gt-hop - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gt-hop - การแก้ไขข้อผิดพลาด homopolymer ตามลำดับที่เชื่อมโยงกัน

เรื่องย่อ

gt กระโดด - -ค -แผนที่ -reads [ตัวเลือก...]

DESCRIPTION

-c [เชือก]
ลำดับสายเลือด (เข้ารหัสโดยใช้การเข้ารหัส gt encseq)

-แผนที่ [เชือก]
การแมปของการอ่านกับลำดับคอนเนทต้องอยู่ในรูปแบบ SAM/BAM และจัดเรียงตาม
พิกัด (เตรียมได้ เช่น ใช้ samtools sort)

- แซม [ใช่|ไม่]
ไฟล์การแมปเป็นค่าเริ่มต้นของ SAM: BAM

-ก้าวร้าว [ใช่|ไม่]
ให้ถูกต้องมากที่สุด

-ปานกลาง [ใช่|ไม่]
เป็นสื่อกลางระหว่างความไวและความแม่นยำ

-ซึ่งอนุรักษ์นิยม [ใช่|ไม่]
แก้ไขข้อผิดพลาดที่เป็นไปได้มากที่สุดเท่านั้น

-ผู้เชี่ยวชาญ [ใช่|ไม่]
เลือกเกณฑ์การแก้ไขด้วยตนเอง

- อ่าน
ไฟล์อ่านที่ไม่ได้รับการแก้ไขในรูปแบบ FastQ; การอ่านที่แก้ไขจะถูกส่งออกใน
ไดเร็กทอรีการทำงานปัจจุบันในไฟล์ที่ตั้งชื่อเป็นไฟล์อินพุต โดยแต่ละไฟล์จะถูกนำหน้า
โดยคำนำหน้า (ดูตัวเลือก -outprefix) -reads อนุญาตให้ส่งออกการอ่านในเดียวกัน
เรียงลำดับตามอินพุตและจำเป็นหาก SAM มีมากกว่าหนึ่งรายการหลัก
การจัดตำแหน่งสำหรับการอ่านแต่ละครั้ง (เช่นผลลัพธ์ของ bwasw) ดูตัวเลือก -o เป็นทางเลือกด้วย

- คำนำหน้านาม [เชือก]
คำนำหน้าสำหรับชื่อไฟล์เอาต์พุต (แก้ไขการอ่าน) เมื่อระบุ -reads คำนำหน้าคือ
นำหน้าชื่อไฟล์อินพุตแต่ละอัน (ค่าเริ่มต้น: hop_)

-o [เชือก]
ไฟล์เอาต์พุตสำหรับการอ่านที่แก้ไขแล้ว (ดูเพิ่มเติมที่ -reads/-outprefix) หากใช้ -o การอ่านจะเป็น
เอาต์พุตเป็นไฟล์เดียวตามลำดับที่พบในไฟล์ SAM (ซึ่งโดยปกติ
แตกต่างจากลำดับเดิม) ซึ่งจะใช้ได้ก็ต่อเมื่อการอ่านสอดคล้องกับ a
ซอฟต์แวร์ที่มีเพียง 1 การจัดตำแหน่งสำหรับการอ่านแต่ละครั้ง (เช่น bwa) (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)

-ฮมิน [ความคุ้มค่า]
ความยาวขั้นต่ำของโฮโมพอลิเมอร์ในลำดับสายเลือด (ค่าเริ่มต้น: 3)

-read-hmin [ความคุ้มค่า]
ความยาวขั้นต่ำของโฮโมพอลิเมอร์ในการอ่าน (ค่าเริ่มต้น: 2)

-คิวแม็กซ์ [ความคุ้มค่า]
คุณภาพเฉลี่ยสูงสุดของ homopolymer ในการอ่าน (ค่าเริ่มต้น: 120)

-altmax [ความคุ้มค่า]
การสนับสนุนสูงสุดของ homopol ทางเลือก ระยะเวลา; เช่น 0.8 หมายถึง: ไม่แก้ไขการอ่าน if . ใด ๆ
โฮป ความยาวมากกว่า 80%% ของการอ่านมีค่าเท่ากัน ต่างจากค่า
cognate หาก altmax ถูกตั้งค่าเป็น 1.0 การอ่านจะได้รับการแก้ไขเสมอ (ค่าเริ่มต้น: 0.800000)

-โคกมิน [ความคุ้มค่า]
การสนับสนุนขั้นต่ำของ Homopol ลำดับสายเลือด ระยะเวลา; เช่น 0.1 หมายถึง: ไม่แก้ไขใดๆ
อ่านว่า cognone homop ไม่มีความยาวอย่างน้อย 10%% ของการอ่านถ้า cogmin
ถูกตั้งค่าเป็น 0.0 อ่านจะถูกแก้ไขเสมอ

