profisis - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

profisis - ไซต์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนที่ระบุจากลำดับ

เรื่องย่อ

profisis [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

profisis (ISIS) เป็นวิธีการเรียนรู้ด้วยเครื่องที่ใช้ระบุสิ่งตกค้างที่มีปฏิสัมพันธ์
จากลำดับเพียงอย่างเดียว แม้ว่าวิธีการนี้จะได้รับการพัฒนาโดยใช้โปรตีนโปรตีนชั่วคราว
อินเทอร์เฟซจากคอมเพล็กซ์ของโครงสร้าง 3 มิติที่เป็นที่รู้จักในการทดลอง ไม่เคยใช้อย่างชัดเจน
ข้อมูล 3 มิติ แต่เรารวมคุณสมบัติโครงสร้างที่คาดการณ์ไว้กับวิวัฒนาการ
ข้อมูล. การคาดการณ์ที่แข็งแกร่งที่สุดของวิธีการนี้มีความแม่นยำมากกว่า 90% ในการข้าม
การทดสอบการตรวจสอบ ผลลัพธ์ของเราชี้ให้เห็นว่าแม้จะมีความหลากหลายอย่างมีนัยสำคัญใน
ธรรมชาติของปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนกับโปรตีน สิ่งเหล่านี้ล้วนมีหลักการพื้นฐานร่วมกันและสิ่งนั้น
หลักการเหล่านี้สามารถระบุได้จากลำดับเพียงอย่างเดียว

การแปลง of PSI-ระเบิด การวางแนว ไปยัง สวพ รูป
สามารถดูขั้นตอนล่าสุดได้ที่
.

1. แปลงเอาต์พุต BLAST เป็นรูปแบบ Single Alignment Format (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
ปลอดภัย=

2. แปลงรูปแบบ SAF เป็น HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. กรองผลลัพธ์เพื่อความซ้ำซ้อน 80%:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl สีแดง=80 fileOut=

เอาท์พุต รูป
ดูคำอธิบายของ --รูปแบบ ตัวเลือก

ข้อมูลอ้างอิง

Ofran, Y. และ Rost, B. (2007). ISIS: ไซต์ปฏิสัมพันธ์ที่ระบุจากลำดับ
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 23(2), จ13-6.

OPTIONS

พารามิเตอร์ที่จำเป็น

--fastafile
ไฟล์ที่มีลำดับของคุณในรูปแบบ fasta

--hsspไฟล์
ไฟล์ที่มีข้อมูล hssp สำหรับลำดับใน --fastafile

--rdbprofile
ไฟล์ที่มีเอาต์พุต prof สำหรับลำดับใน --fastafile

--outfile
ไฟล์เอาต์พุต

พารามิเตอร์เสริม

--รูปแบบ
รูปแบบเอาต์พุต [pp|prval], default=pp

pp ทำนายรูปแบบโปรตีน:

เอาต์พุต ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out

Header_Line ::= '>' Header_String '\n'

Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+

Horiz_Sequence ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}

Bin_Pred ::= [P-]{,40}

เครื่องหมาย 'P' มีผลผูกพันสารตกค้าง

Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+

การคาดการณ์_Score ::= Integer_Value

ดูตัวอย่างผลลัพธ์ใน /usr/share/doc/profisis/examples.

ประวาล
( 'resn resi ทำนาย_value' )+ เช่น

'1 ม 25'
'2 อาร์ 36'
...

--debug
--nodebug
ค่าเริ่มต้น: --nodebug

--รวบรัด
ผลลัพธ์ที่รัดกุม (พิมพ์ค่าไม่มีความมั่นใจ)

พารามิเตอร์ควบคุมหลังการประมวลผล - พารามิเตอร์เหล่านี้มีผลเฉพาะกับส่วนบนของ
รูปแบบเอาต์พุต 'pp'

--gap=int
ค่าเริ่มต้น=20

--ยืด=int
ค่าเริ่มต้น=5

--crd=int
ค่าเริ่มต้น=7

--crd-ข้อจำกัด
--nocrd-ข้อจำกัด
ค่าเริ่มต้น: --crd-restriction ใช้รหัสดั้งเดิม ($crd = undef) (--crd-restriction) หรือ
ใช้รหัสใหม่ ($cr) (--nocrd-restriction)

ตัวอย่าง

profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbproffile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis

และพวกเรา

โปรฟิซิสคอนฟ
ตำแหน่งของไฟล์คอนฟิกูเรชันที่จะใช้ แทนที่ไฟล์คอนฟิกูเรชันอื่นๆ

ใช้ profisis ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net