นี่คือคำสั่ง NCLconverter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
NCLconverter - รายงานเนื้อหาของไฟล์ NEXUS
DESCRIPTION
NCLconverter ใช้อ่านไฟล์และเขียนรายงานเนื้อหาไปยังไฟล์คำนำหน้า
(ระบุด้วย -o แฟล็ก) ในรูปแบบเอาต์พุตที่เลือก (ระบุด้วยเครื่องหมาย -e ธง).
เทศกาล มากที่สุด ร่วมกัน การใช้ is อย่างง่าย:
ตัวแปลง NCL
OPTIONS
-h บนบรรทัดคำสั่งจะแสดงข้อความช่วยเหลือนี้
-q ระงับข้อความสถานะ NCL ขณะอ่านไฟล์
-lอ่านไฟล์และถือว่าแต่ละบรรทัดของไฟล์เป็นเส้นทางไปยังไฟล์ NEXUS
-a เอาต์พุต AltNexus (ไม่มีตารางการแปลในต้นไม้)
-x อย่าตรวจสอบฉลากภายในต้นไม้เป็นฉลากแท็กซ่า
-X อย่าถือว่าตัวเลขบนต้นไม้เป็นเลขอนุกรมวิธาน ให้ถือว่าเป็นตัวเลขตามอำเภอใจ
ป้ายกำกับ (ไม่ควรใช้กับไฟล์ NEXUS)
-sควบคุมระดับความเข้มงวดของ NEXUS
ระดับเริ่มต้นเทียบเท่ากับ -S2 เรียกใช้โปรแกรมด้วย -S3 หรือสูงกว่า
ตัวเลขจะแปลงคำเตือนบางอย่างเป็นข้อผิดพลาดร้ายแรง วิ่งด้วย -S1 จะทำให้
parser ที่จะยอมรับโครงสร้างที่เป็นอันตรายและทำงานกับ -S0 จะทำให้เกิด
parser พยายามทุกวิถีทางในการแยกวิเคราะห์ไฟล์ให้เสร็จ (คำเตือนเกี่ยวกับเรื่องร้ายแรง
ผิดพลาด)
โปรดทราบว่าเมื่อ -S0 ใช้ระดับความเข้มงวดและ parser ล้มเหลวในการทำให้เสร็จ
มักจะเป็นผลจากข้อผิดพลาดก่อนหน้านี้มากกว่าข้อผิดพลาดที่รายงานใน
ข้อความสุดท้าย
-iระบุความยาวของหน้า interleaved เพื่อสร้าง
-fระบุรูปแบบไฟล์อินพุตที่ต้องการ:
-fnexus
NEXUS (นี่เป็นค่าเริ่มต้นด้วย)
-ฟาฟาสตา
ข้อมูลกรดอะมิโนใน fasta
-fdnafasta
ข้อมูล DNA ใน fasta
-ฟรนาฟาสต้า
ข้อมูล RNA ใน fasta
รายการชื่อรูปแบบทั้งหมดที่สามารถตามหลัง -f ธงคือ:
nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip เน็กซัส
dnaphylipinterleaved rnaphylipinterleave aaphylipinterleave
discretephylip ระหว่าง dnarelaxedphylip
discreterelaxedphylip dnarelaxedphylip interleaved rnarelaxedphylip interleaved
aarelaxedphylipinterleaved discreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln ความแตกต่างระหว่าง
phyliptree ผ่อนคลายphyliptree nexml dnafin aafin rnafin
-eระบุรูปแบบไฟล์เอาต์พุตที่ต้องการ:
-enexus
เอาต์พุต NEXUS "ทำให้เป็นมาตรฐาน"
-เอฟาสต้า
ข้อมูลอักขระใน fasta (อาจส่งผลให้มีไฟล์เอาต์พุตหลายไฟล์)
-เอฟิลลิป
ข้อมูลต้นไม้และข้อมูลอักขระใน phylip (อาจส่งผลให้มีไฟล์เอาต์พุตหลายไฟล์)
-อีรีแล็กซ์ฟิลลิป
ต้นไม้และข้อมูลอักขระใน phylip ที่ผ่อนคลาย (อาจส่งผลให้มีไฟล์เอาต์พุตหลายไฟล์)
-enexml
เอาต์พุต nexml (นี่เป็นค่าเริ่มต้นด้วย)
-oระบุคำนำหน้าผลลัพธ์
มีการเพิ่มคำต่อท้ายและนามสกุลที่เหมาะสม
-dระบุปลายทางเอาต์พุตเดียว หรือจะใช้ก็ได้ -NS- เพื่อระบุว่า
เอาต์พุตควรถูกนำไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน คำเตือนการใช้ตัวเลือกนี้อาจส่งผลให้
ในผลลัพธ์ที่ไม่ถูกต้องเนื่องจากการต่อกันของ "บล็อก" ที่แยกจากกันของข้อมูลเข้า
ไฟล์เดียว!
-u แปลงขีดล่างเป็นช่องว่างในรูปแบบอื่นที่ไม่ใช่ NEXUS
-yแปลเป็นชื่อแท็กซอนที่ "ปลอดภัย" และจัดเก็บชื่อใหม่เป็น NEXUS
ไฟล์ชื่อ ด้วยบล็อก TaxaAssociation แท็กซ่าบล็อกแรกใน
บล็อกการเชื่อมโยงจะเก็บชื่อดั้งเดิม และบล็อกที่สองจะถือ "ปลอดภัย"
ชื่อ
-Yทำตัวเหมือน -yยกเว้นกับ -Y ไฟล์การแปลก็จะถูกผลิตออกมาด้วย
ถ้าชื่อเดิมนั้น "ปลอดภัย" แล้ว
-zใช้ไฟล์รูปแบบ NEXUS ชื่อ ด้วยกลุ่ม TaxaAssociation
เพื่อเรียกคืนชื่อเดิม
สมมติว่ากลุ่มแท็กซ่าแรกในสมาคมแท็กซ่า
บล็อกถือชื่อเดิมและที่สองคือชื่อปัจจุบัน ฟังก์ชันนี้คือ
มีประโยชน์สำหรับการ "ยกเลิก" ผลกระทบของ -y ตัวเลือก
-j ระงับการสร้าง NameTranslationFile
ใช้ NCLconverter ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
