นี่คือคำสั่ง ntthal ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ntthal - จัดเตรียมฟังก์ชันการจัดตำแหน่งของ Primer3 ตามเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด
วิธีการทางอุณหพลศาสตร์
DESCRIPTION
นนทัล เปรียบได้กับ ntdpal. ระหว่างสองลำดับ นนทัล พบการจัดตำแหน่ง/sec
โครงสร้างที่มีอุณหภูมิหลอมเหลวสูงสุด Ntthal ขึ้นอยู่กับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด
วิธีการทางอุณหพลศาสตร์
เรื่องย่อ
นนทัล OPTIONS โอลิโก
OPTIONS
-เอ็มวี monovalent_conc - ความเข้มข้นของไอออนบวกโมโนวาเลนต์ในหน่วย mM โดยค่าเริ่มต้น 50 mM
-dv divalent_conc - ความเข้มข้นของไพเพอร์ไดวาเลนต์ในหน่วย mM โดยค่าเริ่มต้น 0 mM
-n dNTP_conc - ความเข้มข้นของ deoxynycleotide triphosphate เป็น mM โดยค่าเริ่มต้น 0
mM
-d dna_conc - ความเข้มข้นของสาย DNA เป็น nM โดยค่าเริ่มต้น 50 nM
-a โหมด - ประเภทการจัดตำแหน่ง END1, END2, ANY และ HAIRPIN โดยค่าเริ่มต้น ANY (เมื่อ
ดูเพล็กซ์)
-t อุณหภูมิ - อุณหภูมิที่คำนวณดูเพล็กซ์โดยค่าเริ่มต้น 37C
-r - ทำให้การจัดตำแหน่งไม่แสดงบน stderr, _only_ Tm is
พิมพ์
-แม็กซ์ลูป ขนาด - ขนาดสูงสุดของลูปโครงสร้างรอง
ค่าเริ่มต้นคือ 30 (ปัจจุบันคือความยาวสูงสุดที่อนุญาต)
-เส้นทาง - เส้นทางไปยังไฟล์พารามิเตอร์ทางอุณหพลศาสตร์
-S1 DNA_โอลิโกเมอร์
-S2 DNA_โอลิโกเมอร์
ผู้เขียน
หน้าคู่มือนี้สร้างโดย Andreas Tille[ป้องกันอีเมล]> ใช้ help2man สำหรับ Debian
แต่สามารถนำมาใช้เพื่อวัตถุประสงค์อื่นได้อย่างอิสระ
ใช้ ntthal ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
