นี่คือคำสั่ง hmmstat ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hmmstat - แสดงสถิติสรุปสำหรับไฟล์โปรไฟล์
เรื่องย่อ
อืม [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
เทศกาล อืม ยูทิลิตีพิมพ์ไฟล์ตารางสถิติสรุปสำหรับแต่ละโปรไฟล์ใน
.
อาจเป็น '-' (เครื่องหมายขีด) ซึ่งในกรณีนี้จะอ่านโปรไฟล์จาก a
ไปป์แทนจากไฟล์
คอลัมน์คือ:
รหัสประจำตัว ดัชนีของโปรไฟล์นี้ โดยกำหนดหมายเลขแต่ละรายการในไฟล์โดยเริ่มจาก 1
ชื่อ ชื่อของโปรไฟล์
การครอบครอง
การเพิ่มโปรไฟล์เสริม หรือ "-" หากไม่มี
nseq จำนวนลำดับที่ประมาณการจากโปรไฟล์
eff_nseq
จำนวนที่มีประสิทธิผลของลำดับที่โปรไฟล์ถูกประมาณหลังจาก HMMER
ใช้การคำนวณหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิผลเช่นเอนโทรปีเริ่มต้น
น้ำหนัก
M ความยาวของแบบจำลองในฉันทามติตกค้าง (สถานะการจับคู่)
ลดละ ค่าเฉลี่ยเอนโทรปีสัมพัทธ์ต่อสถานะการแข่งขัน หน่วยเป็นบิต นี่คือคะแนน (เฉลี่ย) ที่คาดไว้
ต่อตำแหน่งฉันทามติ นี่คือสิ่งที่วิธีการถ่วงน้ำหนักเอนโทรปีเริ่มต้นสำหรับ
การประมาณค่าหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพจะเน้นที่ ดังนั้นสำหรับรุ่น HMMER3 ที่เป็นค่าเริ่มต้น คุณ
คาดว่าค่านี้จะสะท้อนถึงเป้าหมายเริ่มต้นสำหรับการถ่วงน้ำหนักเอนโทรปี
ข้อมูล เนื้อหาข้อมูลเฉลี่ยต่อสถานะการแข่งขัน หน่วยเป็นบิต คงไม่มีประโยชน์
เนื้อหาข้อมูลเป็นการคำนวณที่แตกต่างจากเอนโทรปีสัมพัทธ์เล็กน้อย
p รีล หมายถึงเอนโทรปีสัมพัทธ์เชิงตำแหน่ง หน่วยเป็นบิต นี้เป็นรุ่นนักเล่นของ per-
การจับคู่สถานะเอนโทรปีโดยคำนึงถึงการเปลี่ยนแปลง
(แทรก/ลบ) ความน่าจะเป็น; อาจเป็นการประมาณค่าที่แม่นยำยิ่งขึ้นของ
คะแนนเฉลี่ยต่อตำแหน่งฉันทามติของแบบจำลอง
คอมพ์เคแอล ระยะห่าง Kullback-Leibler ระหว่างองค์ประกอบตกค้างเฉลี่ยโดยรวมของแบบจำลอง
และการกระจายความถี่พื้นหลังเริ่มต้น ยิ่งตัวเลขนี้สูงเท่าใด
ลำเอียงมากขึ้นองค์ประกอบตกค้างของโปรไฟล์คือ โปรไฟล์ที่มีอคติสูงสามารถ
ทำให้ไปป์ไลน์เร่งความเร็ว HMMER3 ช้าลง โดยทำให้เกิดลำดับที่ไม่เท่ากันมากเกินไป
เพื่อผ่านตัวกรอง
OPTIONS
-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด
ใช้ hmmstat ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
