gmx-trjconv - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-trjconv - แปลงและจัดการไฟล์วิถี

เรื่องย่อ

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-fr [<.ndx>]] [- ย่อย [<.ndx>]] [หยด [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-คุณ ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-ข้าม ]
[-dt ] [-[ไม่มี]รอบ] [- ถังขยะ ] [-t0 ]
[-ขั้นตอนเวลา ] [-pbc ] [-คุณ ]
[-[ไม่มี]ศูนย์] [-boxcenter ] [-กล่อง ]
[-ทรานส์ ] [- กะ ] [-พอดี ]
[-ธันวาคม ] [-[นิยาย] [-[ไม่]บังคับ] [-trunc ]
[-Exec ] [- แยก ] [-[ไม่]เซป]
[-ศูนย์ ] [-ดรอปอันเดอร์ ] [-ดร็อปโอเวอร์ ]
[-[ไม่]เชื่อมต่อ]

DESCRIPTION

GMX trjconv สามารถแปลงไฟล์วิถีได้หลายวิธี:

· จากรูปแบบหนึ่งไปอีกรูปแบบหนึ่ง

·เลือกชุดย่อยของอะตอม

·เปลี่ยนการแสดงเป็นระยะ

· เก็บโมเลกุลมัลติเมอร์ไว้ด้วยกัน

· อะตอมตรงกลางกล่อง

· ปรับอะตอมให้เข้ากับโครงสร้างอ้างอิง

· ลดจำนวนเฟรม

· เปลี่ยนการประทับเวลาของเฟรม (-t0 และ -ขั้นตอนเวลา)

· ตัดวิถีในวิถีย่อยเล็ก ๆ ตามข้อมูลในไฟล์ดัชนี
ซึ่งช่วยให้สามารถวิเคราะห์วิถีย่อยที่อาจ ตัวอย่างเช่น
ผลลัพธ์ของการวิเคราะห์คลัสเตอร์ ใช้ตัวเลือก - ย่อย. นี่ถือว่ารายการใน
ไฟล์ดัชนีคือหมายเลขเฟรมและดัมพ์แต่ละกลุ่มในไฟล์ดัชนีไปยังไฟล์แยกกัน
ไฟล์วิถี

·เลือกเฟรมภายในช่วงหนึ่งของปริมาณที่กำหนดใน .xvg ไฟล์

GMX trjcat เหมาะกว่าสำหรับการต่อไฟล์วิถีหลายไฟล์เข้าด้วยกัน

รองรับรูปแบบต่อไปนี้สำหรับอินพุตและเอาต์พุต: .xtc, .tr, .gro, .g96 และ .pdb.
ตรวจพบรูปแบบไฟล์จากนามสกุลไฟล์ ความแม่นยำของ .xtc และ .gro
เอาต์พุตถูกนำมาจากไฟล์อินพุตสำหรับ .xtc, .gro และ .pdbและจาก -ธันวาคม ตัวเลือกสำหรับ
รูปแบบอินพุตอื่นๆ ความแม่นยำมักจะถูกนำมาจาก -ธันวาคมเมื่อตั้งค่าตัวเลือกนี้แล้ว
รูปแบบอื่นๆ ทั้งหมดมีความแม่นยำคงที่ .tr เอาต์พุตสามารถมีความแม่นยำเดียวหรือสองเท่า
ขึ้นอยู่กับความแม่นยำของ GMX trjconv ไบนารี่. โปรดทราบว่าความเร็วเป็นเพียง
รองรับใน .tr, .gro และ .g96 ไฟล์

ตัวเลือกเสริม (Option) -กันยายน สามารถใช้เขียนทุกเฟรมแยกกันได้ .gro .g96 or .pdb ไฟล์. โดย
ค่าเริ่มต้น เฟรมทั้งหมดทั้งหมดเขียนเป็นไฟล์เดียว .pdb ไฟล์ที่มีเฟรมทั้งหมดต่อกัน can
ดูกับ ราสมอล -nmrpdb.

