ภาษาอังกฤษอาหารฝรั่งเศสสเปน

ไอคอน Fav ของ OnWorks

profisis - ออนไลน์ในคลาวด์

เรียกใช้ profisis ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือโปรไฟล์คำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


profisis - ไซต์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนที่ระบุจากลำดับ

เรื่องย่อ


profisis [ตัวเลือก]

DESCRIPTION


profisis (ISIS) เป็นวิธีการเรียนรู้ด้วยเครื่องที่ใช้ระบุสิ่งตกค้างที่มีปฏิสัมพันธ์
จากลำดับเพียงอย่างเดียว แม้ว่าวิธีการนี้จะได้รับการพัฒนาโดยใช้โปรตีนโปรตีนชั่วคราว
อินเทอร์เฟซจากคอมเพล็กซ์ของโครงสร้าง 3 มิติที่เป็นที่รู้จักในการทดลอง ไม่เคยใช้อย่างชัดเจน
ข้อมูล 3 มิติ แต่เรารวมคุณสมบัติโครงสร้างที่คาดการณ์ไว้กับวิวัฒนาการ
ข้อมูล. การคาดการณ์ที่แข็งแกร่งที่สุดของวิธีการนี้มีความแม่นยำมากกว่า 90% ในการข้าม
การทดสอบการตรวจสอบ ผลลัพธ์ของเราชี้ให้เห็นว่าแม้จะมีความหลากหลายอย่างมีนัยสำคัญใน
ธรรมชาติของปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนกับโปรตีน สิ่งเหล่านี้ล้วนมีหลักการพื้นฐานร่วมกันและสิ่งนั้น
หลักการเหล่านี้สามารถระบุได้จากลำดับเพียงอย่างเดียว

การแปลง of PSI-ระเบิด การวางแนว ไปยัง สวพ รูป
สามารถดูขั้นตอนล่าสุดได้ที่
.

1. แปลงเอาต์พุต BLAST เป็นรูปแบบ Single Alignment Format (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
ปลอดภัย=

2. แปลงรูปแบบ SAF เป็น HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. กรองผลลัพธ์เพื่อความซ้ำซ้อน 80%:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl สีแดง=80 fileOut=

เอาท์พุต รูป
ดูคำอธิบายของ --รูปแบบ ตัวเลือก

ข้อมูลอ้างอิง


Ofran, Y. และ Rost, B. (2007). ISIS: ไซต์ปฏิสัมพันธ์ที่ระบุจากลำดับ
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 23(2), จ13-6.

OPTIONS


พารามิเตอร์ที่จำเป็น

--fastafile
ไฟล์ที่มีลำดับของคุณในรูปแบบ fasta

--hsspไฟล์
ไฟล์ที่มีข้อมูล hssp สำหรับลำดับใน --fastafile

--rdbprofile
ไฟล์ที่มีเอาต์พุต prof สำหรับลำดับใน --fastafile

--outfile
ไฟล์เอาต์พุต

พารามิเตอร์เสริม

--รูปแบบ
รูปแบบเอาต์พุต [pp|prval], default=pp

pp ทำนายรูปแบบโปรตีน:

เอาต์พุต ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out

Header_Line ::= '>' Header_String '\n'

Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+

Horiz_Sequence ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}

Bin_Pred ::= [P-]{,40}

เครื่องหมาย 'P' มีผลผูกพันสารตกค้าง

Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+

การคาดการณ์_Score ::= Integer_Value

ดูตัวอย่างผลลัพธ์ใน /usr/share/doc/profisis/examples.

ประวาล
( 'resn resi ทำนาย_value' )+ เช่น

'1 ม 25'
'2 อาร์ 36'
...

