gustaf - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gustaf - Gustaf - ตัวค้นหาการจัดตำแหน่ง mUlti-SpliT ทั่วไป: เครื่องมือสำหรับการทำแผนที่แบบแยกส่วน
อนุญาตให้แยกหลาย ๆ

เรื่องย่อ

กัสตาฟ [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

GUSTAF ใช้ SeqAns STELLAR เพื่อค้นหาการแยกเป็นรายการที่ตรงกันในสายต่างๆ หรือ
โครโมโซม สามารถกำหนดเกณฑ์และบทลงโทษในการจับคู่เหล่านี้ได้ เอาท์พุต
ไฟล์มีจุดพักตามสายโซ่ที่ดีที่สุด

ไฟล์จีโนมถูกใช้เป็นอินพุตฐานข้อมูล ไฟล์ที่อ่านเป็นอินพุตคิวรี

รองรับตัวเลือก STELLAR ทั้งหมด ดูเอกสาร STELLAR สำหรับพารามิเตอร์ STELLAR
และทางเลือกต่างๆ

(c) 2011-2012 โดย Kathrin Trappe

-h, --ช่วยด้วย

แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

--รุ่น

แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น

ตัวเลือกของกุสตาฟ:

ตัวเลือกหลัก:

-ทีพี, --ทรานส์เพน INT

บทลงโทษการเคลื่อนย้ายระหว่างโครโมโซม ค่าเริ่มต้น: 5.

-ไอพี, --invPen INT

ค่าปรับผกผัน ค่าเริ่มต้น: 5.

-สหกรณ์, --orderPen INT

บทลงโทษการเปลี่ยนลำดับ Intrachromosomal ค่าเริ่มต้น: 0

-อื่นๆ, --overlapThresh ซ้อน

อนุญาตให้ทับซ้อนกันระหว่างการแข่งขัน ค่าเริ่มต้น: 0.5

-gth, --gapThresh INT

ความยาวช่องว่างที่อนุญาตระหว่างการแข่งขัน ค่าเริ่มต้น: 10

-th, --initGapThresh INT

อนุญาตความยาวช่องว่างเริ่มต้นหรือสิ้นสุดที่จุดเริ่มต้นและจุดสิ้นสุดของการอ่าน ค่าเริ่มต้น: 15

-เซนต์, --สนับสนุน INT

จำนวนการอ่านที่รองรับ ค่าเริ่มต้น: 2

ตัวเลือกการป้อนข้อมูล:

-m, --matchfile ไฟล์

ไฟล์ของ (ตัวเอก) ตรงกับประเภทไฟล์ที่ถูกต้องคือ: gff และ GFF

ตัวเลือกเอาต์พุต:

-บีพีโอ, --เบรกพอยต์เอาท์ ไฟล์

ชื่อของไฟล์เอาต์พุตเบรกพอยต์ ประเภทไฟล์ที่ถูกต้องคือ: gff และ txt ค่าเริ่มต้น:
เบรกพอยต์.gff.

-j, --ชื่องาน STR

ชื่องาน/คิว ค่าเริ่มต้น: .

-ทำ, --จุด

เปิดใช้งานเอาต์พุตกราฟในรูปแบบจุด

ตัวเลือกตัวเอก:

ตัวเลือกหลัก:

-e, --เอปไซลอน NUM

อัตราความผิดพลาดสูงสุด (สูงสุด 0.25) อยู่ในช่วง [0.0000001..0.25] ค่าเริ่มต้น: 0.05

-l, --นาทีความยาว NUM

ความยาวน้อยที่สุดของการจับคู่เอปซิลอน อยู่ในช่วง [0..inf] ค่าเริ่มต้น: 100

-f, --ซึ่งไปข้างหน้า

ค้นหาเฉพาะใน forward strand ของฐานข้อมูล

-r, --ย้อนกลับ

ค้นหาเฉพาะในส่วนเสริมย้อนกลับของฐานข้อมูล

-a, --ตัวอักษร STR

ประเภทตัวอักษรของลำดับอินพุต (dna, rna, dna5, rna5, โปรตีน, ถ่าน) หนึ่งของดีเอ็นเอ,
dna5, rna, rna5, โปรตีน และถ่าน

-v, --รายละเอียด

ตั้งค่าโหมดการใช้คำฟุ่มเฟือย

ตัวเลือกการกรอง:

-k, --กม NUM

ความยาวของ q-grams (สูงสุด 32) อยู่ในช่วง [1..32]

-rp, --ทำซ้ำระยะเวลา NUM

ช่วงเวลาสูงสุดของความซับซ้อนต่ำจะถูกกรองซ้ำ ค่าเริ่มต้น: 1.

-rl, --ทำซ้ำความยาว NUM

ความยาวน้อยที่สุดของความซับซ้อนต่ำจะถูกกรองซ้ำ ค่าเริ่มต้น: 1000

-c, --ความอุดมสมบูรณ์Cut NUM

อัตราส่วนการตัดเกิน k-mer อยู่ในช่วง [0..1] ค่าเริ่มต้น: 1.

ตัวเลือกการยืนยัน:

-x, --xDrop NUM

x-drop สูงสุดสำหรับการขยาย ค่าเริ่มต้น: 5.

-เทียบกับ, --การตรวจสอบ STR

กลยุทธ์การตรวจสอบความถูกต้อง หรือ bestLocal หรือ bandedGlobal แบบตรงทั้งหมด bestLocal
และวงโกลบอล ค่าเริ่มต้น: ตรงทั้งหมด

-dt, --disableThresh NUM

จำนวนการจับคู่ที่ตรวจสอบแล้วสูงสุดก่อนปิดใช้งานการตรวจสอบสำหรับหนึ่งข้อความค้นหา
ลำดับ (ค่าเริ่มต้นอินฟินิตี้) อยู่ในช่วง [0..inf]

-n, --numMatches NUM

จำนวนรายการที่ตรงกันสูงสุดต่อการสืบค้นและฐานข้อมูล หาก STELLAR ค้นพบมากขึ้น
ไม้ขีดไฟจะเก็บเฉพาะรายการที่ยาวที่สุดเท่านั้น ค่าเริ่มต้น: 50

-s, --sortThresh NUM

จำนวนการแข่งขันที่กระตุ้นให้ลบรายการที่ซ้ำกัน เลือกค่าที่น้อยกว่าสำหรับ
ประหยัดพื้นที่ ค่าเริ่มต้น: 500

VERSION

gustaf เวอร์ชัน: 1.0 อัปเดตล่าสุด กรกฎาคม 2012

ใช้ gustaf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net