qlob.pl - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

qlob.pl -- เรียกใช้ mursaki เปรียบเทียบอย่างรวดเร็ว

เรื่องย่อ

qlob.pl [ตัวเลือก] {รายการจีโนม...}

qlob เป็นส่วนหน้าของ murasaki (ผ่าน qsub หากมี) โดยอัตโนมัติ
สร้างชื่อเอาต์พุตให้คุณตามไฟล์อินพุต ตั้งค่าหน่วยความจำที่เหมาะสมกว่า
จำกัด รันงาน และสร้างผลลัพธ์ dot-plot

นอกจากตัวเลือกมาตรฐานของ Murasaki (ดู murasaki --help) qlob ยังรองรับบางส่วน
บางตัวเลือกของตัวเอง:

ตัวเลือก:
-P ใช้รูปแบบเก่า 11111100100001111100000100101111
--เป้าหมาย= ขอเรียกใช้งานบนชื่อโฮสต์
-n|--ชื่องาน (อนุญาตให้เขียนทับเอาต์พุตเก่า)
-m|--mem ระบุความต้องการหน่วยความจำเพื่อส่งผ่านไปยัง qsub (ค่าเริ่มต้น 4gb)
--mpi=N ใช้ MPI ในเครื่อง N (ตั้งค่า ppn=4 ด้วย)
--myrinet ต้องการ myrinet โหนด
--kogfile= เรียกใช้ filter.pl เพื่อจัดตำแหน่งคะแนนโดยใช้

DESCRIPTION

โครงการ ดำเนินการหลายซีเควนซ์ผ่านมุราซากิ เมื่อรันบนเครื่อง hpc it
ส่งงานผ่าน qsub

ใช้ qlob.pl ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net