เป็นไปได้ที่จะเลือกส่วนหนึ่งของวิถีของคุณและเขียนลงในไฟล์วิถีใหม่
เพื่อประหยัดเนื้อที่ดิสก์ เช่น การปล่อยน้ำออกจากวิถีของโปรตีน
ในน้ำ. เสมอ วางเส้นทางเดิมบนเทป! เราแนะนำให้ใช้แบบพกพา
.xtc รูปแบบสำหรับการวิเคราะห์ของคุณเพื่อประหยัดพื้นที่ดิสก์และมีไฟล์แบบพกพา

มีสองตัวเลือกในการปรับวิถีโคจรให้เป็นข้อมูลอ้างอิงสำหรับสิ่งจำเป็น
การวิเคราะห์พลวัต ฯลฯ ตัวเลือกแรกเป็นเพียงการปรับให้เข้ากับโครงสร้างอ้างอิงเท่านั้น
ในไฟล์โครงสร้าง ตัวเลือกที่สองเป็นแบบโปรเกรสซีฟซึ่งกรอบเวลาแรก
ถูกติดตั้งเข้ากับโครงสร้างอ้างอิงในไฟล์โครงสร้างเพื่อรับและแต่ละรายการในภายหลัง
กรอบเวลาพอดีกับโครงสร้างที่ติดตั้งไว้ก่อนหน้านี้ วิธีนี้จะเป็นวิถีต่อเนื่อง
ถูกสร้างขึ้น ซึ่งอาจจะไม่เป็นเช่นนั้นเมื่อใช้วิธีการพอดีปกติ เช่น เมื่อ
โปรตีนของคุณผ่านการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างขนาดใหญ่

ตัวเลือกเสริม (Option) -pbc กำหนดประเภทของการรักษาเงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะ:

· ตุ่น วางจุดศูนย์กลางมวลของโมเลกุลในกล่อง และต้องการรันไฟล์อินพุตที่
มาพร้อมกับ -s.

· Res วางจุดศูนย์กลางมวลสารตกค้างในกล่อง

· อะตอม ใส่อะตอมทั้งหมดลงในกล่อง

· โนจัมป์ ตรวจสอบว่าอะตอมกระโดดข้ามกล่องแล้วดึงกลับหรือไม่ นี้มี
ผลกระทบที่โมเลกุลทั้งหมดจะยังคงสมบูรณ์
รูปทรง) หมายเหตุ เพื่อให้แน่ใจว่ามีวิถีโคจรต่อเนื่อง แต่โมเลกุลอาจ
กระจายออกจากกล่อง การกำหนดค่าเริ่มต้นสำหรับขั้นตอนนี้นำมาจาก
ไฟล์โครงสร้าง หากมี มิฉะนั้น จะเป็นเฟรมแรก

· กลุ่ม รวมอะตอมทั้งหมดในดัชนีที่เลือกไว้เพื่อให้อยู่ใกล้ที่สุด
จนถึงจุดศูนย์กลางมวลของคลัสเตอร์ซึ่งมีการปรับปรุงซ้ำๆ หมายเหตุ ที่นี้
จะให้ผลลัพธ์ที่มีความหมายก็ต่อเมื่อคุณมีคลัสเตอร์จริงๆ โชคดีที่สามารถ
ตรวจสอบหลังจากนั้นโดยใช้โปรแกรมดูวิถี สังเกตด้วยว่าถ้าโมเลกุลของคุณคือ
เสียนี้จะไม่ทำงานอย่างใดอย่างหนึ่ง

ตัวเลือกที่แยกต่างหาก -คลัสเตอร์เซ็นเตอร์ สามารถใช้ระบุศูนย์โดยประมาณสำหรับ
คลัสเตอร์ สิ่งนี้มีประโยชน์ เช่น หากคุณมีถุงน้ำขนาดใหญ่สองถุง และคุณต้องการ
รักษาตำแหน่งญาติของพวกเขา

