ช่วงชิง - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

การแย่งชิง - แปลงระหว่างรูปแบบไฟล์ SAM, BAM และ CRAM

เรื่องย่อ

การแย่งชิง [ตัวเลือก] [อินพุต_ไฟล์ [เอาต์พุต_ไฟล์]]

DESCRIPTION

การแย่งชิง แปลงระหว่างรูปแบบไฟล์การจัดตำแหน่งการจัดลำดับยุคหน้าต่างๆ รวมทั้ง
SAM, BAM และ CRAM สามารถทำหน้าที่เป็นไพพ์การอ่าน stdin และเขียนไปยัง stdout หรือ on
ไฟล์ที่มีชื่อ

เมื่อทำงานเป็นไพพ์ ประเภทอินพุตจะมีค่าเริ่มต้นเป็น SAM หรือ BAM โดยกำหนดให้ -I อัด
ตัวเลือกเพื่อระบุว่าอินพุตอยู่ในรูปแบบ CRAM ที่เหมาะสม ค่าเริ่มต้นของเอาต์พุตเป็น BAM แต่
สามารถปรับได้โดยใช้ปุ่ม -O รูป ตัวเลือก. เมื่อกำหนดชื่อไฟล์แล้ว ประเภทของไฟล์คือ
เลือกโดยอัตโนมัติตามส่วนต่อท้ายชื่อไฟล์

OPTIONS

-I รูป
เลือกรูปแบบการป้อนข้อมูลโดยที่ รูป เป็นหนึ่งใน sam, bam หรือ cram ใช้สิ่งนี้เมื่อ
การอ่านผ่านไพพ์เพื่อหลีกเลี่ยงการใช้ไบต์อินพุตเมื่อพยายามตรวจจับ if
อินพุตอยู่ในรูปแบบ SAM หรือ BAM

-O รูป
เลือกรูปแบบเอาต์พุตโดยที่ รูป เป็นหนึ่งใน sam, bam หรือ cram

-1 ไปยัง -9
ตั้งค่าระดับการบีบอัดจาก 1 (การบีบอัดต่ำ, เร็ว) ถึง 9 (การบีบอัดสูง,
ช้า) เมื่อเขียนในรูปแบบ BAM หรือ CRAM ใช้เฉพาะในระหว่างการเขียนเท่านั้น

-0 or -u
เขียนข้อมูลที่ไม่บีบอัด ใน BAM สิ่งนี้ยังคงใช้คอนเทนเนอร์ BGZF แต่ไม่มี
การบีบอัดภายใน ใน CRAM จะจัดเก็บบล็อกในรูปแบบ RAW แทน ทางเลือก
ไม่มีผลกับเอาต์พุต SAM

-j การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น เพิ่ม bzip2 ในรายการรหัสบีบอัดที่อาจใช้
ระหว่างการสร้าง CRAM

-Z การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น เพิ่ม lzma ในรายการรหัสบีบอัดที่อาจใช้
ระหว่างการสร้าง CRAM ด้วยความเร็วการบีบอัดที่ช้าของ lzma นี่อาจเป็นเพียง
ใช้ในกรณีที่ให้ข้อได้เปรียบเหนือ zlib หรือ bzip2 แต่สูงกว่า
ระดับการบีบอัด (-7) การถ่วงน้ำหนักนี้จะถูกละเว้นเนื่องจากความเร็วในการคลายการบีบอัด LZMA คือ
ยอมรับได้แม้ว่าจะยังช้ากว่า zlib

-m การถอดรหัส CRAM เท่านั้น สร้าง MD:Z: และ NM:I: ฟิลด์เสริมตาม
การบีบอัดข้อมูลอ้างอิง

-M การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น บังคับแพ็คลำดับจากการอ้างอิงหลายรายการเข้าในที่เดียวกัน
ชิ้น. โดยปกติ CRAM จะเริ่มต้นสไลซ์ใหม่เมื่อเปลี่ยนจากการอ้างอิงหนึ่งเป็น
อื่น แต่จะยังคงสลับไปยังส่วนอ้างอิงหลายตัวโดยอัตโนมัติหาก
จำนวนลำดับต่อชิ้นมีขนาดเล็กเกินไป

