภาพสะท้อนสะท้อน
ในเครื่องบินลำหนึ่ง เมื่อเราใช้ -1 ในสามมิติ ภาพสะท้อนจุดกลับเป็น
ได้รับ

กลุ่มจะถูกเลือกหลังจากดำเนินการทั้งหมดแล้ว

ระยะสามารถลบออกในลักษณะหยาบ มันเป็นสิ่งสำคัญที่เวกเตอร์กล่องที่
ด้านล่างของไฟล์อินพุตของคุณถูกต้องเมื่อต้องลบช่วงเวลา

เมื่อเขียน .pdb ไฟล์ B-factors สามารถเพิ่มได้ด้วย the -bf ตัวเลือก. อ่านปัจจัย B
จากไฟล์ที่มีรูปแบบดังนี้: บรรทัดแรกระบุจำนวนรายการในไฟล์
บรรทัดถัดไประบุดัชนีตามด้วยปัจจัย B ปัจจัย B จะถูกแนบต่อ
สารตกค้างเว้นแต่ดัชนีจะมากกว่าจำนวนของสารตกค้างหรือเว้นแต่ -อะตอม ตัวเลือก
ถูกตั้งค่า เห็นได้ชัดว่าสามารถเพิ่มข้อมูลตัวเลขประเภทใดก็ได้แทน B-factors -ตำนาน
จะสร้างแถวของอะตอม CA ที่มีปัจจัย B ตั้งแต่ต่ำสุดไปจนถึงสูงสุด
พบคุณค่าสร้างตำนานให้ชมได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ด้วยตัวเลือก -มธุรส พิเศษ .pdb (.pqr) สำหรับโปรแกรมไฟฟ้าสถิต MEAD
(ตัวแก้ปัวซอง-โบลต์ซมันน์) สามารถทำได้ ข้อกำหนดเบื้องต้นเพิ่มเติมคือไฟล์อินพุตคือ a
เรียกใช้ไฟล์อินพุต ฟิลด์ปัจจัย B จะถูกเติมด้วยรัศมี Van der Waals ของ
อะตอมในขณะที่สนามครอบครองจะเก็บประจุ

ทางเลือก -เข้าใจ คล้ายกัน แต่ให้ประจุในปัจจัย B และรัศมีเป็น
การเข้าพัก

ตัวเลือกเสริม (Option) -จัดตำแหน่ง อนุญาตให้จัดแนวแกนหลักของกลุ่มที่ระบุกับ
เวกเตอร์ที่กำหนด โดยมีจุดศูนย์กลางการหมุนซึ่งเป็นทางเลือกซึ่งระบุโดย -จัดศูนย์.

สุดท้ายกับ option -ฉลาก, แก้ไข สามารถเพิ่มตัวระบุลูกโซ่ให้กับa .pdb ไฟล์ซึ่งสามารถ
มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ เช่น Rasmol

ในการแปลงไฟล์รูปแปดเหลี่ยมที่ถูกตัดทอนซึ่งสร้างโดยแพ็คเกจที่ใช้กล่องลูกบาศก์ด้วย
มุมที่ถูกตัดออก (เช่น GROMOS) ใช้:

gmx editconf -f ใน -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o ออก

ที่ไหน เวคเลิน คือขนาดของกล่องลูกบาศก์คูณ ตร.ว(3)/2.

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (เลือกได้)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ

-มธุรส [<.pqr>] (มธุรส.pqr) (เลือกได้)
ไฟล์พิกัดสำหรับ MEAD

ตัวเลือกอื่น:

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-[ไม่]ndef (ไม่มี)
เลือกผลลัพธ์จากกลุ่มดัชนีเริ่มต้น

-จขกท (ไตรคลินิก)
ประเภทกล่องสำหรับ -กล่อง และ -d: triclinic, ลูกบาศก์, dodecahedron, octahedron

-กล่อง (0 0 0)
ความยาวเวกเตอร์กล่อง (a,b,c)

-มุม (90 90 90)
มุมระหว่างเวกเตอร์กล่อง (bc,ac,ab)

-d (0)
ระยะห่างระหว่างตัวถูกละลายกับกล่อง

-[ไม่]ค (ไม่มี)
ศูนย์โมเลกุลในกล่อง (โดยนัยโดย -กล่อง และ -d)

-ศูนย์ (0 0 0)
พิกัดศูนย์เรขาคณิต

-จัดศูนย์ (0 0 0)
ศูนย์กลางของการหมุนสำหรับการจัดตำแหน่ง

-จัดตำแหน่ง (0 0 0)
ปรับแนวให้ตรงกับเวกเตอร์เป้าหมาย

-แปลภาษา (0 0 0)
การแปลภาษา

-หมุน (0 0 0)
การหมุนรอบแกน X, Y และ Z ในหน่วยองศา

-[ไม่]ปริ๊นซ์ (ไม่มี)
ทิศทางของโมเลกุลตามแกนหลักของพวกมัน

- สเกล (1 1 1)
ตัวคูณมาตราส่วน

-ความหนาแน่น (1000)
ความหนาแน่น (g/L) ของกล่องส่งออกที่ทำได้โดยการปรับขนาด

-[ไม่]pbc (ไม่มี)
ลบคาบ (ทำให้โมเลกุลสมบูรณ์อีกครั้ง)

-resnr (-1)
กำหนดหมายเลขตกค้างเริ่มต้นจาก resnr

-[ไม่]เข้าใจ (ไม่มี)
เก็บประจุของอะตอมไว้ในช่องปัจจัย B และรัศมีของอะตอมใน
พื้นที่ครอบครอง

-rvdw (0.12)
ค่าเริ่มต้น Van der Waals รัศมี (เป็นนาโนเมตร) หากไม่พบในฐานข้อมูลหรือ if
ไม่มีพารามิเตอร์อยู่ในไฟล์ทอพอโลยี

-[ไม่มี]sig56 (ไม่มี)
ใช้ rmin/2 (ขั้นต่ำในศักยภาพ Van der Waals) มากกว่า sigma/2

-[ไม่]vdwread (ไม่มี)
อ่านรัศมี Van der Waals จากไฟล์ vdwradii.dat แทนที่จะคำนวณ
รัศมีตามสนามแรง

-[ไม่]อะตอม (ไม่มี)
บังคับสิ่งที่แนบมากับปัจจัย B ต่ออะตอม

-[ไม่มี]ตำนาน (ไม่มี)
สร้างตำนาน B-factor

-ฉลาก (A)
เพิ่มฉลากโซ่สำหรับสารตกค้างทั้งหมด

-[ไม่]เชื่อมต่อ (ไม่มี)
เพิ่มระเบียน CONECT ไปที่ a .pdb ไฟล์เมื่อเขียน ทำได้ก็ต่อเมื่อโทโพโลยีเป็น
นำเสนอ

ที่รู้จักกัน ประเด็น

· สำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อน รูทีนการขจัดประจำเดือนอาจพังลง ในกรณีนี้ คุณ
สามารถใช้ GMX trjconv.

ใช้ gmx-editconf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net