· ทั้งหมด ทำให้โมเลกุลที่แตกสลายทั้งหมดเท่านั้น

ตัวเลือกเสริม (Option) -คุณ ตั้งค่าการแสดงเซลล์หน่วยสำหรับตัวเลือก ตุ่น, Res และ อะตอม of -pbc. ทั้งหมด
สามตัวเลือกให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกันสำหรับกล่อง triclinic และผลลัพธ์ที่เหมือนกันสำหรับ
กล่องสี่เหลี่ยม ตรง เป็นรูปอิฐธรรมดา ไตร คือ เซลล์หน่วย triclinic
กะทัดรัด ทำให้อะตอมทั้งหมดอยู่ห่างจากศูนย์กลางของกล่องมากที่สุด นี้สามารถ
มีประโยชน์สำหรับการมองเห็น เช่น octahedra ที่ถูกตัดทอนหรือ rhombic dodecahedra ศูนย์กลางสำหรับ
ตัวเลือก ไตร และ กะทัดรัด is ไตร (ดูด้านล่าง) เว้นแต่ตัวเลือก -boxcenter มีการตั้งค่า
ต่างกัน

ตัวเลือกเสริม (Option) -ศูนย์ ศูนย์รวมระบบในกล่อง ผู้ใช้สามารถเลือกกลุ่มที่ใช้
เพื่อกำหนดศูนย์เรขาคณิต ตัวเลือก -boxcenter กำหนดตำแหน่งศูนย์กลางของ
กล่องตัวเลือก -pbc และ -ศูนย์. ตัวเลือกศูนย์คือ: ไตร: ครึ่งหนึ่งของผลรวมของ
เวกเตอร์กล่อง, ตรง: ครึ่งกล่องในแนวทแยง เป็นศูนย์: ศูนย์ ใช้ตัวเลือก -pbc ตุ่น นอกจากนี้
ไปยัง -ศูนย์ เมื่อคุณต้องการให้โมเลกุลทั้งหมดอยู่ในกล่องหลังการจัดกึ่งกลาง

ตัวเลือกเสริม (Option) -กล่อง กำหนดขนาดของกล่องใหม่ ตัวเลือกนี้ใช้ได้กับมิติข้อมูลชั้นนำเท่านั้น
และโดยทั่วไปแล้วจะมีประโยชน์สำหรับกล่องสี่เหลี่ยมเท่านั้น หากต้องการแก้ไขเพียงบางส่วน
ของมิติ เช่น เมื่ออ่านจากวิถี คุณสามารถใช้ -1 สำหรับพวกนั้น
ขนาดที่ควรจะเท่าเดิม ไม่สามารถใช้ชุดค่าผสมของ . ได้เสมอไป
-pbc, -พอดี, -คุณ และ -ศูนย์ เพื่อทำสิ่งที่คุณต้องการในการโทรครั้งเดียวถึง GMX trjconv.
ลองใช้การโทรหลายครั้ง และดูคำแนะนำได้ที่เว็บไซต์ GROMACS

ด้วยระบบเส้นทาง -dtเป็นไปได้ที่จะลดจำนวนเฟรมในเอาต์พุต ตัวเลือกนี้อาศัย
เกี่ยวกับความถูกต้องของเวลาในวิถีการป้อนข้อมูลของคุณ ดังนั้นหากสิ่งเหล่านี้ไม่ถูกต้อง ให้ใช้
-ขั้นตอนเวลา ตัวเลือกในการปรับเปลี่ยนเวลา (สามารถทำได้พร้อมกัน) เพื่อความเรียบเนียน
ภาพยนตร์ รายการ GMX กรอง สามารถลดจำนวนเฟรมขณะใช้ low-pass
การกรองความถี่ ซึ่งช่วยลดการสร้างนามแฝงของการเคลื่อนไหวความถี่สูง

การใช้ -trunc GMX trjconv สามารถตัดทอนได้ .tr ในสถานที่เช่นโดยไม่ต้องคัดลอกไฟล์ นี้
มีประโยชน์เมื่อการรันหยุดทำงานระหว่างดิสก์ I/O (เช่น ดิสก์เต็ม) หรือเมื่อสองตัวต่อเนื่องกัน
เส้นทางจะต้องต่อกันโดยไม่มีเฟรมคู่

ตัวเลือกเสริม (Option) - ถังขยะ สามารถใช้เพื่อแยกเฟรมที่หรือใกล้เวลาที่กำหนดจากของคุณ
วิถี แต่ทำงานได้อย่างน่าเชื่อถือก็ต่อเมื่อช่วงเวลาระหว่างเฟรมเท่ากัน