-แมปคิวมิน [ความคุ้มค่า]
คุณภาพการแมปขั้นต่ำ (ค่าเริ่มต้น: 21)

-โคมิน [ความคุ้มค่า]
ความคุ้มครองน้อยที่สุด เช่น 5 หมายถึง: ไม่แก้ไขการอ่านใด ๆ หากครอบคลุม (จำนวนอ่าน
แมปทับโฮโมพอลิเมอร์ทั้งหมด) น้อยกว่า 5 ถ้า covmin ถูกตั้งค่าเป็น 1 การอ่านเสมอ
แก้ไขแล้ว (ค่าเริ่มต้น: 1)

-allow-หลาย [ใช่|ไม่]
อนุญาตให้มีการแก้ไขหลายครั้งในการอ่าน (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-เคล็นแม็กซ์ [ความคุ้มค่า]
ค่าเริ่มต้นของความยาวการแก้ไขสูงสุด: unlimited

-แอน [เชือก]
คำอธิบายประกอบของลำดับสายเลือดจะต้องจัดเรียงตามพิกัดบนสายสืบ
ลำดับ (สามารถทำได้เช่นโดยใช้: gt gff3 -sort) หากใช้ -ann การแก้ไข
จะถูกจำกัดเฉพาะโฮโมพอลิเมอร์ที่เริ่มต้นหรือสิ้นสุดภายในประเภทคุณลักษณะที่ระบุโดย
-ft optionformat: เรียงลำดับ GFF3 (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)

- ฟุต [เชือก]
ประเภทคุณลักษณะที่จะใช้เมื่อระบุตัวเลือก -ann (ค่าเริ่มต้น: CDS)

-v [ใช่|ไม่]
ละเอียด (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือสำหรับตัวเลือกพื้นฐานและทางออก

- ช่วย +
แสดงความช่วยเหลือสำหรับตัวเลือกทั้งหมดและออก

-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก

โหมดแก้ไข:

ทางเลือกหนึ่ง -ก้าวร้าว, -ปานกลาง, -ซึ่งอนุรักษ์นิยม or -ผู้เชี่ยวชาญ จะต้องเลือก

เทศกาล -ก้าวร้าว, -ปานกลาง และ -ซึ่งอนุรักษ์นิยม โหมดเป็นที่ตั้งไว้ล่วงหน้าของเกณฑ์โดยที่มัน
จะตัดสินว่าความคลาดเคลื่อนที่สังเกตพบในความยาวโฮโมพอลิเมอร์ระหว่างลำดับสายเลือดกับ a
อ่านจะได้รับการแก้ไขหรือไม่ คำอธิบายของเกณฑ์เดียวมีให้โดยใช้
- ช่วย +' ตัวเลือก. ค่าที่ตั้งล่วงหน้าจะเทียบเท่ากับการตั้งค่าต่อไปนี้:

-ก้าวร้าว -ปานกลาง -อนุรักษ์นิยม
-ฮมิน 3 3 3
-read-hmin 1 1 2
-altmax 1.00 0.99 0.80
-ผู้อ้างอิง 0.00 0.00 0.10
-แผนที่qmin 0 10 21
-โควีมิน 1 1 1
-clenmax ไม่ จำกัด ไม่ จำกัด ไม่ จำกัด
-allow-multi ใช่ ใช่ ไม่ใช่

โหมดก้าวร้าวพยายามเพิ่มความไวสูงสุด โหมดอนุรักษ์นิยมเพื่อลด
ผลบวกที่ผิดพลาด สามารถแก้ไขชุดการแก้ไขที่ระมัดระวังยิ่งขึ้นได้โดยใช้
-แอน ตัวเลือก (ดู - ช่วย +).

เทศกาล -ผู้เชี่ยวชาญ โหมดอนุญาตให้ตั้งค่าแต่ละพารามิเตอร์ด้วยตนเอง ค่าเริ่มต้นคือ
เช่นเดียวกับใน -ซึ่งอนุรักษ์นิยม โหมด.

(สุดท้าย เพื่อวัตถุประสงค์ในการประเมินเท่านั้น -สถานะของความจริง โหมดที่ใช้ได้: โหมดนี้
ถือว่าจีโนมที่จัดลำดับถูกระบุเป็นลำดับทางสายเลือดและให้ผลลัพธ์เป็น
รายการแก้ไขที่เหมาะสมที่สุด)

รายงาน ข้อบกพร่อง

รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.

ใช้ gt-hop ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net