นี่คือคำสั่งประท้วงที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
prottest - การเลือกแบบจำลองวิวัฒนาการโปรตีนที่เหมาะสมที่สุด (ฉบับต่อเนื่อง)
เรื่องย่อ
ประท้วง -i alignm_file [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
PROTTEST (ญาติของ ModelTest) เป็นโปรแกรมสำหรับเลือกรุ่นของ
วิวัฒนาการของโปรตีนที่เหมาะสมกับชุดของลำดับที่กำหนดที่สุด (การจัดตำแหน่ง)
โปรแกรมจาวานี้ใช้โปรแกรม Phyml (เพื่อความน่าจะเป็นสูงสุด
การคำนวณและการปรับพารามิเตอร์ให้เหมาะสม) และใช้ไลบรารี PAL เป็น
ดี. โมเดลที่รวมเป็นเมทริกซ์การแทนที่เชิงประจักษ์ (เช่น WAG
LG, mtREV, เดย์ฮอฟฟ์, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam,
MtArt, HIVb และ HIVw) ที่ระบุอัตราสัมพัทธ์ของกรดอะมิโน
การแทนที่และการปรับปรุงเฉพาะ (+I:ไซต์คงที่, +G: อัตรา
ความแตกต่างระหว่างไซต์ +F: สังเกตความถี่กรดอะมิโน) ถึง
บัญชีสำหรับข้อจำกัดวิวัฒนาการที่กำหนดโดยการอนุรักษ์
โครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ProtTest ใช้ข้อมูล Akaike
เกณฑ์ (AIC) และสถิติอื่น ๆ (AICc และ BIC) เพื่อค้นหาว่า
โมเดลผู้สมัครเหมาะที่สุดกับข้อมูลในมือ
OPTIONS
-i Align_filename
ไฟล์อินพุตการจัดตำแหน่ง (จำเป็น)
-t tree_filename
ไฟล์ทรี (ตัวเลือก) [ค่าเริ่มต้น: ต้นไม้ NJ]
-o output_filename
ไฟล์เอาต์พุต (ตัวเลือก) [ค่าเริ่มต้น: เอาต์พุตมาตรฐาน]
- เข้าสู่ระบบ เปิด/ปิด
เปิด / ปิดการเข้าสู่ระบบ PhyML ในไดเร็กทอรีบันทึก (ดู prottest.properties)
-[เมทริกซ์]
รวมเมทริกซ์ (กรดอะมิโน) = JTT LG DCMut MtREV MtMam MtArt Dayhoff WAG RtREV
CpREV Blosum62 VT HIVb HIVw ไข้หวัดใหญ่
หากคุณไม่ระบุเมทริกซ์ใดๆ เมทริกซ์ทั้งหมดที่แสดงด้านบนจะถูกรวมไว้ด้วย
-I
รวมโมเดลที่มีสัดส่วนของไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง
-G
รวมโมเดลที่มีการเปลี่ยนแปลงอัตราระหว่างไซต์และจำนวนหมวดหมู่
-ไอจี
รวมโมเดลที่มีทั้งคุณสมบัติ +I และ +G
- การกระจายทั้งหมด
รวมโมเดลที่มีการเปลี่ยนแปลงอัตราระหว่างไซต์ จำนวนหมวดหมู่ และทั้งสองอย่าง
-ncat number_of_categories
กำหนดจำนวนหมวดหมู่สำหรับรุ่น +G และ +I+G [ค่าเริ่มต้น: 4]
-F
รวมแบบจำลองที่มีการประมาณความถี่เชิงประจักษ์
-เอไอซี
โมเดลการแสดงผล จัดเรียงตาม Akaike Information Criterion (AIC)
-BIC
โมเดลการแสดงผลที่จัดเรียงตามเกณฑ์ข้อมูลเบย์ (BIC)
-เอไอซีซี
โมเดลการแสดงผลที่จัดเรียงตาม Corrected Akaike Information Criterion (AICc)
-ดี.ที
โมเดลการแสดงผล จัดเรียงตาม เกณฑ์ทฤษฎีการตัดสินใจ
-ทั้งหมด
แสดงตารางเปรียบเทียบ 7 กรอบงาน
-S Optimization_strategy
โหมดกลยุทธ์การเพิ่มประสิทธิภาพ: [ค่าเริ่มต้น: 0]
0: แก้ไข BIONJ JTT
1: BIONJ ต้นไม้
2: ต้นไม้ความเป็นไปได้สูงสุด
3: โทโพโลยีกำหนดโดยผู้ใช้
-s ย้าย
การดำเนินการค้นหาแบบทรีสำหรับการค้นหา ML: NNI (เร็วที่สุด), SPR (ช้าที่สุด), BEST (ดีที่สุดของ
NNI และ SPR) [ค่าเริ่มต้น: NNI]
-t1
แสดง newick tree ของ best-model [default: false]
-t2
แสดงแผนผัง ASCII ของโมเดลที่ดีที่สุด [ค่าเริ่มต้น: เท็จ]
-tc ฉันทามติ_threshold
แสดงแผนผังฉันทามติที่มีเกณฑ์ที่ระบุ ระหว่าง 0.5 ถึง 1.0 [0.5 =
ส่วนใหญ่ กฎฉันทามติ ; 1.0 = ฉันทามติที่เข้มงวด]
-กระทู้ number_or_threads
จำนวนเธรดที่ร้องขอให้คำนวณ (เฉพาะในกรณีที่ไม่ได้ใช้ MPJ) [ค่าเริ่มต้น: 1]
-รายละเอียด
โหมดละเอียด [ค่าเริ่มต้น: เท็จ]
ตัวอย่าง
ประท้วง -i alignm_file -t tree_file -S 0 - การกระจายทั้งหมด -F -เอไอซี -BIC -tc 0.5 > เอาท์พุท
ใช้การประท้วงออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net