ตัวเลือกเสริม (Option) หยด อ่าน an .xvg ไฟล์ที่มีเวลาและค่า เมื่อตัวเลือก -ดรอปอันเดอร์ และ / หรือ
-ดร็อปโอเวอร์ มีการตั้งค่าเฟรมที่มีค่าต่ำกว่าและสูงกว่าค่าของตัวเลือกที่เกี่ยวข้อง
จะไม่ถูกเขียน

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-fr [<.ndx>] (เฟรม.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

- ย่อย [<.ndx>] (cluster.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

หยด [<.xvg>] (drop.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-ข้าม (1)
เขียนทุกเฟรมที่ nr-th เท่านั้น

-dt (0)
เขียนเฉพาะเฟรมเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ไม่มี]รอบ (ไม่มี)
การวัดแบบกลมเป็นพิโควินาทีที่ใกล้ที่สุด

- ถังขยะ (-1)
ดัมพ์เฟรมที่ใกล้ที่สุดเวลาที่กำหนด (ps)

-t0 (0)
เวลาเริ่มต้น (ps) (ค่าเริ่มต้น: ไม่ต้องเปลี่ยน)

-ขั้นตอนเวลา (0)
เปลี่ยนขั้นตอนเวลาระหว่างเฟรมอินพุต (ps)

-pbc (ไม่มี)
การรักษาด้วย PBC (ดูข้อความช่วยเหลือสำหรับคำอธิบายแบบเต็ม): none, mol, res, atom, nojump,
คลัสเตอร์ ทั้งหมด

-คุณ (ตรง)
การแสดงหน่วยเซลล์: rect, tric, compact

-[ไม่มี]ศูนย์ (ไม่มี)
ศูนย์อะตอมในกล่อง

-boxcenter (ทริก)
ศูนย์สำหรับ -pbc และ -center: tric, rect, zero

-กล่อง (0 0 0)
ขนาดสำหรับกล่องลูกบาศก์ใหม่ (ค่าเริ่มต้น: อ่านจากอินพุต)

-ทรานส์ (0 0 0)
พิกัดทั้งหมดจะถูกแปลโดยทรานส์ สามารถนำมารวมกันได้อย่างดี
ด้วย -pbc mol -ur กะทัดรัด

- กะ (0 0 0)
พิกัดทั้งหมดจะเลื่อนไปตาม framenr*shift

-พอดี (ไม่มี)
ปรับโมเลกุลเพื่ออ้างอิงโครงสร้างในไฟล์โครงสร้าง: none, rot+trans,
rotxy+transxy, การแปล, transxy, โปรเกรสซีฟ

-ธันวาคม (3)
ความแม่นยำในการเขียน .xtc และ .gro ในจำนวนทศนิยม

-[นิยาย (ใช่)
อ่านและเขียนความเร็วถ้าเป็นไปได้

-[ไม่]บังคับ (ไม่มี)
อ่านและเขียนกำลังถ้าเป็นไปได้

-trunc (-1)
ตัดทอนไฟล์วิถีอินพุตหลังจากเวลานี้ (ps)

-Exec
ดำเนินการคำสั่งสำหรับทุกเฟรมเอาต์พุตที่มีหมายเลขเฟรมเป็นอาร์กิวเมนต์

- แยก (0)
เริ่มเขียนไฟล์ใหม่เมื่อ t MOD split = ครั้งแรก (ps)

-[ไม่]เซป (ไม่มี)
เขียนแต่ละเฟรมเป็น .gro, .g96 หรือ .pdb file . แยกกัน

-ศูนย์ (0)
หากมีการตั้งค่าแฟล็ก -sep ให้ใช้ตัวเลขจำนวนมากเหล่านี้สำหรับหมายเลขไฟล์และนำหน้า
ศูนย์ตามความจำเป็น

-ดรอปอันเดอร์ (0)
วางเฟรมทั้งหมดด้านล่างค่านี้

-ดร็อปโอเวอร์ (0)
วางเฟรมทั้งหมดที่อยู่เหนือค่านี้

-[ไม่]เชื่อมต่อ (ไม่มี)
เพิ่มบันทึก conect เมื่อเขียน .pdb ไฟล์. มีประโยชน์สำหรับการมองเห็นของ
โมเลกุลที่ไม่ได้มาตรฐาน เช่น เม็ดหยาบ

ใช้ gmx-trjconv ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net