ProgressiveMauve - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ProgressiveMauve - การสร้างการจัดตำแหน่งจีโนมหลาย ๆ อย่างมีประสิทธิภาพ

DESCRIPTION

การใช้งาน ProgressiveMauve:

เมื่อแต่ละจีโนมอยู่ในไฟล์แยกกัน: ProgressiveMauve [ตัวเลือก]
...

เมื่อจีโนมทั้งหมดอยู่ในไฟล์เดียว: ProgressiveMauve [ตัวเลือก]

OPTIONS

--เกาะช่องว่างขนาด=ช่องว่างในการจัดตำแหน่งที่สูงกว่าขนาดนี้ในนิวคลีโอไทด์ถือเป็น
เป็นเกาะ (20)

--โปรไฟล์=(ยังไม่ได้ใช้งาน) อ่านการจัดตำแหน่งลำดับที่มีอยู่ในรูปแบบ XMFA
และจัดแนวไปตามลำดับหรือการจัดตำแหน่งอื่น ๆ

--apply-กระดูกสันหลัง=อ่านการจัดตำแหน่งลำดับที่มีอยู่ในรูปแบบ XMFA และนำไปใช้
สถิติกระดูกสันหลังของมัน

--disable-กระดูกสันหลัง ปิดใช้งานการตรวจจับกระดูกสันหลัง

--คุณแม่ ค้นหา MUM เท่านั้น อย่าพยายามกำหนดบล็อกคอลลิเนียร์ในเครื่อง (LCB)

--seed-น้ำหนัก=ใช้น้ำหนักเมล็ดพันธุ์ที่กำหนดในการคำนวณจุดยึดเริ่มต้น

--เอาท์พุท=ชื่อไฟล์เอาต์พุต
พิมพ์ไปที่หน้าจอโดยค่าเริ่มต้น

--backbone-เอาท์พุท=ชื่อไฟล์เอาต์พุต Backbone (ไม่บังคับ)

--match-input=ใช้ไฟล์การแข่งขันที่ระบุแทนการค้นหารายการที่ตรงกัน

--input-id-เมทริกซ์=เมทริกซ์เอกลักษณ์ที่อธิบายความคล้ายคลึงกันระหว่างอินพุตทุกคู่
ลำดับ/การจัดตำแหน่ง

--max-gapped-aligner-length=จำนวนคู่เบสสูงสุดที่จะพยายามปรับให้เข้ากับ
ตัวจัดฟันแบบช่องว่าง

--input-guide-tree=ต้นไม้นำทางสายวิวัฒนาการในรูปแบบ NEWICK ที่อธิบาย
ลำดับที่จะเรียงตามลำดับ

--output-guide-tree=เขียนแผนผังแนะนำที่ใช้สำหรับการจัดตำแหน่งไฟล์

--รุ่น แสดงข้อมูลเวอร์ชันซอฟต์แวร์

--debug เรียกใช้ในโหมดแก้ไขข้อบกพร่อง (ทำการตรวจสอบความสอดคล้องภายใน - ช้ามาก)

--scratch-path-1=กำหนดเส้นทางที่สามารถใช้สำหรับจัดเก็บข้อมูลชั่วคราว
ควรระบุเส้นทางตั้งแต่สองเส้นทางขึ้นไป

--scratch-path-2=กำหนดเส้นทางที่สามารถใช้สำหรับจัดเก็บข้อมูลชั่วคราว
ควรระบุเส้นทางตั้งแต่สองเส้นทางขึ้นไป

--คอลลิเนียร์ สมมติว่าลำดับอินพุตเป็นแบบ collinear -- ไม่มีการจัดเรียงใหม่

--scheme-scheme=เลือกฟังก์ชันคะแนนการทอดสมอ
ค่าเริ่มต้นคือผลรวมของคู่ที่มีอยู่ (sp)

