gt-snpper - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gt-snpper - ใส่คำอธิบายประกอบ SNP ตามผลกระทบต่อจีโนมตามที่กำหนดโดยจีโนม
คำอธิบายประกอบ

เรื่องย่อ

gt สไนเปอร์ [ตัวเลือก ...] GFF3_file [GVF_file]

DESCRIPTION

-trans_table [ความคุ้มค่า]
หมายเลขตารางการแปล NCBI เลือกจาก:

· 1: มาตรฐาน

· 2: ไมโทคอนเดรียที่มีกระดูกสันหลัง

· 3: ยีสต์ไมโตคอนเดรีย

· 4: เชื้อราไมโตคอนเดรีย; โปรโตซัวไมโตคอนเดรีย; Coelenterate ไมโตคอนเดรีย;
ไมโคพลาสมา; สไปโรพลาสมา

· 5: ไมโทคอนเดรียที่ไม่มีกระดูกสันหลัง

· 6: นิวเคลียร์ซิลิเอต; Dasycladacean นิวเคลียร์; นิวเคลียร์เฮกซามิตา

· 9: เอไคโนเดิร์ม ไมโตคอนเดรีย; ไมโตคอนเดรีย หนอนตัวแบน

· 10: ยูพโลทิด นิวเคลียร์

· 11: แบคทีเรีย อาร์คีล และพลาสติดพืช

· 12: นิวเคลียร์ทางเลือกของยีสต์

· 13: Ascidian ไมโทคอนเดรีย

· 14: ไมโทคอนเดรีย พยาธิตัวตืดทางเลือก

· 15: เกล็ดกระดี่ Macronuclear

· 16: คลอโรไฟเชียน ไมโทคอนเดรีย

· 21: ทรีมาโทดไมโทคอนเดรีย

· 22: Scenedesmus obliquus ไมโทคอนเดรีย

· 23: ธรัสโตไคเทรียม ไมโตคอนเดรีย

· 24: Pterobranchia ไมโทคอนเดรีย

· 25: กองผู้สมัคร SR1 และ Gracilibacteria (ค่าเริ่มต้น: 1)

-seqfile [ชื่อไฟล์]
ตั้งค่าไฟล์ลำดับที่จะใช้ลำดับ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)

-encseq [ชื่อไฟล์]
ตั้งชื่อดัชนีลำดับที่เข้ารหัสซึ่งจะใช้ลำดับ (ค่าเริ่มต้น:
ไม่ได้กำหนด)

-seqfiles
ตั้งค่าไฟล์ลำดับที่จะแยกคุณสมบัติใช้ -- เพื่อยุติรายการ
ของไฟล์ลำดับ

-matchdesc [ใช่|ไม่]
ค้นหาคำอธิบายลำดับจากไฟล์อินพุตสำหรับรหัสลำดับที่ต้องการ (in
GFF3) รายงานการแข่งขันนัดแรก (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)

-matchdescstart [ใช่|ไม่]
ตรงกับคำอธิบายลำดับจากไฟล์อินพุตสำหรับลำดับที่ต้องการทุกประการ
รหัส (ใน GFF3) ตั้งแต่ต้นจนถึงช่องว่างแรก (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)

-usesc [ใช่|ไม่]
ใช้คำอธิบายลำดับเพื่อจับคู่รหัสลำดับ (ใน GFF3) กับลำดับจริง
รายการ. หากคำอธิบายมีช่วงลำดับ (เช่น III:1000001..2000000) ค่า
ส่วนแรกใช้เป็นรหัสลำดับ (III) และตำแหน่งช่วงแรกเป็น offset
(1000001) (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-การทำแผนที่ภูมิภาค [เชือก]
ตั้งค่าไฟล์ที่มีลำดับภูมิภาคเป็นลำดับการแมปไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)

-o [ชื่อไฟล์]
เปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตไปยังไฟล์ที่ระบุ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)

-gzip [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตที่บีบอัด gzip (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-bzip2 [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตบีบอัด bzip2 (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-บังคับ [ใช่|ไม่]
บังคับให้เขียนไปยังไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: ไม่)

-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือและออก

-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก

รูปแบบไฟล์สำหรับตัวเลือก -การทำแผนที่ภูมิภาค:

ไฟล์ที่ให้มากับตัวเลือก -regionmapping กำหนด "การแมป" การทำแผนที่แผนที่
รายการลำดับภูมิภาคที่ระบุใน GFF3_file ไปยังไฟล์ลำดับที่มี
ลำดับที่สอดคล้องกัน การแมปสามารถกำหนดได้ในรูปแบบใดรูปแบบหนึ่งจากสองรูปแบบต่อไปนี้:

การทำแผนที่ = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

การแมปฟังก์ชัน (sequence_region)
ส่งคืน "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
ปลาย

รูปแบบแรกกำหนด Lua (http://www.lua.org) ตารางชื่อ “การทำแผนที่” ซึ่งจับคู่แต่ละตาราง
ขอบเขตของลำดับไปยังไฟล์ลำดับที่สอดคล้องกัน อันที่สองกำหนดฟังก์ชัน Lua
“การทำแผนที่” ซึ่งต้องส่งคืนชื่อไฟล์ลำดับเมื่อถูกเรียกด้วย
sequence_region เป็นอาร์กิวเมนต์

รายงาน ข้อบกพร่อง

รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.

ใช้ gt-snpper ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net