pymol - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

pymol - แพ็คเกจกราฟิกและการสร้างแบบจำลองโมเลกุลฟรีและยืดหยุ่น

เรื่องย่อ

พิมอล [ตัวเลือก] [ไฟล์]

DESCRIPTION

ในช่วงหลายปีที่ผ่านมา PyMOL ได้กลายเป็นผู้ดูระดับโมเลกุลที่มีความสามารถพร้อมการสนับสนุนแอนิเมชั่น
การเรนเดอร์คุณภาพสูง ผลึกศาสตร์ และกิจกรรมกราฟิกระดับโมเลกุลทั่วไปอื่นๆ
นักวิทยาศาสตร์หลายร้อยคน (อาจเป็นหลายพันคน) นำไปใช้
สามสิบประเทศ อย่างไรก็ตาม PyMOL ยังคงเป็นงานที่คืบหน้าอย่างมากด้วยการพัฒนา
คาดว่าจะดำเนินต่อไปในปีต่อ ๆ ไป

OPTIONS

ขณะนี้ตัวเลือกเหล่านี้ได้รับการสนับสนุน:

-2 เริ่มต้นในโหมดเมาส์สองปุ่ม

-c โหมดบรรทัดคำสั่ง ไม่มี GUI สำหรับชุดการทำงาน

-d เชือก
เรียกใช้สตริงคำสั่ง pymol เมื่อเริ่มต้น

-e เริ่มในโหมดเต็มหน้าจอ

-f #ไลน์
ควบคุมการแสดงคำสั่งและข้อเสนอแนะใน OpenGL (0=ปิด).

-g ไฟล์.png
เขียนไฟล์ PNG (หลังจากประเมินอาร์กิวเมนต์ก่อนหน้า)

-i ปิดใช้งาน OpenGL GUI ภายใน (รายการอ็อบเจ็กต์ เมนู ฯลฯ)

-l ไฟล์.py
วางโปรแกรม python ในเธรดใหม่

-o ปิดใช้งานการป้องกันความปลอดภัยสำหรับไฟล์เซสชัน

-p ฟังคำสั่งจากอินพุตมาตรฐาน

-q เปิดตัวอย่างเงียบๆ ระงับหน้าจอเริ่มต้นและการพูดคุยอื่น ๆ

-r ไฟล์.py
เรียกใช้โปรแกรม Python (in __หลัก__) เมื่อเริ่มต้น

-s ต้นฉบับ
บันทึกคำสั่งลงในสคริปต์ PyMOL หรือไฟล์โปรแกรม

-t ใช้โมดูล GUI ภายนอกที่ใช้ Tcl/Tk (pmg_tk).

-u ต้นฉบับ
โหลดและต่อท้ายสคริปต์ PyMOL หรือไฟล์โปรแกรม

-x ปิดใช้งานโมดูล GUI ภายนอก

-B เปิดใช้งานสัญญาณสเตอริโอสีน้ำเงิน (สำหรับสเตอริโอ Mac)

-G เริ่มในโหมดเกม

-M บังคับให้โมโนแม้ในขณะที่ฮาร์ดแวร์สเตอริโอมีอยู่

-R เปิดตัวฟัง XMLRPC ของ Greg Landrum

-S บังคับและเปิดเป็นสเตอริโอ ถ้าเป็นไปได้

-X int -Y int -W int -H int -V int
ปรับรูปทรงหน้าต่าง

ทั้งหมด ไฟล์ ที่จัดเตรียมไว้ให้จะถูกโหลดหรือรันหลังจาก PyMOL เริ่มทำงาน พวกเขาสามารถมีหนึ่งใน
ส่วนขยายต่อไปนี้:

.pml สคริปต์คำสั่ง PyMOL ที่จะรันเมื่อเริ่มต้น
.py[cm] โปรแกรม Python ที่จะรันเมื่อเริ่มต้น
ไฟล์รูปแบบ .pdb Protein Data Bank ที่จะโหลดเมื่อเริ่มต้น
.mmod Macromodel รูปแบบที่จะโหลดเมื่อเริ่มต้น
ไฟล์ .mol ​​MDL MOL ที่จะโหลดเมื่อเริ่มต้น
.sdf MDL SD ไฟล์ที่จะแยกวิเคราะห์และโหลดเมื่อเริ่มต้น
.xplor X-PLOR ไฟล์แผนที่ (ASCII) ที่จะโหลดเมื่อเริ่มต้น
ไฟล์แผนที่ .ccp4 CCP4 (BINARY) ที่จะโหลดเมื่อเริ่มต้น
.cc [12] ไฟล์พิกัดคาร์ทีเซียน ChemDraw 3D
.pkl โมเดล ChemPy ดอง (คลาส "chempy.model.จัดทำดัชนี")
.r3d ไฟล์ Raster3D
ไฟล์ .cex CEX (คำอุปมา)
.top ไฟล์โทโพโลยี AMBER
.crd ไฟล์พิกัด AMBER
.rst AMBER รีสตาร์ทไฟล์
.trj วิถี AMBER
.pse PyMOL ไฟล์เซสชัน
.phi Delphi/Grasp แผนที่ศักยภาพไฟฟ้าสถิต

สำหรับรายการตัวเลือก คุณสามารถป้อนข้อมูลต่อไปนี้ในบรรทัดคำสั่งของ พิมอล:

ช่วย การเปิดตัว

คำสั่ง

โปรดดูเอกสารออนไลน์ของ PyMols ที่
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:คำสั่ง หรือความช่วยเหลือภายในสำหรับคำสั่ง
การอ้างอิง

ใช้ pymol ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net