-R พิสัย
ขณะนี้สำหรับอินพุต CRAM เท่านั้น แต่การรองรับ SAM/BAM อยู่ระหว่างรอดำเนินการ นี่แสดงว่า a
ชื่อลำดับอ้างอิงและตำแหน่งเริ่มต้นและสิ้นสุดที่เป็นทางเลือกภายในนั้น
อ้างอิงโดยใช้ไวยากรณ์ ref_name or ref_name:เริ่มต้น-ปลาย. เพื่อการทำงานที่มีประสิทธิภาพ
ไฟล์ CRAM ต้องการดัชนีรูปแบบ .crai (สร้างโดยใช้ไฟล์ cram_index โปรแกรม)

-r Ref.fa
การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ใช้เพื่อระบุไฟล์อ้างอิง fasta โปรดทราบว่าถ้า
ไฟล์อินพุต SAM หรือ BAM a ไฟล์: หรือ URI ตามระบบไฟล์ในเครื่องที่ระบุใน
ส่วนหัว @SQ ตัวเลือกนี้อาจไม่จำเป็น

-s จำนวน
การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ระบุจำนวนของลำดับต่อสไลซ์ ค่าเริ่มต้นเป็น
10000.

-S จำนวน
การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ระบุจำนวนชิ้นต่อคอนเทนเนอร์ ค่าเริ่มต้นเป็น 1

-t BAM และ CRAM เท่านั้น ระบุจำนวนเธรดการบีบอัดหรือคลายการบีบอัด
ใช้ร่วมกันอย่างปรับเปลี่ยนได้ระหว่างการเข้ารหัสและการถอดรหัส ค่าเริ่มต้นเป็น 1 (ไม่
เกลียว)

-V version_string
การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ตั้งค่าเวอร์ชันรูปแบบไฟล์ CRAM ค่าที่รองรับคือ "2.0"
"2.1" และ "3.0"

-e การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ฝังข้อมูลโค้ดของลำดับการอ้างอิงในทุกส่วน นี้
หมายถึงไฟล์สามารถถอดรหัสได้โดยไม่ต้องระบุไฟล์อ้างอิง fasta

-x การเข้ารหัส CRAM เท่านั้น ละเว้นการบีบอัดตามข้อมูลอ้างอิงและเก็บรายละเอียดของ .แทน
ทุกคำพื้นฐาน

-B ทดลองเข้ารหัสเท่านั้น เมื่อเก็บค่าคุณภาพ ให้ bin เป็น 8 discrete
ค่า (บวก 0) ตามที่มักใช้กับเครื่องดนตรี Illumina สมัยใหม่ (โปรดทราบว่า
ถังขยะอาจไม่ใช่ช่วงเดียวกันอย่างแม่นยำ)

-! การถอดรหัส CRAM v3.0 ขึ้นไปเท่านั้น อย่าตรวจสอบ CRC ตัวเลือกนี้ควรเป็น .เท่านั้น
ใช้เมื่อพยายามกู้คืนจากความเสียหายของข้อมูล

ตัวอย่าง

ในการแปลงไฟล์ BAM จาก stdin เป็น CRAM บน stdout โดยใช้การอ้างอิง MT.fa

คำสั่งบางอย่าง | scramble -I แบม -O cram -r MT.fa | คำสั่งบางอย่าง

รูปแบบเอาต์พุต CRAM เริ่มต้นคือเวอร์ชัน 3.0 ดังนั้นจึงไม่จำเป็นต้องระบุเวอร์ชันเมื่อ
แปลงจาก 2.1 เป็น 3.0 ในการใช้งานย้อนกลับ:

ช่วงชิง -V 2.1 in.cram out.cram

ใช้ช่วงชิงออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net