--debug
--nodebug
ค่าเริ่มต้น: --nodebug

--รวบรัด
ผลลัพธ์ที่รัดกุม (พิมพ์ค่าไม่มีความมั่นใจ)

พารามิเตอร์ควบคุมหลังการประมวลผล - พารามิเตอร์เหล่านี้มีผลเฉพาะกับส่วนบนของ
รูปแบบเอาต์พุต 'pp'

--gap=int
ค่าเริ่มต้น=20

--ยืด=int
ค่าเริ่มต้น=5

--crd=int
ค่าเริ่มต้น=7

--crd-ข้อจำกัด
--nocrd-ข้อจำกัด
ค่าเริ่มต้น: --crd-restriction ใช้รหัสดั้งเดิม ($crd = undef) (--crd-restriction) หรือ
ใช้รหัสใหม่ ($cr) (--nocrd-restriction)

ตัวอย่าง


profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbproffile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis

และพวกเรา


โปรฟิซิสคอนฟ
ตำแหน่งของไฟล์คอนฟิกูเรชันที่จะใช้ แทนที่ไฟล์คอนฟิกูเรชันอื่นๆ

ใช้ profisis ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


เซิร์ฟเวอร์และเวิร์กสเตชันฟรี

ดาวน์โหลดแอพ Windows & Linux

  • 1
    อะตอม
    อะตอม
    Atom เป็นโปรแกรมแก้ไขข้อความที่
    ทันสมัย ​​เข้าถึงได้ และมีคุณสมบัติครบถ้วน
    นอกจากนี้ยังปรับแต่งได้อย่างง่ายดาย - คุณ
    สามารถปรับแต่งให้ทำอะไรก็ได้ที่เป็น
    สามารถ ...
    ดาวน์โหลด Atom
  • 2
    โอสุ!
    โอสุ!
    โอสุ! เป็นเกมจังหวะง่ายๆด้วยดี
    คิดออกเส้นโค้งการเรียนรู้สำหรับผู้เล่น
    ทุกระดับความสามารถ หนึ่งในผู้ยิ่งใหญ่
    แง่มุมของ Osu! คือมันเป็น
    ชุมชนดร...
    ดาวน์โหลด Osu!
  • 3
    LIBPNG: ไลบรารีอ้างอิง PNG
    LIBPNG: ไลบรารีอ้างอิง PNG
    ห้องสมุดอ้างอิงสำหรับสนับสนุนการ
    รูปแบบกราฟิกเครือข่ายแบบพกพา (PNG)
    ผู้ชม: นักพัฒนา. การเขียนโปรแกรม
    ภาษา: C. นี่คือแอปพลิเคชันที่
    ยังสามารถ...
    ดาวน์โหลด LIBPNG: ไลบรารีอ้างอิง PNG
  • 4
    เครื่องตรวจจับโลหะตาม RP2040
    เครื่องตรวจจับโลหะตาม RP2040
    จากบอร์ด Raspberry Pi Pico นี้
    เครื่องตรวจจับโลหะรวมอยู่ในชีพจร
    หมวดเครื่องตรวจจับโลหะแบบเหนี่ยวนำด้วย
    ข้อดีและข้อเสียที่รู้จักกันดี
    อาร์พี...
    ดาวน์โหลดเครื่องตรวจจับโลหะตาม RP2040
  • 5
    ผู้จัดการ PAC
    ผู้จัดการ PAC
    PAC เป็นการแทนที่ Perl/GTK สำหรับ
    SecureCRT/สีโป๊ว/อื่นๆ (ลินุกซ์
    ssh/telnet/... gui)... มันมี GUI
    เพื่อกำหนดค่าการเชื่อมต่อ: ผู้ใช้
    รหัสผ่าน คาดว่าระเบียบ...
    ดาวน์โหลดตัวจัดการ PAC
  • 6
    GeoServer
    GeoServer
    GeoServer เป็นซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์ส
    เซิร์ฟเวอร์ที่เขียนด้วย Java ที่อนุญาตให้ผู้ใช้
    เพื่อแบ่งปันและแก้ไขข้อมูลเชิงพื้นที่
    ออกแบบมาเพื่อการทำงานร่วมกัน it
    เผยแพร่ดา...
    ดาวน์โหลด GeoServer
  • เพิ่มเติม»

คำสั่ง Linux

Ad