run_gubbins - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

run_gubbins - การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของลำดับจีโนม

เรื่องย่อ

run_gubbins [-h] [--นอกกลุ่ม OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--วนซ้ำ ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--เธรด
หัวข้อ] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] การจัดตำแหน่ง_ชื่อไฟล์

DESCRIPTION

Gubbins สนับสนุนการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วของตัวอย่างแบคทีเรียลูกผสมขนาดใหญ่
ลำดับจีโนมทั้งหมด

Gubbins (ลำดับวงศ์ตระกูล Unbiased โดย recomBinations ในลำดับนิวคลีโอไทด์) เป็นอัลกอริทึม
ที่ระบุตำแหน่งซ้ำ ๆ ที่มีความหนาแน่นสูงของการแทนที่ฐานในขณะที่
พร้อมกันสร้างสายวิวัฒนาการตามการกลายพันธุ์ของจุดสมมุตินอก
ภูมิภาคเหล่านี้ การจำลองแสดงให้เห็นว่าอัลกอริธึมสร้างความแม่นยำสูง
การสร้างใหม่ภายใต้แบบจำลองที่เหมือนจริงของวิวัฒนาการแบคทีเรียในระยะสั้น และสามารถเรียกใช้ได้
ในเวลาเพียงไม่กี่ชั่วโมงในการจัดแนวลำดับจีโนมของแบคทีเรียหลายร้อยรายการ

OPTIONS

ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง:
Align_filename
ไฟล์การจัดตำแหน่ง Multifasta

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

--นอกกลุ่ม นอกกลุ่ม -o เอาท์กรุ๊ป
ชื่อกลุ่มนอกสำหรับการรูทใหม่ รายชื่อของชื่อที่คั่นด้วยจุลภาคสามารถใช้ได้หากพวกเขา
แบบฟอร์ม clad

--starting_tree STARTING_TREE -s STARTING_TREE
ต้นไม้ต้นทาง

--use_time_stamp, -u
ใช้การประทับเวลาในชื่อไฟล์

--รายละเอียด, -v
เปิดการดีบัก

--no_cleanup, -n
อย่าล้างไฟล์ระดับกลาง

--tree_builder TREE_BUILDER -t TREE_BUILDER
แอปพลิเคชันที่ใช้สำหรับสร้างต้นไม้ [raxml|fasttree|hybrid] RAxML . เริ่มต้น

--วนซ้ำ การทำซ้ำ -i ทำซ้ำ
จำนวนการวนซ้ำสูงสุด ค่าเริ่มต้นคือ 5

--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
SNP ขั้นต่ำเพื่อระบุบล็อกการรวมใหม่ ค่าเริ่มต้นคือ 3

--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE -f FILTER_PERCENTAGE
กรองแท็กซ่าที่มีช่องว่างมากกว่าเปอร์เซ็นต์นี้ ค่าเริ่มต้นคือ 25

--คำนำหน้า คำนำหน้า, -p คำนำ
เพิ่มคำนำหน้าชื่อไฟล์ผลลัพธ์สุดท้าย

--กระทู้ กระทู้ -c เธรด
จำนวนเธรดที่จะรันด้วย RAXML แต่ถ้ามีเวอร์ชัน PTHREADS เท่านั้น

--converge_method CONVERGE_METHOD -z CONVERGE_วิธีการ
เกณฑ์ที่จะใช้เพื่อทราบว่าเมื่อใดควรหยุดการทำซ้ำ [weight
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|การรวมตัวใหม่]

--รุ่น
แสดงหมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก

--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE -a MIN_WINDOW_SIZE
ขนาดหน้าต่างขั้นต่ำ ค่าเริ่มต้น 100

--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE -b MAX_WINDOW_SIZE
ขนาดหน้าต่างสูงสุด ค่าเริ่มต้น 10000

ใช้ run_gubbins ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net