--ไม่มีมาตราส่วนน้ำหนัก อย่าปรับขนาดตุ้มน้ำหนัก LCB ด้วยระยะการอนุรักษ์และจุดพัก
ระยะทาง

--max-breakpoint-distance-scale=ตั้งค่าสเกลน้ำหนักสูงสุดโดย
ระยะเบรกพอยต์
ค่าเริ่มต้นเป็น0.5

--การอนุรักษ์ระยะทางมาตราส่วน=ระยะการอนุรักษ์มาตราส่วนตามจำนวนนี้
ค่าเริ่มต้นเป็น0.5

--กล้ามเนื้อ-args=ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งเพิ่มเติมสำหรับ MUSCLE
คำพูดใด ๆ ควรหลีกเลี่ยงด้วยแบ็กสแลช

--ข้าม-ปรับแต่ง อย่าทำการปรับแต่งซ้ำๆ

--skip-gapped-การจัดตำแหน่ง อย่าทำการจัดตำแหน่งช่องว่าง

--bp-dist-estimate-min-score=คะแนน LCB ขั้นต่ำสำหรับการประมาณค่าเบรกพอยต์แบบคู่
ระยะทาง

--mem-ทำความสะอาด ตั้งค่านี้เป็นจริงเมื่อดีบักการจัดสรรหน่วยความจำ

--ช่องว่างเปิด=ช่องว่างเปิดโทษ

--ซ้ำโทษ=ตั้งค่าว่าคะแนนซ้ำเป็นลบหรือไปที่ศูนย์
สำหรับลำดับที่ซ้ำซากจำเจ
ค่าเริ่มต้นคือค่าลบ

--gap-ขยาย=ช่องว่างขยายการลงโทษ

--substitution-เมทริกซ์=เมทริกซ์การแทนที่นิวคลีโอไทด์ในรูปแบบ NCBI

--น้ำหนัก=คะแนน LCB คู่ขั้นต่ำ

--นาที-มาตราส่วน-จุดโทษ=ค่าปรับเบรกพอยท์ขั้นต่ำหลังจากสเกลการปรับโทษโดย
ความแตกต่างที่คาดหวัง

--hmm-p-go-คล้ายคลึงกัน=ความน่าจะเป็นของการเปลี่ยนจากที่ไม่เกี่ยวข้องกับ
สถานะคล้ายคลึงกัน [0.00001]

--hmm-p-go-ไม่เกี่ยวข้อง=ความน่าจะเป็นของการเปลี่ยนจากคล้ายคลึงกันเป็น
สถานะที่ไม่เกี่ยวข้อง [0.000000001]

--อืม-ตัวตน=ระดับความเหมือนกันของลำดับที่คาดหวังระหว่างคู่ของลำดับ
ตั้งแต่ 0 ถึง 1 [0.7]

--เมล็ดตระกูล ใช้เมล็ดพืชเว้นระยะเพื่อปรับปรุงความไว

--เมล็ดแข็ง ใช้เมล็ดแข็ง. ไม่อนุญาตให้เปลี่ยนตัวในการแข่งขันสมอ

--การเข้ารหัส-เมล็ด ใช้เมล็ดรูปแบบการเข้ารหัส มีประโยชน์ในการสร้างการจับคู่ขอบเขตการเข้ารหัสด้วย
ตำแหน่ง codon ที่ 3 เสื่อม

--disable-แคช ปิดใช้งานการแคชการค้นหาจุดยึดแบบเรียกซ้ำเพื่อแก้ไขปัญหาข้อบกพร่อง

--ไม่มีการเรียกซ้ำ ปิดใช้งานการค้นหาจุดยึดแบบเรียกซ้ำ

ตัวอย่าง

ProgressiveMauve --output=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

หากจีโนมอยู่ในไฟล์เดียวและไม่มีการจัดเรียงใหม่: ProgressiveMauve --collinear
--output=my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

ใช้ ProgressiveMauve ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net