นี่คือคำสั่ง ncoils ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ncoils - การทำนายองค์ประกอบโครงสร้างทุติยภูมิขดม้วน
เรื่องย่อ
เอ็นคอยล์ [ตัวเลือก] < [ไฟล์ฟาสต้า]
ncoils -f < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa
DESCRIPTION
ncoils เป็นโปรแกรมที่เปรียบเทียบลำดับกับฐานข้อมูลของรู้จักสองสายขนานกัน
ขดขดและได้คะแนนความคล้ายคลึงกัน โดยการเปรียบเทียบคะแนนนี้กับการแจกแจง
ของคะแนนในโปรตีนทรงกลมและขดม้วน โปรแกรมจะคำนวณ
ความน่าจะเป็นที่ลำดับจะใช้รูปแบบขด
OPTIONS
-f, -ฟาสต้า
เอาต์พุต fasta - คอยส์เป็น 'x' เช่น '-x' ใน seg
-c โหมดรัดกุม - ลำดับใดมีขดลวด (และจำนวน)
-min_seg
สำหรับโหมดรัดกุม - รายงานเฉพาะลำดับถ้า >= ส่วนขดต่ำสุด
-min_P
P ขั้นต่ำเพื่อกำหนดส่วนของคอยล์ ค่าเริ่มต้น = 0.5
-ชนะ
ขนาดหน้าต่าง; ค่าเริ่มต้น = 21
-w น้ำหนัก heptad ตำแหน่ง a&d เช่นเดียวกับ b,c,e,f,g
-v โหมด verbose/debug - พิมพ์ขยะพิเศษ
ตัวอย่าง
"coils-wrap -m MTIDK -i /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa -o /tmp/coils.out -r
/tmp/coils_raw.txt && น้อยกว่า /tmp/coils.out /tmp/coils_raw.txt"
"ncoils -win 14 < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa"
และพวกเรา
COILSDIR - ระบุไดเร็กทอรีที่มีไฟล์ new.mat แทนที่ default
/usr/share/ncoils
ใช้ ncoils ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
