probcons - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

probcons - จัดลำดับโปรตีนหลายลำดับและพิมพ์ไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน

เรื่องย่อ

ปัญหา [ทางเลือกที่] [เอ็มฟาไฟล์] [เอ็มฟาไฟล์]

DESCRIPTION

ปัญหา เป็นเครื่องมือสำหรับสร้างการเรียงตัวของลำดับโปรตีนหลายแบบ ใช้
การผสมผสานระหว่างการสร้างแบบจำลองความน่าจะเป็นและเทคนิคการจัดตำแหน่งตามความสม่ำเสมอ PROBCONS
ได้รับความแม่นยำสูงสุดของวิธีการจัดตำแหน่งทั้งหมดจนถึงปัจจุบัน บน BAliBASE
ฐานข้อมูลการจัดตำแหน่งมาตรฐาน การจัดตำแหน่งที่สร้างโดย PROBCONS แสดงทางสถิติ
การปรับปรุงอย่างมีนัยสำคัญเหนือโปรแกรมปัจจุบันซึ่งมีค่าเฉลี่ย 7% มากขึ้นอย่างถูกต้อง
คอลัมน์ที่จัดตำแหน่งมากกว่าของ T-Coffee คอลัมน์ที่จัดตำแหน่งอย่างถูกต้องมากกว่าคอลัมน์ของ . 11%
CLUSTAL W และจัดแนวคอลัมน์ได้ถูกต้องมากกว่าคอลัมน์ DIALIGN 14%

ปัญหา จัดแนวลำดับที่มีให้ในรูปแบบ MFA รูปแบบนี้ประกอบด้วยหลาย
ลำดับ แต่ละลำดับในรูปแบบ MFA เริ่มต้นด้วยคำอธิบายบรรทัดเดียว ตามด้วย
เส้นของข้อมูลลำดับ บรรทัดรายละเอียดแตกต่างจากข้อมูลลำดับโดย a
เครื่องหมายมากกว่า (“>”) ในคอลัมน์แรก

OPTIONS

-คลัสเตอร์
ใช้รูปแบบเอาต์พุต CLUSTALW แทน MFA

-c --ความสม่ำเสมอ ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <= 5 (ค่าเริ่มต้น: 2) ผ่านการเปลี่ยนแปลงความสอดคล้อง

-ir --iterative-การปรับแต่ง ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <=1000 (ค่าเริ่มต้น: 100) การผ่านของ iterative-refinement

-ก่อน --ก่อนการฝึกอบรม ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <= 20 (ค่าเริ่มต้น: 0) รอบของการฝึกล่วงหน้า

-คู่
สร้างการจัดตำแหน่งคู่ทุกคู่

-วิเทอร์บี
ใช้อัลกอริทึม Viterbi เพื่อสร้างคู่ทั้งหมด (เปิดใช้งานโดยอัตโนมัติ -คู่)

-v --รายละเอียด
รายงานความคืบหน้าขณะจัดแนว (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-ไม่ ชื่อไฟล์
เขียนคำอธิบายประกอบสำหรับการจัดตำแหน่งหลายรายการถึง ชื่อไฟล์

-t --รถไฟ ชื่อไฟล์
คำนวณความน่าจะเป็นการเปลี่ยนแปลง EM เก็บไว้ใน ชื่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการฝึกอบรม)

-e --การปล่อย
ยังประเมินความน่าจะเป็นในการปล่อยก๊าซอีกครั้ง (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-p --paramfile ชื่อไฟล์
อ่านพารามิเตอร์จาก ชื่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: )

-a --การจัดตำแหน่ง-ลำดับ
ลำดับการพิมพ์ในลำดับการจัดตำแหน่งมากกว่าลำดับการป้อน (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

ใช้ probcons ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net