นี่คือโปรไฟล์คำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
profisis - ไซต์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนที่ระบุจากลำดับ
เรื่องย่อ
profisis [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
profisis (ISIS) เป็นวิธีการเรียนรู้ด้วยเครื่องที่ใช้ระบุสิ่งตกค้างที่มีปฏิสัมพันธ์
จากลำดับเพียงอย่างเดียว แม้ว่าวิธีการนี้จะได้รับการพัฒนาโดยใช้โปรตีนโปรตีนชั่วคราว
อินเทอร์เฟซจากคอมเพล็กซ์ของโครงสร้าง 3 มิติที่เป็นที่รู้จักในการทดลอง ไม่เคยใช้อย่างชัดเจน
ข้อมูล 3 มิติ แต่เรารวมคุณสมบัติโครงสร้างที่คาดการณ์ไว้กับวิวัฒนาการ
ข้อมูล. การคาดการณ์ที่แข็งแกร่งที่สุดของวิธีการนี้มีความแม่นยำมากกว่า 90% ในการข้าม
การทดสอบการตรวจสอบ ผลลัพธ์ของเราชี้ให้เห็นว่าแม้จะมีความหลากหลายอย่างมีนัยสำคัญใน
ธรรมชาติของปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนกับโปรตีน สิ่งเหล่านี้ล้วนมีหลักการพื้นฐานร่วมกันและสิ่งนั้น
หลักการเหล่านี้สามารถระบุได้จากลำดับเพียงอย่างเดียว
การแปลง of PSI-ระเบิด การวางแนว ไปยัง สวพ รูป
สามารถดูขั้นตอนล่าสุดได้ที่
.
1. แปลงเอาต์พุต BLAST เป็นรูปแบบ Single Alignment Format (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1
ปลอดภัย=
2. แปลงรูปแบบ SAF เป็น HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq
3. กรองผลลัพธ์เพื่อความซ้ำซ้อน 80%:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl สีแดง=80 fileOut=
เอาท์พุต รูป
ดูคำอธิบายของ --รูปแบบ ตัวเลือก
ข้อมูลอ้างอิง
Ofran, Y. และ Rost, B. (2007). ISIS: ไซต์ปฏิสัมพันธ์ที่ระบุจากลำดับ
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 23(2), จ13-6.
OPTIONS
พารามิเตอร์ที่จำเป็น
--fastafile
ไฟล์ที่มีลำดับของคุณในรูปแบบ fasta
--hsspไฟล์
ไฟล์ที่มีข้อมูล hssp สำหรับลำดับใน --fastafile
--rdbprofile
ไฟล์ที่มีเอาต์พุต prof สำหรับลำดับใน --fastafile
--outfile
ไฟล์เอาต์พุต
พารามิเตอร์เสริม
--รูปแบบ
รูปแบบเอาต์พุต [pp|prval], default=pp
pp ทำนายรูปแบบโปรตีน:
เอาต์พุต ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out
Header_Line ::= '>' Header_String '\n'
Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+
Horiz_Sequence ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}
Bin_Pred ::= [P-]{,40}
เครื่องหมาย 'P' มีผลผูกพันสารตกค้าง
Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+
การคาดการณ์_Score ::= Integer_Value
ดูตัวอย่างผลลัพธ์ใน /usr/share/doc/profisis/examples.
ประวาล
( 'resn resi ทำนาย_value' )+ เช่น
'1 ม 25'
'2 อาร์ 36'
...
--debug
--nodebug
ค่าเริ่มต้น: --nodebug
--รวบรัด
ผลลัพธ์ที่รัดกุม (พิมพ์ค่าไม่มีความมั่นใจ)
พารามิเตอร์ควบคุมหลังการประมวลผล - พารามิเตอร์เหล่านี้มีผลเฉพาะกับส่วนบนของ
รูปแบบเอาต์พุต 'pp'
--gap=int
ค่าเริ่มต้น=20
--ยืด=int
ค่าเริ่มต้น=5
--crd=int
ค่าเริ่มต้น=7
--crd-ข้อจำกัด
--nocrd-ข้อจำกัด
ค่าเริ่มต้น: --crd-restriction ใช้รหัสดั้งเดิม ($crd = undef) (--crd-restriction) หรือ
ใช้รหัสใหม่ ($cr) (--nocrd-restriction)
ตัวอย่าง
profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbproffile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis
และพวกเรา
โปรฟิซิสคอนฟ
ตำแหน่งของไฟล์คอนฟิกูเรชันที่จะใช้ แทนที่ไฟล์คอนฟิกูเรชันอื่นๆ
ใช้ profisis ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net