นี่คือคำสั่ง macs2_bdgcmp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2_bdgcmp - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 bdgcmp [-h] -t แฟ้มข้อมูล -c CFILE [-S SFACTOR] [-p PSEUDOCOUNT]
[-m {ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--outdir ภายนอก] (--o-คำนำหน้า โอพรีฟิกซ์ | -o โอไฟล์ [OFILE ...])
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-t ทีไฟล์ --ไฟล์ แฟ้มข้อมูล
ไฟล์ bedGraph ของการรักษา เช่น *_treat_pileup.bdg จาก MACSv2 ที่จำเป็น
-c แฟ้มเอกสาร --cfile แฟ้มข้อมูล
ควบคุมไฟล์ bedGraph เช่น *_control_lambda.bdg จาก MACSv2 ที่จำเป็น
-S แฟคเตอร์ --scaling-ปัจจัย เอสแฟคเตอร์
ปัจจัยสเกลสำหรับการติดตามการรักษาและการควบคุม เก็บไว้เป็น 1.0 หรือค่าเริ่มต้นในส่วนใหญ่
กรณี ตั้งค่าเฉพาะในขณะที่คุณมีเอาต์พุต SPMR จาก MACS2 callpeak และวางแผนเป็น
คำนวณคะแนนเป็นโมดูล callpeak ของ MACS2 หากคุณต้องการจำลอง 'callpeak' ด้วย o
'--to-large' คำนวณขนาดตัวอย่างที่มีขนาดเล็กลงหลังกรองซ้ำซ้อน
อ่านเป็นล้าน (เช่นใส่ 31.415926 ถ้าการอ่านที่มีประสิทธิภาพคือ 31,415,926) และอินพุต
สำหรับ '-S'; สำหรับ 'callpeak --to-ขนาดใหญ่' คำนวณการอ่านที่มีประสิทธิภาพในตัวอย่างขนาดใหญ่
ค่าเริ่มต้น: 1.0
-p สมมุติฐาน, --pseudocount สมมุติฐาน
จำนวนเทียมที่ใช้สำหรับคำนวณ logLR, logFE หรือ FE การนับจะถูกนำไปใช้
หลังจากการปรับความลึกของลำดับให้เป็นมาตรฐาน ค่าเริ่มต้น: 0.0 ไม่มีการนับเทียม
-m {ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], --กระบวนการ
{ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois,ลบ,logFE,FE,logLR,slogLR}
... ]
วิธีการใช้ขณะคำนวณคะแนนในถังใด ๆ โดยเปรียบเทียบค่าการรักษาและ
ค่าควบคุม ตัวเลือกที่ใช้ได้คือ: ppois, qpois, การลบ, logFE, logLR และ
slogLR. พวกเขาเป็นตัวแทนของปัวซอง Pvalue (-log10(pvalue) แบบฟอร์ม) โดยใช้การควบคุมเป็น lambda
และการบำบัดด้วยการสังเกต ค่า q ผ่านกระบวนการ BH สำหรับค่าปัวซอง
การลบออกจากการรักษา, การเพิ่มสมรรถนะการพับสเกลเชิงเส้น, บันทึก10 เท่า
การเสริมสมรรถนะ (ต้องตั้งค่า pseudocount) ความเป็นไปได้ของ log10 ระหว่างโมเดลที่เสริมด้วย ChIP
และโมเดลโครมาตินแบบเปิด (ต้องตั้งค่า pseudocount) และความเป็นไปได้ของ log10 ที่สมมาตร
ระหว่างสองโมเดลการเสริมสมรรถนะชิป ตัวเลือกเริ่มต้นคือ ppois
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน
--o-คำนำหน้า ออพรีฟิกซ์
PREFIX ของเอาต์พุตไฟล์ bedGraph เพื่อเขียนคะแนน ถ้ากำหนดให้เป็น A และ method
คือ 'ppois' ไฟล์ที่ส่งออกจะเป็น A_ppois.bdg เฉพาะร่วมกันกับ -o//-ofile.
-o OFILE [OFILE ... ], --ofile โอไฟล์ [OFILE ...]
ชื่อไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ --o-คำนำหน้า. ตัวเลขและลำดับของ
ข้อโต้แย้งสำหรับ --ofile จะต้องเหมือนกับfor -m.
ใช้ macs2_bdgcmp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
