msconvert - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

msconvert — แปลงรูปแบบไฟล์ข้อมูลแมสสเปกโตรเมตรี

เรื่องย่อ

msconvert [ตัวเลือก] [ไฟล์มาสก์]

DESCRIPTION

หน้าคู่มือนี้จัดทำเอกสารโดยสังเขปเกี่ยวกับ msconvert ซอฟต์แวร์ที่จัดส่งภายใน เครื่องมือ libpwiz
บรรจุุภัณฑ์. โปรแกรมนี้อนุญาตให้แปลงไฟล์ข้อมูลแมสสเปกโตรเมตรีจากรูปแบบเดียว
ไปอีก เนื่องจากรุ่นนี้สร้างบนแพลตฟอร์ม Debian ซอฟต์แวร์ฟรีเท่านั้น
การแปลงที่เกี่ยวข้องกับซอฟต์แวร์เสรีสามารถทำได้ [นั่นคือ *ไม่* เกี่ยวข้องกับกรรมสิทธิ์
ไลบรารีการเชื่อมโยงแบบไดนามิกบน Microsoft Windows (dll)]

OPTIONS

-v | --รายละเอียด
แสดงข้อมูลความคืบหน้าในการประมวลผลโดยละเอียด

--help แสดงข้อความนี้พร้อมรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับตัวเลือกตัวกรอง

-f | --รายการไฟล์ ชื่อไฟล์
ใช้เนื้อหาของ ชื่อไฟล์ ซึ่งแสดงรายการชื่อไฟล์

-o | --นอก dir
ตั้งค่าไดเร็กทอรีเอาต์พุต ('-' สำหรับ stdout) เป็น dir. โดยค่าเริ่มต้น ผลลัพธ์
ไดเร็กทอรีคือ '.' (นั่นคือไดเร็กทอรีการทำงานปัจจุบัน)

-c | --การกำหนดค่า ชื่อไฟล์
ตั้งค่าไฟล์การกำหนดค่าเป็น ชื่อไฟล์.

--outfile ชื่อไฟล์
แทนที่ชื่อของไฟล์ที่ส่งออก

-e | --ต่อ ต่อ
ตั้งค่านามสกุลของไฟล์เอาท์พุตเป็น ต่อ. อาจเป็น mzML หรือ mzXML หรือ mgf หรือ
.txt

--mzML เขียน mzML รูปแบบ (ค่าเริ่มต้น)

--mzXML เขียน mzXML จัดรูปแบบ

--mgf เขียน มก รูปแบบทั่วไปของมาสคอต

--text เขียน ProteoWizard ภายใน ข้อความ จัดรูปแบบ

--ms1 เขียน MS1 จัดรูปแบบ

--cms1 เขียน CMS1 จัดรูปแบบ

--ms2 เขียน MS2 จัดรูปแบบ

--cms2 เขียน CMS2 จัดรูปแบบ

--64 ตั้งค่าการเข้ารหัสไบนารีเริ่มต้นเป็นความแม่นยำ 64 บิต (ค่าเริ่มต้น)

--32 ตั้งค่าการเข้ารหัสไบนารีเริ่มต้นเป็นความแม่นยำ 32 บิต

--mz64 เข้ารหัสค่า m/z ในความแม่นยำ 64 บิต (ค่าเริ่มต้น)

--mz32 เข้ารหัสค่า m/z ด้วยความแม่นยำแบบ 32 บิต

--inten64 เข้ารหัสค่าความเข้มในความแม่นยำ 64 บิต

--inten32 เข้ารหัสค่าความเข้มในความแม่นยำ 32 บิต (ค่าเริ่มต้น)

--noindex อย่าเขียนดัชนี

-i | --ข้อมูลติดต่อ ชื่อไฟล์
ใช้ ชื่อไฟล์ สำหรับข้อมูลการติดต่อ

-z | --zlib
ใช้การบีบอัด zlib สำหรับข้อมูลไบนารี

-ก | --gzip
gzip ไฟล์เอาต์พุตทั้งหมด (เพิ่ม .gz ให้กับชื่อไฟล์)

--กรอง หาเรื่อง
เพิ่มตัวกรองรายการสเปกตรัม

--ผสาน สร้างไฟล์เอาต์พุตเดียวจากไฟล์อินพุตหลายไฟล์โดยผสานไฟล์ระดับ
ข้อมูลเมตาและรายการสเปกตรัมที่เชื่อมต่อกัน

--simAsSpectra
เขียนการตรวจสอบไอออนที่เลือกเป็นสเปกตรัม ไม่ใช่โครมาโตแกรม

--srmAsSpectra
เขียนการตรวจสอบปฏิกิริยาที่เลือกเป็นสเปกตรัม ไม่ใช่โครมาโตแกรม

ตัวอย่าง

แปลง data.RAW เป็น data.mzXML

msconvert ข้อมูล.RAW --mzXML

วางไฟล์เอาต์พุตใน my_output_dir

msconvert ข้อมูล.RAW -o my_output_dir

แยกดัชนีการสแกน 5...10 และ 20...25

msconvert ข้อมูล.RAW --กรอง "ดัชนี [5,10] [20,25] "

แยกการสแกน MS1 เท่านั้น

msconvert ข้อมูล.RAW --กรอง "msLevel 1"

แยกการสแกน MSn สำหรับ n>1

msconvert ข้อมูล.RAW --กรอง "msLevel 2-"

ใช้ไฟล์กำหนดค่า

msconvert ข้อมูล.RAW -c config.txt

กลับ มูลค่า

จำนวนไฟล์ที่ล้มเหลว

ใช้ msconvert ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net